正釋
甲一 緣起分
乙一 敘事證信
如是我聞：一時薄伽梵遊化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下。
與大苾芻眾八千人俱；菩薩摩訶薩三萬六千，及國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉，人、非人等，無量大眾，恭敬圍繞，而為說法。
這是列舉聽法的大眾。本經為大乘教典，普為一切眾生逗機啟教，所以所列舉的，有聲聞眾、菩薩眾、人天眾等。佛為眾生開示法門，圓滿究竟而又廣大普及的。如大根器的眾生，聽了得大益；小根器的聽了得小益。所以佛法的分別大小等類，實以行者的發心和願行為主；若行願廣大悲切，處處以利濟眾生為前提，即是大乘；若行願偏狹，時時以自了生死為大事，則為小乘；如於本經，若但求免難消災，人天福報，不厭生死，而以世間欲樂為目的，便是人天乘。
釋尊宣說本經時，第一類聽眾，是「苾芻眾」，即行聲聞法、證阿羅漢果的小乘人。這應有四眾——比丘、比丘尼、沙彌、沙彌尼，或加式叉摩那為五眾，不過出家眾以比丘為主體，故特舉為聲聞乘的代表。苾芻，即比丘的異譯，其主要意義為乞士。出家比丘過的是乞士生活，無論衣、食、住等，依信徒的布施來維持；同時又從佛乞法。這樣，一方面向施主乞食以維持色身，另方面從佛乞法以養慧命，故名比丘——乞士。「與」會的比丘眾，有「八千人」，其實不止此數，這不過約「大」比丘說。大，不是年齡老大，而是指那能精勤修學，業已斷盡一切煩惱，證得無學阿羅漢果的聖者。眾是眾多，比丘過著團體生活，團體非一人二人，所以每稱比丘為眾——僧。現在，這許多大比丘們，「俱」集在一個地方——樂音樹下，共聽佛的說法。這並非一群烏合之眾；他們有著同一的知見，同一的戒守，同一的意志，大家一心一德，共住一處，為法修行，過著和樂清淨的僧團生活。
第二類聽眾，是「三萬六千」的「菩薩摩訶薩」；此為修學大乘法門的菩薩眾。大乘與小乘的界說，極簡單明確，如專為獨善的，自了生死的，便是小乘；若不僅獨善其身，而兼度一切眾生的，即為大乘。菩薩為梵語菩提薩埵的簡譯，此譯覺（菩提）有情（薩埵）。凡有生命活動的，有情識作用的，在生死輪迴中的，不論是天、人、鬼、畜、地獄，通是有情。菩薩有高度的智慧，是有覺悟分的有情，也即是有情中的覺悟者。又，在修學過程中，菩薩一面上求佛道，一面下化眾生。佛的大菩提，眾生——甚至小乘行者，不知希求，唯有菩薩知道希求；同時，眾生的無邊苦痛，也唯有菩薩肯發心伸垂救之手，給予援助，使眾生獲清涼法味。這是約上求與下化，智慧與慈悲，而說名菩薩。
一聽說菩薩，大家就會聯想到曼殊、普賢、觀音、地藏等大菩薩，其實菩薩是有大小和淺深的。我們如肯學菩薩上求下化的精神，我們當下就已經是菩薩了，不過是初發心菩薩。由淺至深，從小至大，如小學一年級到大學，同樣名為學生，只是學力的差別而已。所以，如人人能上求下化，人人都發菩提心，行菩薩行，人人即是菩薩。菩薩的名稱極通泛，但此處所說的三萬六千菩薩，是指的大菩薩——摩訶薩。摩訶是大，薩即薩埵（有情），合稱大有情。經裡說，大菩薩於一切眾生中，最為上首，是人中的領導者；有高超的智慧，深切的悲心，廣大的行願，成就了無邊淨功德法，所以說是大有情。如曼殊、觀音等初地以上的菩薩，都是此中所指的大菩薩。除了三萬六千大菩薩而外，應該還有許多十信、十住、十行、十回向等位次菩薩，也在會聽法。藥師法會的大菩薩，有三萬六千，比起八千眾的大苾芻，超過多多，可見學大乘法門的多於小乘。
「及國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉，人、非人等，無量大眾」。這是第三類的人天眾，也可以說是大乘或小乘根性的未決定者。人中，此處舉四類：(一)、國王：王為自在義，於國政權衡，有著自由自主的決定作用，故名為王。這通指一國的領袖、元首、主席、總統等。(二)、大臣：是國王的助手，協助國王處理國家政務，和衛國安民的要員，如現代政府中的院長、部長之類。(三)、婆羅門：譯為淨行，是印度四階級之一，他們不事耕種，不做生意，也不做工，專門執行祭祀的職務。印度極重視祭祀，而祭祀也有一定祭法，必須聘請專門人才——祭師，方能如法舉行。因此，印度社會，就產生一種地位極高的宗教師階級——婆羅門階級。(四)、居士：印度社會的第三階級，叫做吠舍，也就是一種自由民，其中富有的，有地位的紳士，即被稱為居士。以現代說，他們是屬於資產階級，是地主，或工商界的實業巨子。中國每稱在家學佛的人為居士，這是不符印度居士本義的，不過現在已成了習慣，也就通行而解說為居家之士。以上的王、臣、婆羅門及居士，只是由四姓階級中，舉出有力量有地位的人，作為人眾的代表，其他參預法會的，當然還不少。
天龍八部，屬於天眾。然而既說是天，何以又有龍等八部？因為，天有高級和低級的分別，有些鬼畜，因為福報大，得以受生天上，受天的統攝，所以也算是天眾。八部各有名稱（下文再詳），今但提出天、龍二名為代表。天，即光明之義，指空界中的神明。依佛法說，有二十八天。關於龍的傳說，印度與中國大致相同。據說，龍的形態跟蛇差不多，而魚和蝦蟆也可化為龍。這個世界的下雨、落雪、降冰雹，都與龍有關。龍等八部，都是守護佛的神將。如中國的寺院中，一進山門就有威風凜凜的四大天王，或二大金剛的神像，站崗一般的鎮守著。這是善的護法神。八部中，也有性情暴戾、善於搗亂的不良分子，那是沒有受過佛法薰陶的；受過佛法薰陶的八部，不但維護佛法，而且也樂意護衛修學佛法的善人。國王、大臣等是人，天龍八部則係非人，故經說人非人等。
釋迦佛的教化眾生，主要對象是人，如菩薩、比丘、國王、大臣等，都是出自人間或現人身的。天龍八部，只是護法者。他們深知佛法的好處，所以發願護持佛法，凡是法會道場，以及修持佛法的行者，他們都樂於保護。所以他們雖屬非人，佛教也非常尊重他們。不過我們總得認清，佛法是以人為中心的，天龍鬼神僅處於旁聽和護法的地位，不能反賓為主，專門著重敬奉天龍鬼神，倒把人本的佛法忽視了。我們對於天龍八部，可以恭敬供養，以犒賞其熱心護法的辛勞，然而絕不能皈依祂。我們的真正皈依處，是三寶；崇高而偉大的三寶，才是我們皈依的對象。
如上所說，比丘、菩薩、國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉，人、非人等，這無量無數的法會大眾，雖然身分不同，階級不同，職業不同，而大家都能有秩序地「恭敬圍繞」著佛陀，如星拱月，聚精會神地安坐那裡，諦聽慈悲仁愍的佛陀「為」他們宣「說」微妙「法」門。
乙二 禮請起說
爾時，曼殊室利法王子，承佛威神，從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌。
次說緣起分的禮請起說。「爾時」，即大眾圍繞而聽法的時候。「曼殊室利」，為文殊師利的異譯；文與曼，古音相近。曼殊室利，義譯妙（曼殊）吉祥（室利），在大乘佛教中，是以智慧為特德的菩薩，曾為諸佛之師。「法王子」，是菩薩的尊稱。法王指佛陀，佛說『我為法王，於法自在』[A6]。法王子是菩薩，如國王的太子，是候補的國王，將來要繼承王業的。曼殊室利為佛的繼承者，所以稱法王子。約這個意義，觀音、地藏等大菩薩，實也具備繼承佛陀的資格，應該也可稱為法王子的，而經中為何獨以此名尊稱文殊？我們知道，佛果是由菩薩因行而來，菩薩因地有種種功德，而主要的是智慧；佛名覺者，也即大菩提；曼殊室利有高超的智慧，於諸菩薩中最為第一，與佛的大菩提相近，若再進一步，便是大覺的佛陀了，故經裡處處稱讚他為法王子。曼殊室利有大智慧，了解法會大眾的內心要求，更深知末法眾生對此法門的必要；由於悲愍心的驅使，覺得應由自己來啟開這一救苦法門。於是，他「承」受了「佛」的「威神」之力加被鼓勵，便在廣大的聽眾中，「從」自己的「座」位上，從容地站立「起」來。「偏袒一肩，右膝著地」，面對「薄伽梵（佛），曲躬合掌」。佛的威德，巍巍赫赫，不可思議，若無佛的威神慈悲加被，弟子們是不敢冒然啟問的，恐自己的智力不夠，問得不三不四；有了佛的威神力的加被，就有發問的膽量，而問題也可問得恰到好處。偏袒一肩，即露出右臂；右膝著地，即右邊的膝蓋靠著地面下跪；曲躬，就是鞠躬。這都是印度當時集會請法時，必用的一種崇重的禮節；為眾生而向佛請法的曼殊，當然也不能例外。這些既是禮節，本不必再作解說，但佛法即事表法，所以這也是富有深義的。偏袒一肩，表示荷擔佛法；右膝著地，表示下化眾生；曲躬表示內心的謙恭、至誠；合掌當胸，表向於中道。有說：十指即表示十波羅蜜，和合而歸中道。我們禮佛，應該這樣的觀想。
白言：「世尊！惟願演說如是相類諸佛名號，及本大願殊勝功德，令諸聞者業障銷除，為欲利樂像法轉時諸有情故。」
上文是曼殊從意業而現的身業的恭敬，此中請法，即表口業的清淨。曼殊是大智的代表者，然而所請的法門，卻為慈悲救濟邊事。可見慈悲須從智慧中流出，由智慧而攝導慈悲，才是佛教的真慈悲。
請法之前，曼殊先尊稱一聲「世尊」，以表示恭敬懇切。他接著說：「惟願」佛為我們「演說如是相類」的「諸佛名號」，以「及」諸佛因地的「本大」行「願」，無邊「殊勝功德」。因佛曾在《阿彌陀經》，或其他經中，說過西方或其他的淨土，是如何如何的微妙莊嚴；其土有佛，是稱什麼什麼；其佛的本願功德，又是何等的偉大；眾生聞其名稱，或稱念，或憶持，便可獲得無量功德等。因此，曼殊代表大眾，要求世尊宣示與此相類似（如是相類）的教法。
曼殊的勸請，純為大智慧的表現，大慈悲的流露，非自求個己的利樂，所以他又向佛表示：這是為「令」末世「諸」聽「聞者」，能夠因此得以「業障銷除」。障是障礙，業即我們現生或過去事業所作的潛力。善業是不發生故障的；作的惡業多了，就要障我們的前途，尤其當我們要向光明的菩提道前進時，是最容易發生魔障的。例如家庭裡，丈夫要學佛，妻子不贊成；妻子要學佛，丈夫不贊成。或因身體多病，或因事務羈纏，或因惡友包圍，以致錯失學佛的機會。或者愚癡不信佛法；或信佛法而家庭太窮，受著生活的鞭策拖累，無法抽身，於是永遠陷在苦痛中，不能自拔。要彌補這些人生缺陷，只有修學淨土（非專指西方）法門，時常念佛，與佛接近，就會消弭業障，增長善根，漸漸遠離了逆境，惡人；得遇順利環境，善人，受善者的引導，步上正途，生活於佛法的光明中。
佛在世時，是正法時代，眾生的智慧利，業障輕，修學佛法易得受用，大多能獲得果證。但過千年，到了像法時代，佛法都走了樣，變了質，到處是一些相似的佛法；所以名像法。其時眾生的善根淺薄，智慧暗鈍，業障深重，苦難多而不易修學。所以這淨土念佛法門，佛住世時原可不一定說（初五百年正法時代，淨土念佛法門不大流行，就由於此），然「為欲利樂」那些福慧淺薄、煩惱特重的「像法轉時」的一切「諸有情」之「故」，不得不勸請佛陀，慈悲哀愍而為敷演了。
佛滅千年後，為像法時代；兩千年後，即從像法轉入末法時代，也就是我們這個時代。眾生的善根越來越淺，煩惱越來越重，修行了生死者少，而苦痛愈來愈多。佛為慈濟這些眾生，所以應曼殊的請求，開示這簡易的藥師淨土法門。
爾時，世尊讚曼殊室利童子言：「善哉！善哉！曼殊室利！汝以大悲，勸請我說諸佛名號，本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽，極善思惟，當為汝說。」
上由曼殊室利代表啟問諸佛名號及本願功德，今佛允許開示。
當代眾請法的「時」候，「世尊」便「讚」嘆「曼殊室利童子」說：「善哉！善哉！」即是說：好極了！好極了！因為菩薩的勸請，不但適應眾生的需要，而且契合佛陀救世的悲懷，所以世尊對他頻頻稱許。
上稱曼殊菩薩為法王子，此地又稱他是童子。童子的含義，略說兩點：一、約世俗說：菩薩都是隨應眾生而現身的，沒有一定的形相；為什麼樣的眾生，就示現什麼樣的身相，一切都是為了適應眾生。不過，在諸大菩薩中，曼殊多示現童子相；如觀音菩薩，多現女人身，雖然他有三十二應。曼殊菩薩的道場，據《華嚴經》說，是在印度東北的清涼山，中國佛學者，一向肯定即山西五台山。從前無著文喜禪師，因仰慕曼殊菩薩，特地從老遠的南方，到北方去參拜，結果是走遍全山，都不曾遇見菩薩，內心覺得非常失望，慚恨自己的善根淺薄。後來看見一個放牛的小孩，手裡牽著一條牛，引導他去參見一位老者。禪師因遇不到曼殊菩薩，心裡總有些怏怏不樂，可是等到與他們晤談後，忽然小孩變了相，騎在一頭獅子身上，顯然就是曼殊菩薩。這一公案，見於中國的佛教傳記。曼殊示現童子相的事蹟，在中國很多。
二、約勝義說：菩薩修行，進入高階段的時候，有一位次叫童子地（即第九地）。童子有良好的德性，一切是那麼天真、純潔，那麼熱情、和樂，易於與人為友，沒有記恨心，不像世故深的成人，那麼虛偽、冷酷、無情。菩薩修到那階段，洋溢著慈悲與智慧，熱情與和樂，內心純淨，故以童子形容菩薩，表徵菩薩的純潔、天真、高尚、熱情、和樂的美德。
佛因曼殊童子問法，極為扼要、恰當，所以稱讚他，接著便說：「曼殊室利！汝以大悲」心，「勸請我」廣「說諸佛名號」及「本願功德」；這是「為」了要救「拔」那些受「業障所纏」的「有情」，及「利益安樂像法轉時」一切「有情」之「故」。這本為曼殊菩薩請說的話，現在佛把話重提一遍，以讚美印可他所問的合理。
纏，如繩索綑縛；人有了業障，受業障的牽制，就像被繩子糾纏住一樣，不得自由。拔，即拯拔、救拔。眾生受業障的纏縛，陷入生死苦痛泥濘之中，無力自拔，今由曼殊菩薩的悲愍，請求釋尊開示諸佛聖號及本願殊勝功德，使眾生聽聞以後，能夠依法受持，以掙脫業障的桎梏，跳出苦難的深淵。
談到業障所纏，陡然想起：前天有位居士告訴我，某公司，最近有一個人跳樓自殺，誰也找不出他自殺原因。聽說這幾天，他常覺得有兩個什麼人跟著他。近乎這類的事情，實在很多。這不一定是非人所逼，大都是自己的業障現前。由於現世惡業，或宿業所纏，才有種種災難、種種不如意的遭遇。曼殊請佛說淨土法門，就是要拔除這些業障，使人類過著自由、安樂的生活。
佛對曼殊的啟請，先讚嘆他所說的合理，後即允許他說：「汝今」可以靜心「諦聽」，同時更須「極善思惟」，我「當為汝」宣「說」。
諦聽，即細心地、聚精會神地聽；極善思惟，是要善巧地思考，將已聽過的，用智慧加以抉擇、思辨、審察。我們若聽經聞法，最低限度應做到這兩點：第一、集中精神，專心一意地聽；第二、聽聞以後，好好地思考一下，才能得到更深刻的理解。儒家教人治學，也要『慎思明辨』，何況佛法？《般若經》曾說：有的人聽了佛法覺得無味；有的雖樂意聽法，但不留心，聽過便忘；有的人雖能記得，但不加以思惟考察。這都是我們的宿習。如我們這一生聽經不感興趣，不肯用心，聽了佛法，不肯深刻思惟，那麼我們來生還是會這樣的！所以世尊開示曼殊室利，教他諦聽，教他極善思惟。佛在宣說每一部經的開始，總反復提到：『諦聽！諦聽！善思念之！』絮絮的叮嚀策勉，實為大悲佛陀的苦口婆心！大家應該體會這點，切實遵重，切實學習，不可因為是常談而等閒視之。
曼殊室利言：「唯然！願說，我等樂聞。」
「曼殊室利」聽了佛的叮囑教勉，即歡喜地答覆世尊：是，是！世尊的誨導，我們當然唯命是從，現在「願」您就「說」，「我等」弟子，都是好「樂」——極願意聽「聞」的！佛說，好樂聞法的程度，應如同饑餓的遇到美食，口渴的得到清涼飲料。我們沈淪於生死輪迴之中，苦痛不堪，一旦遇到佛陀說法，慈悲救濟，該是如何的欣喜呢！
甲二 正宗分
乙一 如來開示
丙一 依正行願
丁一 總標依正
佛告曼殊室利：「東方去此過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。
從這以下，是正宗分，今分三大科，即如來開示、菩薩弘傳、藥叉誓護。在如來開示中，先說藥師如來的依正行願。其中又分三段，先總標依正，即標明如來的正報（佛身）與依報（佛世界）。
「佛告」訴「曼殊室利」說：從我們的「此」一世界，向「東方去」，經「過」了「十殑伽沙」那麼多的「佛」國「土」，「有」一個「世界」，「名」叫「淨琉璃」。殑伽沙，即恆河沙的異譯。恆河，義譯天堂來，是印度有名的大河，河中的沙又細又多；佛多在恆河流域一帶說法，所以每說到極多時，總是舉恆河沙為喻。淨琉璃世界，就在我們這個世界的東邊，距離了十恆河沙等佛土之遠。那個國土的「佛」，「號」稱「琉璃光」。淨琉璃是依報世界，琉璃光是正報佛名。琉璃光一名，上文已經解釋。世界名淨琉璃，即常寂光淨土，以究竟清淨真如為體。藥師如來徹底破除無明障蔽，證得最清淨法界，所以約所證成的境地——國土說，名淨琉璃世界；而不離法界，圓具大智慧，光明遍照，能破一切愚癡暗昧，約能證智——佛說，名琉璃光。
從如來至薄伽梵等文，是佛的十大通號。這十名，全是依佛的功德而安立的。因佛的功德太大，一名不足以表詮；同時，印度的一般習慣，凡歌頌或讚美，多用十個名詞，如帝釋、大自在天，都有十號，佛法循世俗習慣，也採用十種名稱讚佛。
十名中，一、「如來」，已如上釋。二、「應」，即梵語阿羅訶的義譯。因佛功德最為圓滿，應受人天供養，為人天作大福田；又應已斷淨煩惱；應不再受生死。三、「正等覺」，即梵語的三藐三菩提。覺即覺悟，能通達一切法相，遠離一切顛倒。但說正覺，可通於小乘；大乘稱正等覺，等是普遍義，即普遍的覺了一切法真性。四、「明行圓滿」，舊譯明行足；圓滿，就是足的意思。明是智慧，行如布施持戒等萬行；佛的福德智慧，自利利他功行，一切圓滿具足，無欠無缺，故名明行圓滿。五、「善逝」，逝，即去的意思，也就是入涅槃。小乘聖者，丟下無邊苦惱眾生，自己一人入涅槃，是逝而不善；大覺佛陀不離生死而證菩提，不捨眾生而般涅槃，故名善逝。六、「世間解」，解是解了：對世間事理，眾生苦本，苦因，以及滅苦的方法，離苦的究竟處，都明達、解了。七、「無上士」，士是士夫，佛於天上人間而獨稱尊，為人天的導師，故稱無上士。八、「調御丈夫」，調御如馬師，能把暴戾的馬，訓練成馴服的馬。佛教化眾生，無論眾生的根性如何惡劣、乖戾，如何剛強難服，也能善巧調御，使他慢慢轉向佛法，修學佛法而得成就。佛陀教化的方法不一，因人而異：有時慈顏愛語，讚嘆鼓勵，如說你行布施、持戒，功德無量，希有難得；有時則當頭棒喝，訶斥一頓，如說你業障深重，愚癡無智，再不精進修行，必墮三途惡道。這等於調馬，在軟硬兼施的訓導下，就可慢慢馴服。九、「天人師」，佛出世間，不但教化人類，也同樣教化天人。有無量諸天參預法會聽法，故佛為天人的教師。十、「佛」即是覺者，能究竟覺悟生命的秘奧，和覺察世出世間的種種法相。「薄伽梵」，即世尊。
至此為止，總標了東方淨土的名稱，及佛陀的聖號。
丁二 別陳行願
戊一 行願
己一 總說
曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情，所求皆得。
依正行願中，上文已總標藥師如來的國土（依報）及其名號（正報），現在要分別陳述藥師如來的行願。此科文長，又分三節，先總說。
佛呼「曼殊室利」說：「彼」東方淨琉璃世界的「世尊藥師琉璃光如來」，他所以證得圓滿佛果，成就清淨莊嚴的世界，即因過去生中，「本行菩薩道時」，以大悲心，「發十二大願」，攝導眾生。藥師佛因地所發的大願，不同凡夫的為了滿足自我的欲求，也不像小乘的只顧自了生死，獨善其身；自是慈悲心懷的流露，為了滿足眾生的願欲。所以這裡說，藥師如來的本行大願，是為了「令諸有情」的「所」有希「求」，「皆」能獲「得」。如希求離生死苦，成菩提樂；或求往生淨土；或有病患而要求全愈；或因其他種種人生缺陷而要求彌補。如此各式各樣的欲求，藥師如來從他的大功德，慈悲善巧中，能隨眾生心所欲者，皆得滿足。
因地發十二大願，是願力；令一切有情所求皆得，則是成佛以後，本願功德的完滿實現。佛在因地發了大願，並非一切留到成佛以後，而是照願心去實踐，去求充實，這樣，惑業漸漸蠲除，功德一天天增長，到了成佛，才究竟圓滿。藥師佛成大菩提時，十二廣大悲願，都能一一如期實現，就因他在菩薩因地中，對自己所發的誓願，能隨分隨力，躬行實踐，一步步地做去，一點點地聚積，所以他一登大覺地，一切大願也就宣告完成了。藥師是如此，彌陀等也莫不如此。我們依願去求，確能如願感應，這必有其感應的力量存在。偈說：『福慧資糧力，諸佛加持力，及與法界力。』[A7]願求之所以能獲成就，實有這三種力量。一、自力，即自身方面，要集有福報及智慧的資糧，特別是信願真切。如醫生給你治眼疾，要眼有復明的機能；如眼睛真的壞了，再高明的醫生，也無能為力。二、佛的加被力，佛菩薩的悲願，永遠顧念著眾生，光照著眾生，只要眾生的希求，是合理而有可能的，便都可以交感。三、法界力，一切法的本性——法界本無差別，無限礙的平等法界中，生佛平等，凡聖一致。所以眾生有成佛可能性，諸佛菩薩有隨感而應的可能。這樣，我們若能一面依自己的福慧力，一面仗佛願力的加被，那麼，我們要求消災免難，離苦得樂，必定可以成辦。
己二 別敘
庚一 生佛平等願
第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照曜無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相，八十隨形好，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。
此下即將十二大願，逐一分別敘說。
釋尊對曼殊菩薩說：藥師如來在因地所發的十二大願中，「第一大願」，是生佛平等願。他立「願」說：「我來世」證「得阿耨多羅三藐三菩提」的「時」候，「自身」能放射大「光明」，「熾然照耀無量無數無邊世界」。三藐三菩提，此譯正等覺。正覺通於小乘，等覺通於菩薩，故在三藐三菩提之上，又加一阿耨多羅，阿耨多羅譯為無上。無上正等覺，即佛的圓滿覺；佛的正覺，是最極遍照最極究竟的。平常說『放下屠刀，立地成佛』，成佛好像是很容易的。其實必須福慧資糧具足，自利利他的無邊功德，都達到最高峰，最圓滿的境地，才能成正等覺。修行者，只是或多或少，成就佛德的一部分而已。藥師說他將來成佛時，要身放光明。光明如火燄一樣，叫熾然；從佛身而遍照一切世界，這是諸佛同具的身相。如佛像後有一光圈，即是（化身）佛陀的圓光相。毘盧遮那佛，就是光明遍照的意思；大日如來，也即以太陽的光照為喻；大乘經中，常說到佛的光明，照耀無量世界。我們雖生活在這去佛時遙的末世，未見佛陀的真身，但我們仍然沐浴於佛的慈光中，只是不自覺罷了。如太陽雖懸空朗照，可是瞎子卻見不到。佛光也如此，無時不照，無處不照，眾生因無明煩惱的障蔽，常在光中而不見光。修學佛法的，果能精勤進修，淨除煩惱的塵垢，見佛光明，或是見佛現身，那是必然之事。
藥師如來證大菩提時，又「以三十二大丈夫相」及「八十」種「隨形好，莊嚴其身」。身似琉璃光輝映徹，已顯得藥師如來的身相，是如何地明淨！再加上這三十二相、八十隨形好等，更見德相的圓滿莊嚴。三十二相是為印度公認的大人相，特別為男子的勝相。這裡不能一一說明，略舉數種來說：如佛足底的平滿相，千輻輪相，佛身的紫金色相，垂手過膝相，頂髻相等，共有三十二種之多（詳見法數）。這些相，依印度當時的相法，為最高貴最莊嚴的福德相。輪王或如來，才完滿的具足。八十種隨形好，是隨身體的某部形態，所有某種美的特徵，如佛手柔軟，毛髮光澤，面容豐滿等。釋尊當時即因德相莊嚴，每次出遊教化，還不曾說法，便有很多人要求歸依。佛法本不著相，但為了導引眾生，令眾生歡喜生信，所以藥師如來因地中，要發願具足這種福德莊嚴相。藥師佛的本願，不但希望自己身相光明，眾好具足，同時還希望，「令」所有「一切有情」，皆「如」自己一樣，平等平等，「無」有差「異」。這可約兩方面說：一、約淨琉璃世界的生佛平等說：生於東方淨土，身相圓滿，與佛無異。但不能說一切有情，因為現實的眾生界，並不曾真的如此平等。二、約一切眾生佛性說：一切眾生性，本都是光明遍照，具三十二大丈夫相，八十隨形好的。《如來藏經》說：一切眾生皆有如來藏，光明顯赫；三十二相，八十隨形好，本來具足。只因眾生為無明所覆，不曾開顯，所以隱而不現。這要到成佛，方能如實證知。故《華嚴經》說：『奇哉！奇哉！一切眾生皆有如來智慧德相，但因妄想執著，未能證得。』[A8]在佛的心境，照見一切眾生，確是平等不二的。約這意義說，佛證得無上正等覺時，大地眾生無不是佛，眾生與佛平等平等。但從眾生邊看，眾生苦惱，愚癡闇昧，於一切諸法實相，從來不知不見，痛苦流轉，何能與佛平等？因此，有人說我們是凡夫，不要妄自尊大；儘管生佛平等，而我們還是眾生。有人說：我們要深信自己是佛，如禪宗要人直下承當自心是佛；密宗要人起佛慢，說即身成佛。這些話，可說都有一分道理。我們是凡夫，所以要修行辦道；因為有成佛的可能性，所以可修行成佛。
庚二 開曉事業願
第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
此文與第一大願的意義有關而用意不同。上願重於佛的法性身，顯示生佛平等。此願重在從法性而起應化身，開曉眾生。
藥師如來因地所發的「第二大願」，是說：「願我來世」，究竟證「得」大「菩提時」（菩提，即阿耨多羅三藐三菩提的略稱），「身」相猶「如琉璃」寶，「內外」都極「明」亮瑩「徹」，「淨」潔得沒有絲毫的「瑕」疵和垢「穢」。所有的「光明廣大」，豁破無邊黑暗；如此「功德」莊嚴身，「巍巍」不動如須彌山一樣，所以說：清淨佛「身」，「善」於「安住」。佛身的光明熾盛，光光相照，形成一種「莊嚴」的「焰網」。光明遍照，「過於日月」——日月只是世間的光明，自然不及佛身的光明。
《如來藏經》曾以九喻說明眾生的本有佛性，也有琉璃寶喻。眾生的佛性，如清淨無瑕的琉璃寶，雖藏在污染中，但它的光澤明淨，依然不損分毫。懂得此理，眾生的佛性身，也如琉璃，儘管流轉生死淤泥中，也不失其原有的光潔。藥師如來，徹底揭去無明暗影，刷除煩惱污泥，本身佛性身畢竟顯發，故說身如琉璃。
藥師如來的身光，照及「幽冥」的苦惱「眾生」，使其癡暗心眼，「悉蒙開曉」，而能「隨」著各人心「意」的「所」有「趣」求，「作諸事業」去。這段文義，約淺顯說：佛放光時，住在黑暗世界，一向不見光明、不聞佛名的眾生，受到佛的光明照了，就得著開曉，而隨自己的意趣，做他所樂意做的種種事業。這如太陽東升，一切人都從寤而起，作工的作工，讀書的讀書，種田的種田，做生意的做生意，大家各事其所事。然約深密說：眾生無始以來，在愚昧昏迷之中，什麼都不曉得，由於佛的慈悲願力，啟發眾生的智慧，便一樣一樣都明白起來，會做起來。古代厚生利群的發明家，可說都是佛菩薩的化身；佛菩薩在無知的眾生前，每每現身開導，發明房屋、耕種、紡織、文字……；種種器具，種種正當學說，使眾生知道實行。世界文化的進步，各種工巧技術，都發生於佛菩薩的慈悲與智慧之中。所以經說：若無佛菩薩出世，世間一切善法，一切資生具，就都沒有了。故佛菩薩化世，不但開導眾生以身心修養，也開導眾生以一切知識和技能。約這個意義說，我們是無時無處，不在藥師佛的智光遍照中，慈光護持中。
庚三 無盡資生願
第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
一個人生存在世界上，為了維持生命，必須有足夠的資生物——衣、食、住、行，乃至醫藥。這一切物質生活的受用，不僅要有，而且要多，要豐足，少了就會引生世間的諸般罪惡。譬如盜竊、劫殺、[A9]鬥爭……等罪惡的滋長，多因資生物的缺乏。所以藥師如來的悲願，不但要使眾生獲得謀生的知識和作事的能力，而且要「以無量無邊」的「智慧方便」，生產多量的「受用物」資，「令」一切「有情」，凡有「所」需要的，「皆」能「得」受用「無盡」，而給大家過著富足、豐裕、安樂的生活，絕不「令眾生」，對於物質的供應上，「有所乏少」，發生你有我無的現象。
《瑜伽師地論》說：菩薩學法，當於五明處求。五明，除了佛法——內明，還有工巧明、醫方明、聲明、因明。修學大乘菩薩行，凡有利眾生的學問技能，都要學，智慧一天天求增長，到了成佛，一切功德妙法，始能圓滿具備，取之無竭，用之不盡。所以大乘佛法，並不反對科學物資的增產。現代世界科學昌明，有人埋怨它是罪惡的淵藪，其實病在人類不善於運用他，這才引生嚴重的弊害。人類若增進德性的修養，愛人愛群，善於控制，善於運用，那麼科學對人生，如機器發達，增加生產數字，提高貨物品質，都是有莫大利益的！所以菩薩對於此種種有助民生的學識和技巧，不獨不厭棄，而且還應該學，應該會；然後才能解除眾生從物質貧乏而來的苦痛與罪惡。藥師如來的第三大願，特別著重這方面。
庚四 安立大道願
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
第二、第三大願，側重於事業與物質的受用，可說是物質文明；第四大願，即特別側重於正知正見，也可說是精神文明。
藥師如來在因地中發願說：「若」有不信善惡因果，否認三寶功德，抹煞真理，作殺盜淫妄種種罪惡，向於地獄、餓鬼、畜生道的「諸有情」，如此失去正途而誤「行邪道者」，我成佛時，「悉」皆「令」他們捨離邪道、擺脫惡趣，而永遠「安住」於「菩提道中」。菩提道即是正覺道，如知善惡、因果，知有凡聖，知三寶功德，知四諦、十二因緣，修習戒定慧，不作殺盜淫妄等罪，這是共三乘法門。使眾生脫離生死險惡的邪道，踏上三乘的坦途，是一種過程，而不是佛陀拯救眾生的究竟目標。所以藥師佛又願：「行聲聞獨覺」的小「乘」行「者」，「皆」要「以大乘」究竟法門「而安立之」。聽佛音聲的教化而修行悟道的，名為聲聞。獨覺根性，比聲聞者略高一著，他不待佛的教化，看見現象界無常變化，就會自己發心修行，開悟證果。過去有一國王，有天到御園中遊玩，看見一棵花樹，正當鮮花怒放，清香撲鼻，真是可愛極了！可是當他往別處觀賞片刻而轉來時，只見空枝殘葉，零亂不堪。原因是被一群宮女所攀折了。因此，他得到萬化無常的啟示；覺得人生也是如此。一個美滿的家庭，一個強盛的國家，遭遇一場災難，一場戰爭，也就落得破敗衰頹，令人不堪回想！從這些現象，覺悟了人生無常的真諦，而證得聖果，叫獨覺。聲聞與獨覺，都能出生死，從此岸而登彼岸，所以名為乘。但這都是小乘，佛陀的本懷在大乘，所以藥師如來在因地中，發願要以大乘法去轉化他們，使他們回小向大，會三歸一，而入究竟的大乘。
《法華經》說：『佛以一大事因緣故出現於世。』[A10]這一大事因緣，即是使一切眾生，盡皆悟入佛之知見。但眾生根性千差萬殊，好樂不一，事實上不能立即教一切眾生都入佛之知見，所以釋尊一面以此最高目的為原則，一面隨機教化。見行於邪道的眾生，即教以三乘法門；見聲聞獨覺停滯在自利的化城，即教以大乘究竟法門，叫他們再向前走，直至般涅槃——寶所為止。第四大願，包括了回邪向正、回小向大。經說安立與安住，有令他永遠不退轉的意義。如凡夫確生出離心，向二乘聖道，即不再退回凡夫；大乘確發自利利他的廣大菩提心，永向佛果而不再退心為小乘或凡夫。
庚五 戒行清淨願
第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
前四願，依藥師如來的自證功德，利樂眾生；此下，因眾生有了缺陷，苦痛，需要援助救濟。上來是與樂，此下是拔苦。藥師如來對苦難眾生的悲濟，以及消災免難，將由這第五大願起，逐一顯示出來。
此願說：將來成佛時，假「若有無量無邊」的「有情」，「於我」藥師佛的正「法中」，「修行梵行」。梵行，一、約一般意義說，指一切清淨行（梵是清淨的意思）；二、約特殊意義說，專指出家的不淫戒；三、約中義說，凡佛所制的戒行名為梵行。在藥師佛土的淨法中修行、受戒：不問所受的是比丘戒，或是沙彌戒，或五戒，或菩薩戒，凡參加過藥師法會，聽聞藥師聖典，稱念藥師名號的眾生，「一切皆令」獲「得」圓滿的「不缺戒」。缺就是犯戒或僅持一分；不缺即能圓滿受持。比方受五戒，全部都持守得嚴格、清淨，便是不缺；若只能持得三四戒，或部分犯輕垢罪，即是缺戒。仗藥師慈光威德的加被，受戒，或受戒而有所缺犯的，都能得圓滿受持。而且，都能「具」足大乘菩薩的「三聚戒」。三聚戒：一、攝律儀戒，即五戒、十戒、二百五十戒等。二、攝善法戒，如修布施、持戒等六度四攝。三、饒益有情戒，大乘菩薩一切要以利益眾生為前提，若但為自利而不利他，即是犯戒。能依藥師的淨土法門去修，即能得到三聚戒的圓滿不缺。佛法中受戒，先是未受令受，已受的令守。受了戒以後，不一定能清淨嚴持，這是多數人難免的現象，即在佛陀時代，有的聖者也還有不能圓滿受持的，何況一般煩惱深重的凡夫？因此，佛法中有懺悔法門。如只知受戒而不持，或有所犯而不知懺悔，即難得清淨。所以藥師如來本願，更進一步地說：「設有」眾生「毀犯」了禁戒，但由聽「聞」了「我」佛的「名」字，「還」可「得」到「清淨」。清淨就是罪障消除；罪業消除，自然就「不墮惡趣」了。惡趣，即地獄、餓鬼、畜生的三惡道。眾生因聞佛的聖號，而如法懺悔，便得免墮三途，這是藥師如來的慈悲與方便，也是為了懺悔業障。稱佛名號，戒行能重獲清淨，是方等大乘的懺悔法。然並非一聽佛號就等於懺悔，必須一心一意的持佛聖號，對過往錯失，至誠發露懺悔，禮拜，供養，時時攝心於佛號佛德上。久而久之，罪業自然消除，內心感受佛的光明，恢復了本來的德行清淨。
庚六 諸根具足願
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲、聾、瘖、瘂、攣、躄、背僂、白癩、癲狂、種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
藥師如來的第六大願說：將來成大菩提時，「若」有「諸有情」，因罪業所感，致使報「身下劣」，眼等「諸根不具」足。下劣即身體矮小或衰弱，或身分不稱，頭大身小，身長足短，以及種種畸形。諸根不具，有外表的，如眼耳損壞，或手足殘缺，或缺唇爛鼻等等；有內在的，從外表看來，身體各部完全無缺，可是事實上，耳鼻等失其功用，已屬殘廢。還有，「醜陋」是根身的相貌不端嚴。「頑愚」是意根的不懂事理。眼不見物的瞎子叫「盲」；耳根失靈，聽不到聲音，叫「聾」。「瘖」是喉音嘶沙，語音不亮。「瘂」是不會說話的瘂巴。「攣」是瘸手。「躄」是跛子。「背僂」即駝背。「白癩」是大痲瘋。「癲狂」即神經反常。這「種種病苦」，是世間最難醫治的殘疾，但聽了藥師如來的「名」號，或一心稱念，或禮拜供養，蒙藥師如來功德威力的加被，「一切皆得」到救治。令身相醜陋的轉為「端正」；頑愚癡闇的也轉為「黠慧」。「諸根」損缺的，也都「完具」起來。總之，攣躄等一切的疾病，受藥師如來威德力的加被，也得徹底治療，再也「無諸疾苦」。我們稱佛為大藥師大醫王，也就是這個意思。
眾生如有善根，有因緣，能依藥師法門的開導去實行，確能消除一切病患；不但藥師如來是如此，即釋尊在世時，得到救治的病苦眾生，也不知有多少呢！據佛經所載，舍衛城有一婦人，由於她的丈夫，在田作時被牛牴死；兩個小孩，又在渡河時失去；房屋又因鄰家失火而燒光了，她怎受得起這個打擊！結果她發瘋了，連衣服也不穿，赤裸著身體，到處亂跑。一天，不知怎的竟跑到祇洹精舍，她望見佛相莊嚴，光明顯赫，心裡忽然清醒過來。看看自己一絲不掛，自覺難以為情，便蹲在地下。佛命阿難，拿件衣服給她披上。然後為她說法，開示人世無常的真理。瘋婦聽了佛的開示，不但瘋病得以解除，而且證了聖果。
一般人只見生理上的疾患，而不知心理的病態。有些人雖長有眼睛和耳朵，但不能分辨善惡是非，不愛聽正法善語，這與瞎子聾子有何差別？或雖手足具全，而懶惰不務正業，不做好事，不走正路，這與攣躄又有甚不同？或沒有氣節，不顧正義，一味卑躬下賤，不肯挺起脊梁做一堂堂正正的人，這豈不等於駝子？白癩是容易傳染的痼疾，這如某些危害人類的不良思想，一經蔓延開去，置無數人於無可救藥的苦境。從前，南印度有一位法師，在講經席上，為大眾開示飲酒得癲狂報。當時國王也在座，就起來問難說：飲酒的人佔多數，何以患癲狂病的卻寥寥無幾？法師並不回答什麼，只用手向聽眾指了幾下。在座聽法的外道們，以為法師無言可答，大家讚嘆國王的智慧。但國王卻領悟了，認為法師答得最妙。法師所指的，就是正在得意的外道。他們有的長年裸體；有的不吃飯，而吃野草樹葉；有的不睡覺；有的冬入寒冰，而夏天在太陽中曝晒。這種思想的邪僻，行為的怪誕，實都是心理變態的癲狂病者！
藥師如來發此大願，不獨願身體有疾病、有殘缺的眾生，可因聞名號而得到徹底救治；即心理不健全的各種病患，也可因佛而好轉過來，以獲致身心端嚴的理想人生。
庚七 身心康樂願
第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
此願眾生都得到健康、快樂，雖仍是基於救拔眾生的病苦，不過與前稍有不同；前願特別重在身體上的各種惡疾，而這是通泛的一般病苦，而且重視貧病。
藥師如來因地中說：將來我成佛的時候，「若諸有情」受了「眾病」的煎「逼」，苦「切」，同時又「無」人「救」治，「無」所「歸」托。或「無」力延「醫」，「無」錢買「藥」；或「無親」戚朋友，「無」父母兄弟，夫妻兒女等「家」屬，可以服侍照應。如此「貧窮」如洗，而又孤獨伶仃，病纏「多苦」，人生世間，真沒有比這更不幸了！可是「我」藥師如來的「名號，一經」那苦難眾生的「耳」鼓，即得「眾病悉除，身心安樂」；而且「家」庭親「屬」，「資」生之「具」，也就能「悉皆」具備「豐足」起來了。不僅如此，以聞的善根因緣，能進修福德智慧，一直到「證得無上菩提」。
稱念藥師如來的名號，一切病苦便可消除，這確是常事。念佛，或念觀世音菩薩的聖號，獲得佛菩薩的加被，因而病患得以消除，恢復健康，在我們佛教徒中，得到真實經驗的，著實不少。至於沒有家屬，一聞佛名便可具足，這似乎不可能。須知這不是說父母死了，念佛又會復活起來；或本無家屬，一聞佛名便都有了。這是說：過去由於因緣不足，福德薄劣，所以貧窮孤苦。此後，以善根福德增長，身心恢復健康，由於從事事業的努力，便能把家庭建立起來；親屬朋友，也因人緣的轉好而逐漸增多。佛陀的慈悲雖極普遍，但對於孤苦貧病的眾生，特別關懷，特別護念和救濟。所以釋尊在世時，特別倡導施醫施藥，救濟孤獨。凡身為佛子，修學佛法，須體念釋迦的精神，效法藥師的本願，隨分隨力去做！
庚八 轉女成男願
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
藥師如來的第八大願，是說：「若有女人」，「為女」身「百惡之所逼惱」，而「極」其苦痛，「生厭離」心，「願」意能夠「捨」棄「女身」。女人的苦事多，所以說有百惡；這可分生理與心理二方面說。一、生理上的苦患：如女孩一到成年，就有月經；又如生育小孩，也是女人最感痛苦的事。二、心理上的病患：如嫉妒心、虛榮心，一般都比男子為重。三、在社會所受的歧視：女人在社會的處境，無論是家庭或社團，從過去到現在，仍未完全取得與男人同等地位；一般對於女人的輕視，還是或多或少的存在。因此，就心生厭惡，希望捨離女子的身形。藥師如來為滿足眾生的要求，特發此大願：若有願捨女身的，「聞我」藥師如來的「名」號，一心稱念，禮敬供養，「一切皆得轉女成男」，「具」足大「丈夫相」。由此修行，「證得無上菩提」。女人的希求男身，古來社會是極普遍的，可是現代的女性，對於自己，不但不生厭離心，似乎還特別滿意，喜歡修飾，處處表現出自己是女人，要男人注意她；這是愛好女身的表現。據報載，美國有個百萬富翁，也要動手術希望一過女人生活呢！這雖因社會的逐步接近男女平等的理想，而科學發達，醫藥昌明，女人特有的痛苦，如分娩等，也減輕而逐漸消除；然現代女性的地位，還是不平正的，從迷醉於物欲而來的自己愛好，其實是忘記自己了。
在大乘佛法中，男女本來是平等的。不過女人的性格，確乎要心胸狹窄，嫉妒心重些，特別講究修飾。希望在座的女同道們！要盡可能糾正自己，學作大丈夫。經說：學大乘法，修菩薩行，要有大丈夫的精神才得。關於轉女成男，據經裡說有兩類：一、善根極深，厭離心切，加以精進修行，現生便可轉女成男。二、依大乘法門的開導，如法修行，或稱念聖號，或禮拜供養，來生定可得轉。
庚九 回邪歸正願
第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔羂網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
眾生不知佛法，淪墮於邪道之中，只要聽到藥師如來的聖號，便可脫離邪道，走上正途。沒有佛法的地方，受邪道的熏染特別深。惟願藥師如來的聖號，遍化全世界，使墮於邪道的棄邪向正。
藥師如來因地發願：來世證得大菩提時，要「令」一切「有情」，都能「出」離惡「魔」的「羂網」，和「解脫一切外道」的「纏縛」。網與羂，樣子差不多；捕魚的叫網，捉獸的叫羂。迷信魔外邪說，像魚獸被羂網羅住了一樣，不易解脫出來。魔和外道的不同是：佛法以外的宗教，名外道。魔的意義是殺者，不一定是宗教，如一種主義，一種學說，可使人不信因果法則，抹煞道德價值，或是否定真理。或是使人棄高尚而向凡庸，棄身心修養而求物欲滿足，害人害世的，都是魔。如有眾生落在魔的羂網中，藥師如來方便，使他脫出魔掌，投入佛法的懷抱；如有眾生受了外道邪見的纏縛，藥師佛也使他得以解脫，歸向正法。不論邪魔的，外道的，通稱為「種種惡見稠林」。邪惡見，如同稠密的森林，誤入其中，觸處荊榛葛籐，不易覓路出來。現在藥師本願，要用種種善巧方便，導「引攝」受，使出離魔外的邪見，而安「置」於佛法「正見」之中。「漸令修習」四攝六度等「諸菩薩行」，而「速」能「證」得「無上正等菩提」。
此願是佛令眾生，從魔及外道的黑暗中，奔向光明的正法。魔外的惡見力量極大，如不曾在佛法中得到不退轉，都有受魔外所轉的可能。從前有一比丘，看見裸體的外道，便譏笑他。佛提醒他說：不要笑他，你說不定也還要做外道呢！我們修學佛法，如未得正確而深刻的信解，得不退轉，現生不落魔外，來生，也可能墮入邪網呢！必須如大乘發菩提心，小乘發出離心，得不退轉，才出魔外的稠林，才可真正的歡喜！在這邪說猖狂的末世，我們要時時提高警覺，始能免於魔外的迷蒙。
庚十 從縛得脫願
第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難凌辱，悲愁煎迫，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
「第十大願」，是藥師如來在因地中，發大悲願，濟拔犯法受禁的眾生。願說：「若諸有情」，因犯罪或受枉而為「王法所錄」。國家法律，過去稱為王法；錄，是受國家法律的制裁或審判。經過法律裁判，或用「繩」索綑「縛」，加以「鞭撻」；或受徒刑，「繫」禁於「牢獄」中；罪更重大的，「或當」受剜手足耳目等「刑」，或遭「戮」殺——死刑。「及」其「餘」種種的「無量災難」，受欺「凌」、侮「辱」，而致「悲」傷憂「愁」，交「煎」逼「迫」，「身心」感「受」無邊的「苦」楚！這些苦難，在這個時代，更加普遍。悲心深切的藥師如來，愍念到眾生的苦痛，所以說：受這些刑罰災難的有情，「若」聽到「我」藥師如來的「名」號，由於「我」的圓滿「福德」力，與廣大「威神力」加被他們的緣「故」，便能「皆得解脫一切」災難，而免受「憂」愁「苦」惱！
國家創制法律，原是為了制裁惡人，而保障善良人民的權益，維持社會的治安。社會相當複雜，人與人相處，難免發生糾紛；彼此互相猜忌，互相爭執，互相欺詐，互相凌辱，一切殺盜淫妄種種罪惡，莫不於此層出無窮。所以，為社會的秩序著想，為人民的安寧著想，就非正之以法律，範之以規矩不可了。但因冤枉而受法律誤害的，當然也在所不免。故上說的種種罪犯，從縛得脫，可約兩方面說：一、冤枉的：過去宿業現前，受人誣告，以致被繫，遭種種刑罰。像這類苦難眾生，若能稱念藥師如來聖號，定可業障消除，得免於難。二、確是違犯國法：如匪盜的殺人掠物，擾亂國家治安；或操縱金融，破壞國家經濟；邪淫，或侵佔等。像這種罪犯，稱念藥師名號，是否也能夠免難得脫？如稱名而能得脫，那等於獎勵犯罪了。不久以前，蔣總統就職時，有人建議大赦；消息一出，牢裡的犯人反而多起來。因為有人懷著赦免的希望，不惜為非犯罪。這樣的罪人，當然是不能解脫的。不過，如罪有應得，而能於佛生淨信心，慚愧心，至誠懇切的懺悔，確認錯誤，立願痛改前非，這樣的禮念藥師如來聖號，也有得脫可能。須知國家對人民而治以法律，並非惡意，而是要人民向上；即使不得已而刑殺，也是殺一警百。所以犯罪而能真切的悔悟，約個人說，原可以不必懲處。如現在我國，訂有『自首改過』的寬大法律。像這樣犯罪而能虔誠懺悔，稱念藥師如來名號的，感應道交，也可解脫一切苦難。
庚十一 得妙飲食願
第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身；後以法味，畢竟安樂而建立之。
「第十一大願」說：將來我成佛時，「若諸有情」生活困難，而受「饑渴所」逼「惱」，「為」了維持生存，不擇手段去追「求」飲「食」，「造」下了重大的「諸惡業」。世間飲食，不是現成而一求便到的。有知識有才能的，可用智力體力去換取，但無技能，又無資本，那從何而來此資生物呢？為了生活，不是暗偷，便是明劫，或者欺詐，或者恐嚇，但這會造成社會的動亂不安，決非善事。由此，可知作惡也有兩類：一是由於內心的煩惱深重；另一是環境所迫，出於不得已。如由於煩惱所驅使而造罪惡，即應從思想等去解決；若由於貧窮實在沒得吃，沒得穿，就得從經濟方面去解決。藥師如來因地發此大願，即從解決後者著手。所以說：一切饑寒無衣無食的眾生，若「得聞我名」字，依照佛的開示，「專」心憶「念」，信「受」奉「持」，那麼「我當先以上妙」的「飲食，飽足其身」，然「後」進一步，「以」無上的佛「法味」，使他們「建立」於佛的正法中，得「畢竟安樂」——究竟解脫樂。
飲食只能作暫時的救濟，不是解決問題的根本辦法。如人的思想不正，行為放蕩，不守信用，不務正業，弄到經濟拮据，生活困苦，這決非救濟所能解決的。如先以飲食飽其口腹，進而教以人生正行，知識技能，使生活改善，從事職業，就相對的解決了。再進行一步，令其修學佛法，在佛法豐富的寶藏中，得世間希有的無上法樂，那才是究竟的救濟。古語說：『衣食足，而後知禮義。』藥師如來，針對這一現實，故發此願，先以食味，再以法味。有人說，佛法是出世的，不問人生現事，實在錯誤！佛法的重視現實人生樂，我們讀了藥師佛的本願，便可知道。中國佛教的衰微，似乎是忽略了藥師法門的救濟，而專重於後世與出世佛教的弘傳。所以今後的佛弟子，應多多發揚藥師精神，多從事救濟運動。藥師如來在因地中，發了這一大願，對於我們確為最有意義的啟示。
庚十二 得妙衣具願
第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足。
藥師如來的「第十二大願」，希望他將來成佛時，使一切貧苦有情，都能得種種美妙的衣服、裝飾品，及娛樂用具。
「若諸有情」，因為「貧」窮困難，「無衣服」穿，也沒有被褥帳子，為「蚊虻」所苦；冷天無衣禦「寒」，「熱」天無衣遮體。這樣的「晝夜逼惱」，不勝其苦。藥師如來悲愍眾生，願使這一切苦惱有情，得到安樂，所以說：「若聞我」藥師如來的「名」號，「專」心稱「念」，如法「受持」，那麼承藥師本願功德與威神力，即能「如其」內心「所好」，高興得什麼，「即得」什麼——長的、短的、厚的、薄的，「種種」高貴的「上妙衣服」。同時，「亦」能「得一切寶莊嚴具」，如首飾、寶石、古董、花瓶等類；還有「花鬘」、「塗香」，這都是屬於嚴飾身體的東西。此外，還有「鼓樂」——音樂，「眾伎」——娛樂所用各樣器具。總之，「隨」貧苦眾生的「心」意「所」愛好「翫」賞的，藥師如來「皆」能「令」他得到「滿足」。
己三 總結
曼殊室利！是為彼世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺，行菩薩道時，所發十二微妙上願。
以上分別說明十二大願，現在總結。
釋尊說完了藥師如來的十二大願，又呼「曼殊室利」說：這「是」「彼」東方淨土的「世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺」，在因地「行菩薩道時，所發」的「十二微妙上願」。如來、應、正等覺，如上已說，都是佛的通號。經裡對於佛號，有時具用十號，有時略稱三名，有時單說一名；這裡用不廣不略的三個通號。此十二願，非一般的誓願可比，純由大悲心所流露的利他大願，所以稱為微妙上願。
從十二大願的內容看，第一大願為生佛平等願；此後，便是思想的正確，行為的合理，生活的豐富；缺陷的加以彌補，病患的予以救治，苦痛的予以安樂。不但著重衣食等物質生活，又注意到教育，健康，正常的娛樂，達到人類的和樂生存。學佛，決非死後才有好處。藥師如來的十二大願，啟示得最為明白。所以佛法的流行世間確能領受實惠，確能適應現實人生的。
太虛大師倡導人生佛教，即側重生活的改善、解決。這並非說專重吃飯穿衣的事，而是提示我們，要在現實人生樂的基礎上，發大乘心。菩薩的精神便是為眾生服務。修學佛法的，能依菩薩的精神去躬行實踐，即是菩薩。大家想想，果然都遵照藥師如來十二大願的開導，和大師人生佛教的提示去做，這世界不就是淨土，不就是康樂的國家，理想的社會了嗎？國父倡說民生主義，說明衣食住行的重要；總統又作育樂兩篇的補述。育即教育方面；樂是健康娛樂方面。藥師法門，除了重視生活上的衣食住行，以及健康、衛生、娛樂而外，還特別重視思想的正確。所以藥師法門的重心，在乎十二大願，與民生主義的精神，非常吻合。我們如能以此而淨我身心，建我國家；擴而大之，澄清人類的思想，糾正人類的行為，發展人間的產業等，世界和平的實現，也就有希望了。所以民國二十二年，戴院長在寶華山啟建藥師法會，即仰承藥師如來的精神，領導大眾發十二大願。這完全是實踐藥師的精神，配合民生政治的要求，承藥師如來的願力，希望藥師淨土實現於人間。我們要依如來本願去實行，才是真能修學藥師淨土法門的人。
戊二 果德
己一 說略指廣
復次，曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來，行菩薩道時所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫，若一劫餘，說不能盡。
如來在因地所修的廣大行願，已逐一說明；現在再顯示證大菩提時所成就的果德。
現在要另說一論題，所以佛說，「復次」。釋尊告訴「曼殊室利」：「彼」東方淨土的「世尊藥師琉璃光如來」，在因地修「行菩薩道」的「時」候，「所發」的廣「大」悲「願」，「及」成佛時，「彼佛」所有國「土」的殊勝「功德」，清淨「莊嚴」，「我」（釋尊自稱）就是在「一劫」，或「一劫餘」的時間，也「說不能盡」。劫，梵語劫波，義譯為時分；有小劫、中劫、大劫。依佛法說，世界最初成立，人壽八萬四千歲，百年減一歲，慢慢減到人壽十歲時，又百年增一歲，一直增到八萬四千歲；這樣的一減一增，名叫小劫；二十個小劫，為一中劫；八十個小劫為一大劫。菩薩的行願無量無邊，佛陀的果德，也是極廣極多，這那裡說得完。所以釋尊所說藥師如來的本願功德，果地莊嚴，都只是略說一滴而已。說來雖簡略，而實是說一劫或一劫多的時間，也是說不盡的。
己二 以西喻東
然彼佛土，一向清淨，無有女人，亦無惡趣，及苦音聲。琉璃為地，金繩界道，城、闕、宮、閣、軒、窗、羅網，皆七寶成。亦如西方極樂世界，功德莊嚴，等無差別。
釋尊在宣說藥師法門之前，已先說《阿彌陀經》，開顯了西方極樂世界的淨土法門；故本經關於藥師的清淨國土，不再加以詳述，而以極樂世界為例。因為佛佛道同，佛與佛的淨土，也是沒有什麼兩樣的。今說明東方淨土的莊嚴，從二方面說：一是有情正報；二是世界依報。藥師如來的淨琉璃世界，自成就以來，「一向」都是「清淨」的。我們的世界或起初清淨，後變污穢；或最初穢染，後轉清淨，而東方淨土則始終一如。到底怎樣的清淨呢？第一、「無有女人」，女人如前文所說，身有百惡。同時，有了男女即有夫婦，於是產生種種的不清淨。東方藥師淨土，沒有女人，一切都是大丈夫；換句話說，沒有男女相，一律平等平等，無有男女差別。第二、「無惡趣」，一切惡趣都是罪業所感，而往生淨土的眾生，都已消除業障，善根具足。如《彌陀經》所說『彼佛國土，無三惡道』[A11]；『其佛國土，尚無三惡道之名，何況有實』[A12]？因無惡趣，所以第三、無有「苦」痛的「音聲」。以下敘述淨土的依報：藥師如來的國土，「地」面是由天然的「琉璃」寶所成的，通明透亮；用「金繩」分「界」為「道」。「城」即城墻，「闕」即城樓，「宮」是宮殿，「閣」為小樓，「軒」是屋上的飛簷；以及「窗」戶、「羅網，皆」是「七寶」——金、銀、琉璃、玻璃、硨磲、赤珠、瑪瑙所「成」就的。一切「功德莊嚴」，與「西方極樂世界」毫無二致。如要知詳細情況，可讀大本《阿彌陀經》。
己三 以伴讚主
於其國中，有二菩薩摩訶薩：一名日光遍照，二名月光遍照，是彼無量無數菩薩眾之上首，次補佛處，悉能持彼世尊藥師琉璃光如來正法寶藏。
東方淨土，不但有藥師如來，還有無量無邊的菩薩輔助教化。如國家——有了最高的元首外，還有輔弼治理國家的文武百官。東方淨土也是如此，還「有二菩薩摩訶薩」，為其宣化的得力助手：「一名日光遍照」菩薩，「二名月光遍照」菩薩，「是彼」國土「無量無數菩薩眾」中的「上首」。上首，即領導者。用譬喻說，在明淨虛空中，日、月光明，為無量無邊的星光的上首。二大菩薩是藥師如來的繼承者，是「次」後「補」登「佛處」的。娑婆世界的補處，為彌勒佛；西方淨土的補佛處者，為觀音、勢至；淨琉璃世界，則為日光、月光二大菩薩。二菩薩的功德智慧最大，「悉能」受「持彼世尊藥師琉璃光如來」的「正法寶藏」，如王太子能推行父王的政治，才能繼承王業。補處菩薩是佛陀正法的繼承者，當然能受持佛的正法寶藏。正法的法，即常遍的實相。此法不邪名為正；也可名妙法，即是不粗淺而微妙的；約離卻二邊，也可名為中法。藏是庫藏，一切錢財珍寶，不用時可以放進去，要時就拿出來名為藏。一切清淨微妙的功德法財，也都從此正法而流出；一切無邊功德法門，也都含藏於此，所以正法名為寶藏。對此正法寶藏，二大菩薩是能受持而不失，弘通而無盡的。
丁三 結勸往生
是故曼殊室利！諸有信心善男子、善女人等，應當願生彼佛世界。」
上來說明了因地行願，依正果德。即知東方淨土是如此的莊嚴，「是故曼殊室利！」凡是對藥師法門「有信心」的「善男子、善女人等，應當」立定志「願」，求「生彼」藥師「佛」的淨琉璃「世界」。不但資生物是無限的豐富，大眾是非常的和樂，而且能受佛的教化開導。依後文說：凡能生東方淨土的，即得不退菩提。這樣的法門，在十方淨土中，也是難得希有的，應當發願往生才是。
丙二 善巧方便
丁一 聞名憶念益
戊一 離惡益
己一 離慳悋貪惜惡
爾時，世尊復告曼殊室利童子言：「曼殊室利！有諸眾生，不識善惡，惟懷貪悋，不知布施及施果報，愚痴無智，闕於信根，多聚財寶，勤加守護；見乞者來，其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉，深生痛惜。復有無量慳貪有情，積集資財，於其自身尚不受用，何況能與父母、妻子、奴婢、作使，及來乞者？彼諸有情，從此命終，生餓鬼界，或旁生趣。
如來開示中，依正行願已講完；現說藥師佛的善巧方便。藥師如來，依過去因中的本願力，及現證佛果的無邊功德，救度一切苦難眾生。度生主要是慈悲，而慈悲是內在的，須有高度的善巧方便，才能表現出來。救濟眾生的利益，可分三類：即聞名憶念益，持咒治病益，供養受持益。聞名利益中，又有離惡與得善二類；離惡也有四種，先明第一離慳悋貪惜惡。
這是另一大段，故開頭又說「爾時」，即世尊開示藥師佛國如何莊嚴，勸勉大家往生彼土之時。釋迦「世尊」又「告」訴「曼殊室利童子」：「有諸眾生，不」能辨「識善惡，惟」是一味「懷」著慳「貪」鄙「悋」心。這不識善惡，不是白癡；世間儘有聰明人，滿腹經綸，才智橫溢，然而好事不做，反而盡力作惡。這裡所指，就是那些否認善惡因果，抹煞道德價值的人。因不識善惡因果，所以也就「不知布施」的意義，「及」布「施」的「果報」。有些人，可以一下賭輸幾千元，但遇到慈善公益的事情，連少數都捨不得捐助。有些人，可以為男女朋友無謂的吃喝玩，花上幾千幾萬，而不能布施一碗飯給求乞的窮人。這些人雖不是慳悋，而不知人與人間，是禍福相關的，有互助救難的必要，應該從布施中，增長自己的功德，求得自己更富裕的果報。財物原是布施功德所得的。如一粒穀子，播作種子，將有更多穀子的收穫。可是有些人，不識善惡因果，認為布施是最不上算的事。這些人，不識因果善惡，是「愚癡無智」；於三寶功德，也「闕於信根」。由於不識因果，不信三寶，所以對一般貧病，及三寶功德，都不肯布施。他們一天到晚，一味的貪悋，辛苦地為財物而「勤加守護」，捨不得布施。若「見」有貧窮的向他「乞」求衣食，或是慈善機構向他勸捐「來」了，「心」裡便討厭而「不」歡「喜」。但有時，因人事關係，面子關係，「不」得「已而行施時」，就「如割」了他的「身肉」一般，「深生痛惜」。
像這種人，為自己還捨得花錢，雖然花得並不正當。還「有無量」數的「慳貪有情」，但知把「資」產「財」物「積集」起來，對「於」「自身尚」且捨「不」得「受用，何況能」孝養「父母」，贍養「妻子」？對家裡的「奴婢、作使（佣人）」，不用說是刻薄了；以「及來」向他乞求的「乞者」，更不會施予分文了。在這種人的心目中，只有錢好，而且越多越好；至於要錢何用，他是從來不曾想到的。「彼諸有情」，如此的慳悋不捨，等到「從此」世界「命終」之後，必定要「生餓鬼界，或」者是墮落「旁生趣」，這裡文略，應還有地獄。餓鬼，顧名思義，它永遠在求食，而永遠食不飽；渴得連水都求不到一滴，長期生活在餓渴的逼惱中。這是貪無厭足，有錢財不肯布施的應得後果。旁生即是畜生，有些也是貪悋而墮落的；畜生也時常找不到食，如虎狼雖猛，有時也不免挨餓。貪悋不厭的人，永不滿足，即得永不滿的惡報。
由昔人間，曾得暫聞藥師琉璃光如來名故，今在惡趣，暫得憶念彼如來名，即於念時，從彼處沒，還生人中。得宿命念，畏惡趣苦，不樂欲樂，好行惠施，讚歎施者，一切所有悉無貪惜，漸次尚能以頭目手足血肉身分施來求者，況餘財物！
上文所述，因貪悋而墮入惡趣的眾生，「由」於往「昔」在「人間」的時候，「曾」「暫」時聽「聞」到「藥師琉璃光如來」的「名」號，有意無意中稱念過，在心中留下種子，所以當他墮「在惡趣」，受眾苦煎迫，無處可避時，忽然便能「暫得憶念彼如來名」，生恭敬心，至誠懇到而皈向如來。憑此暫時憶念如來聖號的功德，「即於」這一「念時，從彼」三惡道「處沒」——結束了苦難生命，「還」得受「生人中」。由此可見藥師如來的慈悲方便！偶而聽聞過他的名號，就有這麼大的功德，真是佛德難量！眾生聽聞佛號，內心就留下影子，佛法叫做『聞熏習』。一旦遇到苦難，就能記起，且以此而離苦。有些人平時不一定相信，遇難時，才記起來觀音菩薩等聖號，而虔心稱念，於是得免於難；這是常有的事。還生人間以後，「得」到對於「宿命」——宿生經歷的憶「念」，記起前生曾墮苦趣，由於慳貪悋惜，不肯施捨。於是此生能「畏惡趣苦」，徹底改變已往錯失，「不」再但為自己，好「樂」五「欲」之「樂」，而能利益他人，「好行惠施」——或布施乞者，或供養三寶，或熱心社會的慈善公益。不獨自己好行惠施，並且隨喜「讚歎」別人的布「施」。這樣，自己「一切所有」的財物，「悉無貪惜」而能布施；「漸次」進修，從外財到內財施，「尚能以」自己的「頭」、「目」、「手」、「足」、「血」、「肉」、「身分」，布「施來求」乞的，何「況」其「餘」身外的「財物」？這是由於聽聞藥師如來名號，而能脫離慳貪悋惜的惡行與惡果。
己二 離毀犯見慢惡
復次，曼殊室利！若諸有情，雖於如來受諸學處，而破尸羅；有雖不破尸羅，而破軌則；有於尸羅、軌則，雖得不壞，然毀正見；有雖不毀正見，而棄多聞，於佛所說契經深義不能解了；有雖多聞而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨，如是愚人，自行邪見，復令無量俱胝有情，墮大險坑。此諸有情，應於地獄、旁生、鬼趣，流轉無窮。若得聞此藥師琉璃光如來名號，便捨惡行，修諸善法，不墮惡趣。
釋尊又告訴「曼殊室利」說：「若諸有情」，「雖於如來」正法中，「受諸學處，而」卻「破」壞了「尸羅」。學處，即戒律，為佛弟子所應當修學的處所。佛法有種種學處，如在家眾受五戒，比丘眾受比丘戒，菩薩眾受菩薩戒，其學處各各不同，所以說諸學處。受了學處，就得守持不犯。但眾生煩惱重，或環境惡，往往因放逸而毀犯了。梵語尸羅，是清淨的意思，義譯為戒。持戒能滅除一切煩惱業障，得到清涼自在，所以名為尸羅。破尸羅，即破犯殺盜淫妄等性戒。有的人，「雖不破尸羅」——性戒，「而破」了「軌則」。佛弟子受戒，還兼受有關於僧團生活的軌則，或處群入眾的軌則。破尸羅罪重，但是損壞私德；如破了軌則，更是違犯團體的公共規律。事關公共，罪過實也不小。這即是私德好而公德不好。「有」的人，對「於尸羅、軌則」，都能受持遵守，「不」曾毀犯破「壞」，「然」而「毀」壞了「正見」。這即是說，行為雖不壞，但思想錯誤，不正確。知有善惡、因果，有生死、解脫，有聖賢、凡夫，這是世間正見；解苦、空、無常、無我、涅槃寂靜、法性如如，是為出世正見。佛住世時，有一比丘，以為涅槃是什麼都沒有，這是破壞正見的邪見。戒德、規律，雖守好，可是破了正見，罪惡更大！因為破了正見，會影響別人，如對佛法的見解不正，傳播邪謬的教法，受害的人就多了。「有」的人，「雖」能「不毀正見」，「而」捨「棄多聞」。這類眾生，知見雖然正確，可是忽略了法門無量誓願學的精神，而以一部經、一句佛為滿足，甚至把其他無邊經論視為多餘的。這樣，對「於佛所說契經」的甚「深義」理，當然「不能解了」，每每誤以不了義為了義。假使學佛的都如此，豐富的三藏寶典，那便只有置之高閣。斷人慧命，滅人眼目，罪過該是如何重大呢！「有」的「雖」不棄「多聞」，對佛法很有體會，造詣極高，可是起「增上慢」——依增上法而起慢，即未證謂證，未得謂得。世間學者，學識高人一等，每起驕慢；學佛的也這樣，廣學多聞，或於止觀小有修驗，不覺就起了增上慢。這種人，「由」於「增上慢」的「覆蔽心」志，狂慢得不可一世，「自是」——自己對，而「非他」——說別人不對。結果，他是誹「謗」了「正法」，自認為如來嫡子，獨得正法，而不知實已成「為魔」的「伴黨」了！「如是愚人」，不但「自」己「行」於「邪見」，同時「復令無量俱胝（億）有情」，也「墮」落邪見的「大險坑」！
「此諸有情」，學佛法而入歧途，罪大惡極，合「應」墮「於地獄、旁生、鬼趣，流轉」生死「無」有「窮」盡，一直受諸苦惱。但藥師佛的慈悲威力，是不可思議的。所以在他破尸羅，到起增上慢的一生中，「若得聞此藥師琉璃光如來」的「名號」，「便」能懸崖勒馬，痛改前非，「捨」棄一切「惡行」。破尸羅的能轉持淨戒，犯軌則的能遵守，乃至不棄多聞，不起增上慢；反而勇猛精進，「修」習種種「善法」——持戒、正見、多聞、離增上慢，就此能「不」再「墮惡趣」。這如從層樓墮地，而從半途中把他救濟過來。
設有不能捨諸惡行，修行善法，墮惡趣者，以彼如來本願威力，令其現前暫聞名號，從彼命終還生人趣，得正見精進，善調意樂，便能捨家趣於非家，如來法中，受持學處，無有毀犯；正見多聞，解甚深義，離增上慢，不謗正法，不為魔伴，漸次修行諸菩薩行，速得圓滿。
業障輕而善根深的，稱念藥師如來的聖號，可以因慈悲願力的加被，而改惡向善，不致墮落惡趣。但如「有」罪業太重，善根微劣，一時在思想上、行為上轉不過來，「不能捨諸惡行，修行善法」的，當然不免要「墮」落「惡趣」。但「以彼」藥師「如來」的「本願威力」，「令」此罪惡眾生，「現前暫」得聽「聞」藥師「名號」。以此功德，即能「從彼」惡趣「命終，還生人趣」。這回受了教訓，吃了大苦，痛定思痛，深覺從前毀戒破見的不是，而得住於「正見」的基礎。繼而「精進」修行，「善」能「調」伏內心的「意樂」，使它合理。因為切實體驗到三惡道的可怕，深感佛德的崇高，及其慈悲救濟的恩德，所以不再戀著世間，「便能捨」離「家」庭，「趣」向「於非（出）家」，在「如來」的正「法中，受持」種種「學處（戒）」，恐懼戒慎，「無有毀犯」。而且起「正見」，求「多聞」，「解」了契經的「甚深義」理，遠「離增上慢，不」再毀「謗正法，不」致墮魔坑而「為魔伴」黨。這樣的「漸次」升進，「修行諸菩薩」的六度萬「行」，功德便可迅「速」地「得」到「圓滿」。
這段文，對修學佛法的，尤其是末法的現在，顯得更為重要。若犯了以上的種種過失，將墮落而無以自拔，那便應就此現生，勤加修習藥師法門，稱念藥師名號，祈求藥師如來慈悲願力的加被，使我們消除業障，改惡向善。莫待墮入三途受苦，回頭再來修行。
己三 離嫉[A13]妒誹謗惡
復次，曼殊室利！若諸有情，慳貪嫉妬，自讚毀他，當墮三惡趣中，無量千歲受諸劇苦；受劇苦已，從彼命終，來生人間，作牛、馬、駝、驢，恆被鞭撻，饑渴逼惱；又常負重，隨路而行。或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恆不自在。
「嫉妬」，即是不耐他榮，從「慳貪」煩惱而引生；由於嫉[A14]妒心，必然會「自讚毀他」。如見人有錢、有勢，或有聲望、有地位、有學問、有能力、有道德，一切比自己強，便不能忍受而起嫉[A15]妒障礙，自讚毀他；不毀謗別人，便顯不出自己的好處。然而須知自讚毀他，罪惡極重，將來「當墮三惡趣中」，經過「無量千歲，受」盡「諸」般慘痛「劇苦」。不但地獄、餓鬼中多苦，就是「受」完了「劇苦」果報，「從彼」惡趣「命終」，又「來生人間」。或「作牛、馬」、駱「駝」、「驢」子等畜類，「恆」常「被」人「鞭撻」，忍受「饑渴」等「逼惱」；「又常」為人背「負重」擔，「隨路而行」。即使「或得為人」，也還是「生居下賤」，愚笨無能，一輩子「作人奴婢，受他驅役」支配，自己做不得主，得「不」到自由「自在」。自讚毀他，只是想高高在上，果報反而是生居下賤，被人奴使。
若昔人中，曾聞世尊藥師琉璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依。以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恆求勝法，常遇善友，永斷魔羂，破無明㲉，竭煩惱河，解脫一切生、老、病、死、憂、悲、苦惱。
然而這些眾生，「若」往「昔」生在「人中」的時候，「曾」經聽「聞世尊藥師琉璃光如來」的「名號，由此」宿習的「善因」，現「今」又「復憶念」起如來，生慚愧心，「至心歸依」藥師如來，懇求救濟。那時，「佛」便「以」大威「神力」，慈愍護念，無論牛馬畜生，或是奴婢驅役，無邊痛「苦」，完全得到「解脫」。而且，轉而成為「諸根聰利，智慧多聞」，知道「恆求」上「勝」的佛「法」；常「常遇」到「善友」，遠離惡知識；「永」遠「斷」除「魔」外的邪見「羂」網，突「破無明㲉」。㲉，就是卵。如雞在未孵出時，閉在蛋㲉內，是黑暗而不自由的；眾生在無明煩惱的蒙蔽中，愚癡暗昧，不得解脫自在，也如雞在㲉內。所以破除無明，稱為破無明㲉。險惡洶湧的「煩惱河」，為眾生沈溺處，也因佛力的加持，進修而使之枯「竭」。無明與煩惱，是滋潤生死的源泉，既破無明㲉，竭煩惱河，「一切生、老、病、死，憂、悲、苦惱」，當然也就完全「解脫」了！
己四 離鬪訟咒詛惡
復次，曼殊室利！若諸有情，好憙乖離，更相鬪訟，惱亂自他，以身語意，造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害。告召山林樹塚等神；殺諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉羅剎婆等；書怨人名，作其形像，以惡咒術而咒詛之；厭魅蠱道，咒起屍鬼，令斷彼命，及壞其身。
這是離鬪訟咒詛惡。眾生的鬪爭、諍訟、咒詛、謀害等種種不道德的行為，都是導源於瞋恨心。這也可以因念藥師如來的聖號而得解除。
藥師佛的本願，又說：「若諸有情」，因瞋恨心重，彼此相處，不能謀求和合諒解，而卻「好」生是非，歡「憙」互相「乖」角「離」間，以致「更（互）相鬪」爭，互相諍「訟」。鬪，即毆鬪；訟，即諍辯，或作文字上的攻訐，或訴諸法律。結果，兩敗俱傷，「惱亂自」己，又惱亂「他」人，彼此都痛苦不堪。人與人間不能和睦相處，造成家庭的糾紛，社會的擾亂；國家與國家間不能和諧相處，引生國際間的戰亂。總之，人類不能和平，不能互助，皆由瞋恨煩惱的作祟。好喜乖離，自他惱亂的眾生，「以身語意」三業，「造作增長種種惡業」。你害我，我也害你，「展轉」報復，「常」時在做「不饒益」眾生的惡「事」；或公開，或暗裡，在「互相謀害」。
有力有勢的，可以直接謀害對方；而無能力的，即另想祕密的邪惡辦法。如禱「告」「山林樹」木，以及「塚」墓間的鬼「神」，請它們代替報復。或「殺」牛羊雞等「諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉」與「羅剎婆等」。藥叉，義譯輕捷，行動極為迅速，有大勇力。羅剎婆，義譯暴惡。這二者，是惡鬼中力量很大的，所以祭祀他，請他傷害敵方。或「書」寫「怨」仇「人」的「名」字，中國又加上怨仇的生辰八字，用草木「作其形像，以惡」毒的「咒術而咒詛」他。或以「厭魅蠱道」相害：厭，如泥木匠，嫌主人待遇不好，就在屋樑或墻壁間，暗藏些刀箭假人之類的東西，使主人居住不安；魅，近於中國所說的妖精；蠱道，是集毒蟲在一起，讓牠們自相殘殺，到最後剩下一隻，把牠弄死，磨成粉末，然後偷放入仇人的食物或衣服中，使他受毒致斃。還有「咒起屍鬼」的，是對死尸念咒，使屍首活動起來，給他刀槍，要他去「斷」仇人的生「命」，以「及」損「壞其身」體。這些都從瞋恨心出發，害人不到而想出的邪術惡法，都是不道德的。現在時代進步了，少有用這些邪術害人，但人與人的仇恨，仍然非常之深，而相害的手段，更為毒辣、殘酷。
是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號，彼諸惡事，悉不能害。一切展轉皆起慈心，利益安樂，無損惱意及嫌恨心；各各歡悅，於自所受生於喜足，不相侵凌，互為饒益。
像這類受人毒害的「有情，若得」聽「聞此藥師琉璃光如來名號」，便可承其慈悲威力，使以上的種種「惡事」，失去效力，「不能」再為危「害」，這就是所謂邪不勝正。邪神惡鬼，不管有多大的力量，也不及佛的慈悲願力。如有人遭受誣害，被下級政府機構拘禁，只要最高當局一道釋放令，誰能不服從？所以稱念藥師如來聖號的功德，力量最大！據佛法說，要想危害別人，能否得手，當然是一個問題；若對方果真受害，那他自身也一定有問題的。如佛那樣，身心沒有一絲一毫的污染，淨潔無瑕，任憑再陰再強暴的魔力，也不能損動佛的一毛！猶如我們身上皮膚有傷，一粘著毒藥，便會中毒；若皮膚完整堅實，就不受影響。釋尊在世時，多少外道要陷害他，如用毒藥、惡咒、狂象、大石等，可是全都沒有效用。所以要不受危害，要減輕對方的毒燄，更要增強自己的力量。如遇種種逼惱謀害，應切實受持藥師法門，依藥師如來的加被力，增強自己內在的力量，以消解抗拒外來的魔力。
如得藥師如來的威力加持，不但一切惡事不能侵害，而且「一切」瞋害惱人的毒意，也都消解了，而彼此間能「展轉」的和樂相處，「皆起慈心」；而能相互增進種種「利益」，大家得到「安樂」。彼此間不再存有「損惱意及嫌恨心」；大家都慈顏相向，愛語相勉，「各各歡悅」。對「於自」己「所受」的果報，即使困難艱苦，也能安貧樂道，「生」「喜足」心，「不」再互「相侵」害，互相欺「凌」，而「互」助合作，「為饒益」事。
上面所離的四種惡：一、是出發於貪心，而慳悋鄙惜，不行布施；二、從慢心出發，毀謗三寶；三、從嫉[A16]妒心出發，自讚毀他；四、從瞋恨心出發，鬪訟咒詛。這在大乘中，罪惡極大，比之犯殺盜等根本大戒，並無差別。無論《勝鬘夫人經》、《梵網經》、《菩薩瓔珞經》、《瑜伽菩薩戒經》，都特別提出：若犯了這四種惡，即是菩薩波羅夷罪，違犯大乘戒律。這四種罪惡，個人如不能消除，不能行菩薩道；人類如不能減輕此種罪惡，世界的和平，永久是沒有希望的！所以我們要行菩薩道，消我們的宿業，遏止瘋狂的鬪爭，建設和平大同的理想世界，實有修持藥師淨土，發揚藥師法門的需要！
戊二 得善益
己一 得往生淨土益
復次，曼殊室利！若有四眾：苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，及餘淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年，或復三月，受持學處。以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法，而未定者。
上明離（四種）惡益；此下明得善益，也有四種，先說得生淨土益。
釋尊復對「曼殊室利」說：「若有四眾」佛弟子——「苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦」。苾芻（比丘），苾芻尼（比丘尼），為出家的男女二眾；鄔波索迦（優婆塞），鄔婆斯迦（優婆夷），是在家的男女二眾。在家二眾的名稱，義譯為近事男、近事女，因他（她）們都已信奉三寶，親近佛法。四眾弟子而外，其他信佛法而未受三皈五戒的，為「淨信善男子、善女人」。這些佛弟子，「有能受持八分齋戒」的。八分齋戒，或名八關齋戒：(一)、不殺生，(二)、不偷盜，(三)、不行淫，(四)、不妄語，(五)、不飲酒，(六)、不著花鬘不香塗身，(七)、不歌舞唱伎及過往觀聽，(八)、不臥高廣大床。此八是戒，還有一種不非時食，名為齋，合為八分齋戒。受持八分齋戒的時間，「或經一年」之久，「或」只於一、五、九「三」個「月」內，「受持」此「學處。以此」受戒「善根」，回向「願生西方極樂世界無量壽佛」的淨土，「聽聞」彌陀如來及諸大菩薩的開示「正法」。可是這僅係願望，事實上能否往生，還「未」能決「定」。眾生因娑婆世界的環境太複雜，障礙太多，不易修學正法，所以要發願往生西方淨土；得一個比較理想、比較合宜修學佛法的安身處。如這樣發願，而對於往生還沒有把握，這就得修持藥師法門，以作補救辦法。往生淨土，除一心稱念佛號以外，還應修學其他功德，積集善根，並非只須稱念阿彌陀佛名號。如此處所說，受持八分齋戒；又如《阿彌陀經》說『不可以少善根福德因緣，得生彼國』[A17]，所以修行往生淨土，於信願外，還得兼行布施持戒等功行。
若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八大菩薩，其名曰：文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩。是八大菩薩乘空而來，示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中，自然化生。
願生西方而沒有把握的眾生，「若」能得「聞世尊藥師琉璃光如來」的「名號」，至心持念；依此稱念功德，及如來的本願力，便可獲得助力。所以當「臨命終時」，即「有八大菩薩」——「文殊（曼殊）師利」、「觀世音」、「得大勢（大勢至）」、「無盡意」、「寶檀華」、「藥王」、「藥上」、「彌勒」——「乘空而來」，指「示其」往生淨土的「道路」；一刻間，「即於彼界」的「種種雜色眾寶華中，自然化生」。極樂國土的寶華，如《阿彌陀經》說：『大如車輪，青色青光，黃色黃光，赤色赤光，白色白光，微妙香潔[A18]。』往生西方的眾生，就在各種不同顏色相雜的寶華中，不須父母因緣，就能自然化生。念阿彌陀佛，臨命終時，有觀音、勢至二大菩薩來接引；若念藥師如來，則有八大菩薩來迎。這裡有個問題：經中『即於彼界』的彼字，究竟是指東方琉璃世界？抑是指西方極樂世界？可作兩種說法：一、受八大菩薩的引導，往生西方淨土，這是很通情順理的。二、初發願往生西方淨土，因沒有把握，後又得聞藥師如來名號，始有八大菩薩的接引，是往生東方淨土的。這二種說法都可通，因為佛佛平等，淨土當然也是一樣。我們生到那一淨土，依憑我們過去的願力，功德力。如對阿彌陀佛的信心強，現在稱念藥師如來，藥師如來即能以慈悲願力，助我們往生西方阿彌陀佛的國土。阿彌陀佛力，伸手拉我們，而藥師佛力，又在後面推一下，生西方淨土就容易了。若對藥師如來的信念深，過去念阿彌陀佛，現在阿彌陀佛，也可助我們往生藥師淨土。淨土的意義是一樣的，喜歡西方即往生西方，樂意東方便往生東方；佛佛道同，淨土與淨土也是平等無二的。
己二 得上生天國益
或有因此生於天上，雖生天上，而本善根亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。
藥師法門的利濟有情，非常廣大普及。「或有」眾生，「因」為得聞藥師如來名號，以「此」功德而「生於天上」。不生淨土而生天國，並非藥師如來不加被，而是眾生的信心、願力、資糧，不夠作為往生淨土的條件，只可以感得生天之樂。不過這也與一般生天不同；一般天福享盡便要墮落，可是這類眾生，由於過去生中，曾聞藥師名號的關係，「雖生天上」受天福；等到天壽終了，「而本」有的生天「善根」，「亦未」能「窮盡」。所以絕對可以保證，「不復更生」地獄、餓鬼、畜生等「諸餘惡趣」，不會像一般天人的可能墮落。
己三 得還生人間益
天上壽盡，還生人間，或為輪王，統攝四洲，威德自在，安立無量百千有情於十善道；或生剎帝利、婆羅門、居士大家，多饒財寶，倉庫盈溢，形相端嚴，眷屬具足，聰明智慧，勇健威猛，如大力士。
生天是有盡的，但又不會墮落三惡道，所以到了「天上壽盡」，自然「還生人間」。平常都說人間太苦，其實人間是個好地方；釋尊不出天上而生人間，我們可以領會到，人間對於菩提道，是如何富有價值了！人間的環境，不太苦也不太樂，既沒有天國欲樂的迷惑，也沒有三途劇苦的逼惱，實是最適修行辦道的理想場所。我們若能切實利用它，精進修習福慧資糧，那麼佛果是離我們並不太遠的。
從天上還生人間的有情，因過去曾聞藥師佛聖號，成就了深厚的善根，故他們大多是些有力的領導者。「或為」轉「輪」聖「王，統攝四」大部「洲」。依佛教說，此世界當中有一須彌山，東南西北為四大部洲，每洲多有小王統治。但金輪王統四大洲，銀輪王統三洲，銅輪王統二洲，鐵輪王統一洲。今為金輪王，統攝四大部洲，也即是統一天下。其「威德」極大，權力無比，一切都能如意「自在」。輪王的治理天下，是為了使人類都生活得理想，也即是用良好政治，使人類都過著一種向上的、有意義的生活，故說「安立無量百千有情於十善道」。頂好的政治，即是推行十善的政治。十善是：身不殺生、不偷盜、不邪淫；口不妄語、不兩舌、不惡口、不綺語；意不貪、不瞋、不邪見。經裡說輪王的治權到達一個地方，小國王便以金銀財寶獻給他，他不要，只是諄諄勸導小王，多以十善治世。輪王的理想天下，是十善普及的天下，政治是一種道德的政治，引導人民步上美滿、安樂、向上的人生境地。所以經中每說轉輪聖王，多係菩薩的化身。孔子所說『導之以德，齊之以禮』的政治，與輪王的德政相近。這重於道德的激發，思想的淨化，從精神文明的基礎上，建立高尚的道德生活，融道德與政治而為一。
福德較大的眾生，還生人間作輪王；差一點的，則「或生剎帝利」——武士貴族階級；或生宗教階級的「婆羅門」族；或生於「居士大家」——自由民中的實業家。轉生以上的三大族，第一是產業豐富，「多饒財寶，倉庫盈溢」；第二是身「形相」貌，生得極其「端」正莊「嚴」；第三是父母、兄弟、夫婦、兒女等「眷屬」，都「具足」無缺；第四是生得很「聰明」，有「智慧」，廣聞博知；第五是「勇」敢、「健」強、「威猛」無比，「如大力士」那樣，可以摧伏一切，而不為他所屈。生於人間而具備了這一切優越條件，才算是美滿幸福的人生。
己四 得轉生丈夫益
若是女人，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身。
「若」本來「是女人」，對於女身生厭棄心，因「得聞世尊藥師琉璃光如來名號」，而「至心」領「受」奉「持」，便能永遠「不復更受女身」，以大丈夫身，精進修行，向於佛果。
以上的離四種惡，得四種樂，均為聽聞藥師如來聖號，進而至心稱念，如法修持，而獲得的效果；我們若想離惡得樂，就得依此教法信受奉行！
丁二 持咒治病益
戊一 由願觀苦
復次，曼殊室利！彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦，瘦𤼣、乾消、黃熱等病；或被厭魅、蠱毒所中；或復短命；或時橫死；欲令是等病苦消除，所求願滿。」
如來開示的善巧方便中，現講第二持咒治病益。聞名利益內容廣，可以離種種罪惡，獲種種善樂；持咒利益較狹，只能治病。眾生如有病苦，虔誠持念藥師咒，便可病根拔除，恢復健康。
釋尊說了聞名利益，又呼喚「曼殊室利」說：「彼」東方「藥師琉璃光如來」，當他證「得」大「菩提時」，「由」於菩薩因地所發的「本願力」——欲慈濟一切眾生的苦難，尤其是病苦，所以便以慧眼「觀」察「諸有情」的病況。眾生所「遇」種種的「病苦」，今只略舉數種：(一)、「瘦𤼣（羸）」，即肺病等，古代叫勞傷病。(二)、「乾消」，我國醫書中叫消渴症，口渴、肚餓，吃得多，屙得多，一天天消瘦。(三)、「黃熱」，即黃疸，身上溫度高，面色眼睛全都發黃。這三種病，在當時為極流行的重病，故釋尊舉為例證。這均屬生理上的病患。其次，「或被厭魅」所擾，即被人暗中捉弄，使其神識顛倒，危害健康；或被「蠱毒所中」，而喪身失命。眾生遭受這些病患與毒害，「或」即「短命」——年輕便夭亡，未盡天年；「或時橫死」，如為刀槍所傷，為水所溺，乃至火燒致死等。人的福報盡，壽命未盡，是短命；福報、壽命都未盡，而偶然死於非命，名為橫死。藥師如來發大慈悲，「欲令」眾生一切「病」痛「苦」難，皆得「消除」，使其「所求」的消災延壽的「願」欲，能夠得到「滿」足。
有人說念佛好，有人說念咒好。若依本經看起來，念藥師佛功德要大得多，什麼惡業都能消除，什麼願望都能感應實現；持咒功德雖妙，但只局於治病。所以我們要求消災免難，平時的行持，最好還是多多稱念藥師如來的聖號；若為治病，即可多持藥師神咒。
戊二 入定說咒
時，彼世尊入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱；既入定已，於肉髻中出大光明，光中演說大陀羅尼曰：
上面說藥師如來由大悲願力，觀察眾生的病苦；既然深知眾生病情，為滿足眾生的願求，特為施設方便，入定宣說神咒。
那「時」候，「彼」藥師「世尊入三摩地」——定。三摩地，此譯等持，即平等持心，不惛沈，不掉舉，令心保持平衡、安靜，而專注於一境。在經中，佛將說法、說咒，或現神通時，每每先入定。佛原無時不在定境中，無論穿衣、吃飯、說法度生，佛的心境都常安住定中。不過為與眾生作示範，適應眾生的心情，故每欲說法（咒）現通的時候，即首先入定。佛法雖不特別重視定，但一切功德智慧，確都由定中流出。定的種類很多，根據其不同作用，而安立種種名稱；現在藥師如來所入的三摩地，叫做「除滅一切眾生苦惱」定。
藥師如來「入定」後，即「於肉髻中出大光明」。頭頂上的肉髻，為佛的三十二相之一，名無見頂相。頭部為全身最高最貴的所在，今從佛的無見頂上放大光明，這即表示從最高定發究竟慧；身光先發，心光也就隨應而來。慧發於定，而說法說咒，則又是從智慧流出的善巧方便，故從無見頂上放大光明。大乘經所說咒語，每有從佛的無見頂放光說出，如楞嚴咒，即是佛頂放光化佛而宣說出來的。頂髻在佛的最高處，我們所不能見，表示此咒從佛最高的智慧中流出，深妙不可思議。
「光中演說大陀羅尼」：陀羅尼，譯為總持，其中含二義：(一)、持，(二)、遮；能攝持一切功德，遮障一切罪惡；也即是總一切法，持無量義。在佛經中，有文字陀羅尼、語言陀羅尼等多種，此處是咒陀羅尼，因其功用大，故名大陀羅尼。
「南謨薄伽伐帝，鞞殺社窶嚕，薜琉璃，鉢喇婆，喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿囉喝帝，三藐三勃陀耶。怛姪他：唵！鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝，娑訶！」
向來以為咒是秘密藏，持念就好，不可求解；其實咒語大部分都可以解釋，只有極少幾句在可解與不可解之間。「南謨」，即皈依、皈命的意思。「薄伽伐帝」，為薄伽梵的異譯，也即是世尊。「鞞殺社窶嚕」，是藥師。「薜琉璃」，即是琉璃。「鉢喇婆」，是光。「喝囉闍也」，是王。「怛陀揭多耶」，是如來。「阿囉喝帝」，是應（供）。「三藐三勃陀耶」，是等正覺。這幾句綜合起來，即是：『皈命世尊藥師琉璃光王如來、應、等正覺。』以下才是真正咒心：「怛姪他」，就是『即說咒曰』的意思。「唵」，應讀作嗡音，意義很多。(一)、皈依義，即是集中身心而向於三寶；(二)、警覺義，提起注意；也就是把精神集中起來，注意一個地方。「鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社」，即是說：藥！藥！藥！「三沒揭帝」，即是普度，普遍救度一切眾生之義。「娑訶」，也作『娑婆訶』，意思是速得成就，等於中國古代文書中的『急急如律令』。
此咒上半是皈依藥師如來，祈求加被；下半是說用藥治療一切眾生病苦，希望立即痊癒。
佛教中的咒語，形式大多如此，一開頭就是歸依什麼佛或什麼菩薩，如大悲咒的『南無喝囉怛那哆囉夜耶』[A19]等，即是歸依三寶，歸依聖觀音菩薩的意思，往生咒的『南無阿彌多婆夜』[A20]，即是歸依阿彌陀佛；還有善天女咒，以及其他許多咒語，也都以歸依為開始。持咒到底是否靈驗？這當然有其潛在難思的作用，不過也有條件。在特殊情況下，危急臨頭，專誠懇切，念起來就每有效用。或者是經很長的時間，每日精勤持念，才能發生神效。有人持大悲咒，十年或廿年，得到神驗，可以為人治病，一念就發生作用，這是恆久受持的關係。有的人臨時念幾遍，心不專切；或斷斷續續受持，沒有恆心，所以不會靈驗。如打太極拳，時間短暫，不曾多練習，對身體毫無用處；若時間長久，而能無間練習，自然可以出功夫。持咒與念佛，都要持久，要一心專念。不過念經念佛與念咒，多少有些不同。念經要了解經義，念佛也要明了佛的名號及其本願功德；念咒則不然，咒的含義非常多，不必了解，行者只須集中精神持念就行。雖然不能了解其中意義，但有一潛在的力量。這種力量，隱而不顯，看不見，想不透，而作用卻非常大。我們持念藥師咒，依此咒的力量，就可與藥師如來的願力相交感，而得消除病患。這如世間人，有時用說話，或用通訊，可以詳盡地表白意見，使對方明瞭；可是有時，彼此預先有了密約，或只用一句話，或符號，或密碼，外人雖然不懂，但他們兩者間，卻能藉此互達情意。藥師咒，就是我們眾生有病痛時，向藥師如來懇求救濟的一種密碼；我們不一定了解其中意義，只須至心持念，自然就會與藥師如來的慈悲願力發生交感作用，使我們達到消除病苦的目的。其他咒語，凡有不可解的地方，我們都應作這樣的理解。
爾時，光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
當「時」，藥師如來在「光中說」了「此咒」之後，因受佛光的威力所動，「大地」都「震動」起來，而且普遍的「放大光明」，照「一切眾生」，使一切眾生頓除宿業，所有「病苦」，盡「皆」消「除，受安隱樂」，不會再受病苦的纏綿侵擾，而永遠過著安靜康寧的生活。藥師如來在東方淨土宣說此咒，可令彼土一切眾生身心健康，無病自在，得安隱快樂。地動放光除病等，即表示此咒的功力，是何等偉大！釋尊本著悲愍心懷，特別將他介紹給這個充滿無邊病苦的娑婆世界，希望我們能夠依教奉行，也得藥師如來的護念，根絕一切病患，像東方淨土的眾生一樣，過著安寧康樂的生活。
戊三 持咒滅苦
「曼殊室利！若見男子、女人，有病苦者，應當一心為彼病人，常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水，咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，至心念誦，皆得如是無病延年；命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。
念咒除病，最好是病者自己念；若病勢沈重，自己不能持念，那麼別人可代為持念。
釋尊又告訴「曼殊」菩薩：假「若」看「見」有「男子」或是「女人」，染患到種種「病苦」，就「應當一心為彼病人」，虔持藥師如來神咒，使他脫離病痛。在平時如肯下工夫勤念多念，念得一心不亂，到了應用的時候，必然有靈驗的。替病人持念此咒時，必須洗「澡」、「漱」口，「常」保持身口的「清淨」。然後用病人吃的「食」物，如水果、稀飯之類；「或」用病人所服的「藥」湯藥丸；「或」用「無蟲」的清淨「水」也可以；用這些東西，持「咒一百」零「八遍」，然後給「與」病人「服食」。這樣，病人「所有」的一切「病苦」，便可「悉皆消滅」。「若有」其他的要「求」，如恢復健康以後，要求免於短命，或免於橫死、餓死等等，能「至心念誦」藥師神咒，也同樣可以蒙佛加被，得以「無病延年」。而且，「命終之後」，憑此咒力也能展轉引發功德，往「生」東方淨琉璃「世界」。只要往生東方淨土，決定「得不退轉，乃至」究竟證得大「菩提」果，如西方極樂淨土一樣。
戊四 結勸受持
是故，曼殊室利！若有男子、女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重恭敬供養者，常持此咒，勿令廢忘。
持咒利益，到這裡作一結論，釋尊鄭重勸導大眾恭敬受持，所以呼「曼殊室利」說：以「是」之「故」，「若有男子」或「女人」，對「於彼藥師琉璃光如來」，能「至心殷」勤、尊「重」、「恭敬」、「供養」，那麼對於「此」藥師「咒」，應當「常」時受「持」念誦，自利利他，切「勿令」它「廢忘」！
丁三 供養受持益
戊一 供養得護持益
己一 修供養行
復次，曼殊室利！若有淨信男子女人，得聞藥師琉璃光如來應正等覺所有名號，聞已誦持；晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香華、燒香、塗香，作眾伎樂，供養形像。
在供養受持益中，先明供養得護持益。對於藥師如來，不但要稱名，持咒，同時還要施設種種供養。先說供養藥師佛。
釋迦世尊又說：「復次，曼殊室利！若」對佛法「有」清「淨信」心的「男子」和「女人」，「得聞藥師琉璃光如來」、「應」、「正等覺所有」的「名號」，及其悲切的行願，和消災免難的慈恩，聽「聞」以後，應恭敬「誦持」——這包括禮拜供養。如普賢的十大行願，即有『稱讚如來』與『廣修供養』[A21]等願。然而，供養藥師佛，應該如何呢？這裡說：早「晨」起來，首先就得「漱」口、洗「澡」。印度古代，一般習慣於清「晨」起身，就「嚼」一種「齒木」，木中有苦汁，可除口臭；用這種木枝漱刷，等於現代牙刷牙膏的合用。漱口沐浴之後，身心都已「清淨」，然後敬獻各種芳「香」的妙「華」；及「燒」燃用的名「香」；「塗」身的「香」末，香膏；以及「作眾伎樂」，歌頌讚嘆。藥師如來在東方世界，此間眾生不能面申供養，所以這香華供具，只能「供養」他的「形像」——金塑、木雕、銅鑄、紙繪等像。有人問：佛不在這個世界，我們供養他，是不是能有利益？這可說一譬喻：如總統住在臺北，而臺灣各處，以及僑胞都為總統祝壽，當然總統是受到大眾的慶祝，不能說毫無意義。我們供養佛陀，佛陀當然受到我們的供養；而且由於我們的敬虔心，清淨心，當然能成功德利益。
於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義。
一方面供養藥師如來的形像，一方面對「於此」藥師琉璃光如來本願功德「經」，也要供養受持。或「自」己「書」寫，或「教」別「人書」寫；現在工業發達，有了印刷，不一定是抄寫，出錢印經也一樣。此外，還要對此經義「一心受持，聽聞其義」。受持，包括從聞起思，從思而修的一切行。這不要以為是學教，這是真正的受持於法，供養於法。
於彼法師應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少；如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提。」
供養藥師佛，供養藥師法門，更應供養弘揚藥師法門的法師。所以說：對「於」弘揚此法門的「法師」，也「應」當廣「修供養」。古德說：『人能弘道，非道弘人。』佛法所以能久傳，能發揚光大；使正法住世，慧命延續，完全是法師的功績。對某種經典或某一法門，有法師倡導宣揚，人們才知道它的殊勝功德，種種好處，因而才有人發心書寫經典，有人雕塑佛像，有人受持讀誦，禮拜供養，乃至依法奉行。所以有了法師，佛法僧三寶也就俱全了。因此，對弘揚藥師法門的法師，應起恭敬心，供養心。凡是生活上需要的「一切所有資身之具」，如穿的，吃的，用的，「悉皆施與，勿令」資生「乏少」，而障礙自修或弘通。供養法師，應作報恩想，利益眾生想。若能「如是」供養三寶，不但藥師如來歡喜護念，即十方「諸佛」也歡喜「護念」，使其「所求」之「願」，皆得圓「滿」實現，「乃至」悟證「菩提」。
己二 得護持益
庚一 曼殊護持
爾時，曼殊室利童子白佛言：「世尊！我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。
如來說到，於藥師法門凡能受持、供養的眾生，藥師如來及與諸佛，都會加被護持；曼殊室利菩薩，即隨順佛旨，而說自己與諸天護持。先是曼殊菩薩發願護持。
當釋尊開示供養利益「時」，「曼殊室利童子」稟「白佛」說：「世尊！」受持供養有這麼大的功德，為了利樂有情，「我當」發大「誓」願，要「於像法轉時，以種種」善巧「方便」，「令」一切有清「淨信」心的「善男子、善女人等」，大家都能「得聞世尊藥師琉璃光如來」的「名號」，甚「至」在惛沈的「睡」夢「中」，也「以」藥師「佛」的「名」號，給他們聽到而有所「覺悟」。這是曼殊菩薩在佛前所發的悲願。現今大家能夠聽到藥師如來的聖號，和親聞《藥師如來本願功德經》，可說皆因曼殊菩薩的悲願力的加被。夢裡見佛或聞佛名號，也是常有的事。半年前，有位居士告訴我：臺中有一位太太，原是天主教徒。一天夜裡，在夢中見一塊不像是樹幹又不像石頭的東西，上面刻著『大悲心陀羅尼』六個大字。她為此請教很多人，個個都說不懂；後來遇到一個佛教徒，才告訴她，佛教確有這麼一部叫《大悲心陀羅尼》的經典。她於是改信佛教，並且發心印行那一部經。這有兩方面的因緣：一是自己善根已經達到成熟階段，二是菩薩的大悲願力，使眾生在夢中不知不覺間發現到。當前法會大眾，不要以為自己沒有善根，夢裡不曾見有菩薩指點；我們在清醒時，能夠聽聞或持念藥師聖號，及能聞此藥師法門，比之夢中的見佛聞法，善根要深厚得多呢！
庚二 諸天護持
若於此經受持讀誦，或復為他演說開示；若自書，若教人書；恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香、華鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂，而為供養；以五色綵，作囊盛之；掃洒淨處，敷設高座，而用安處。爾時，四大天王與其眷屬，及餘無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。
諸天護持，與曼殊護持稍有不同：曼殊是以各種方便，令人得聞藥師聖號；諸天則是護持修學藥師法門的人。
曼殊又說：「若」有人對「於此」藥師琉璃光如來本願功德「經」，能自己「受持」——領受經義，持念不忘；閱「讀」、背「誦」，「或」者「為他」人「演說」，如實「開示」；或「自」己「書」寫此經，或勸「教」他「人書」寫。這都是修學藥師法門應修的法行。不管讀誦也好，講說、書寫也好，對於法寶總要生「恭敬」心，「尊重」心，如開經偈說：『無上甚深微妙法，百千萬劫難遭遇。』對於經典，要「以種種華香、塗香、末香、燒香、華鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂，而為供養」。瓔珞，即用線貫串起來的各色珠寶。幡是扁形的長幡；蓋是圓頂的涼傘，可遮太陽。伎樂，如琵琶、簫、笛、琴等樂音，及歌唱的佛讚等。修持藥師法門，須從內心生起虔誠的崇敬，又要以香花寶蓋等供養。同時，還要「以五色綵」緞，「作」成經「囊」，「盛」置《藥師經》，然後將「處」所「掃灑」清「淨」，「敷設高座」，「用」作供壇，「安」放經典。
學佛者，常有用金或刺血寫經，而作虔誠的供養。供養經典，使人生尊敬心，難得想，從此聽聞、讀誦、受持經義，進而依解起行。一般寺院，把藏經請去，置之高閣，供養得好好，而卻不進而讀誦受持，不知發掘其中法味，以長養自己的慧命，因之減少了供養法寶的意義與無上價值。佛法以信心為本，為了易於領受經裡的教誡，大乘經典都特別重視隆重的供養。所以藥師法會，依照儀軌規定，壇的當中，應該供奉《藥師經》。
在莊嚴清淨的法壇中，大眾（個人也如此）若能如法供養修持，那「時」「四大天王與其眷屬，及」其他「無量百千天眾，皆詣其所」，而作「供養」，「守護」修行者。諸天的降臨，一是尊重法寶；二是見法壇布置如法，行者心誠，一意奉持，故特來隨喜——聽聞、禮拜等；三是特來護持道場，以免惡鬼神的擾亂。四大天王，向為佛教有名的護法，故大寺院的山門，總供奉四大天王的形像。真正修學佛法的人，用不著請，諸天自己會來。如法壇布置不如法，不清淨，修學的人無誠心，無恭敬心，那無論怎樣請他，也是不會來的。經中說：若能至誠一心修持，不但四大天王，即帝釋梵天等都會來護持。經說：『增益諸天眾，減損阿修羅眾。』[A22]眾生肯發心修學佛法，即是向善向光明，即使不得解脫，也可生天，所以修學佛法的人多，天眾也就跟著增加；而阿修羅（天的搗亂者）自會減少。因此，諸天見人修學佛法，便生隨喜心，誓願護持。諸天蒞臨時，人雖見不到，但有特殊現象，可為證明：一、異香滿室。二、所供鮮花，雖隔天而不萎謝，鮮艷如初從樹上摘下一樣。三、大眾同見光明——非個人的幻覺。天人下降護法的現象很多，這不繁述。總之，參預藥師法會，如能真實如法修持，確有這些感應的。
談到護法，最好是不請自來，受道行的感召而來，其動機真誠而純正，才能貫徹始終一意護法；否則請求而來，自己身心不純淨，有時不僅不護法，還要引起麻煩，天神護法如此，宰官護法何嘗不如此？若能道場清淨，生活嚴謹，精進道業，弘揚佛法得人的信敬，自會來護法，這是從自力中引生他力。不然的話，請求護法，有時會增多困難的。
世尊！若此經寶流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德，及聞名號，當知是處無復橫死；亦復不為諸惡鬼神奪其精氣；設已奪者，還得如故，身心安樂。」
曼殊菩薩又接著說：「世尊！若」是「此」藥師「經寶流行」的地方，「有」人「能」夠恭敬「受持」。一方面，「以彼世尊藥師琉璃光如來」的「本願功德」力；一方面「及」聽「聞」藥師如來「名號」，而憶念受持力，承此功德善根，「當知是處無復橫死」——即在那《藥師經》流通的區域內，不會有非分而死的；同時也不會「為諸惡鬼神奪其精氣」。有些人平時精神煥發，色力充足，陡然間一天天頹萎下來，色力減退，精神由不振而顛倒錯亂，這即遭邪神惡鬼奪了精氣的病相。若依藥師法門修持，便不致遭此厄難；「設」使「已」經被「奪」，也會慢慢「還」復健康，「如」同正常時候一樣，「身心安樂」。俗語說：『邪不勝正』，如我們修學佛法，心地光明，思想行為都純潔嚴正，那麼一切邪惡鬼神，不獨不敢來奪精氣，就連和我們接近也不敢的。我們修學佛法，要懂得此理，切勿起不純正的思想，與不合法的行為，以免自尋苦惱。
戊二 受持得加被益
己一 受持儀軌
佛告曼殊室利：「如是！如是！如汝所說。曼殊室利！若有淨信善男子善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之；散種種華，燒種種香，以種種幢幡莊嚴其處；七日七夜，受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣，應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情，起利益安樂，慈、悲、喜、捨，平等之心，鼓樂歌讚，右繞佛像。復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示。
此下，說明受持而得藥師加被的利益。應怎樣受持，才能合法而得感應？所以對修持藥師法門的儀軌，先加以說明。
釋迦「佛」認為「曼殊」所說的不錯，所以印可他說：是這樣！是這樣！正「如汝所說」的。接著就告訴「曼殊」說：「若有淨信善男子」及「善女人等，欲」想「供養彼世尊藥師琉璃光如來」，「應」該首「先」「造」作藥師「佛」的「形像」，然後「敷」設「清淨」的高「座」，「而安處」佛像。上已說過，佛像的體質有木刻的、金塑的、銅鑄的、紙繪的，各式各樣不同。依本經說，藥師壇內須供七尊佛像——均為藥師佛像。在所供佛像前，應該「散種種華」。散花，原是印度的敬禮；當釋尊遊化說法時，聽眾每來散花。還要「燒種種香」——如末香、檀香、沈香等類。並「以種種幢幡莊嚴其處」。這些，是關於壇場的布置事宜；至於行者的修持方面，則應該：「七日七夜，受八分齋戒」——這約未受戒或僅受五戒的在家信眾說。「食清淨食」：如受八關齋戒的，吃晚飯即是不清淨；或吃蒜韭等葷物，都屬不清淨食。對於身體，也要時常「澡浴香潔」，隨時更換「清淨」的「衣」服。還有更要緊的，參加藥師法會，內心必須清淨，不「生」一點「垢」穢染「濁」的「心」念，也不發「怒」或存有「害」人的不良「心」理。因為佛法最重慈悲，特別是藥師法門，它底基本精神，就是慈濟眾生，利樂眾生；若起怒害心，則與藥師法門不相應。所以我們不但對於父母師長、兄弟妻子，不生怒害心，「於一切有情」，也應盡量生「起利益」和「安樂」，皆待以「慈、悲、喜、捨，平等之心」。慈是與樂，悲即拔苦；一方多予人快樂，一方減除人的苦痛，名為慈悲。喜是無嫉[A23]妒心，見人離苦得樂，生歡喜心。捨即平等心，不分冤親愛惡，一律平等看待。這四種心，名為四無量心；此心非常廣大，因在一切眾生邊起，而眾生無量，此心也就無量，故名四無量心。身心都已修治清淨，而後來修持。一、「鼓樂歌讚」。二、「右繞佛像」。鼓樂如擊犍槌；歌讚如唱念藥師讚偈等。右繞佛像，是表示敬佛。中國以左為大，印度以右為大，故繞佛皆從右而左。三、「應念彼」藥師「如來」的「本願功德」。念佛，不光是口頭稱念佛名，還要由內心憶念佛的功德；尤其是藥師如來，更要多多憶念其因地十二大願，消災免難的慈濟精神，及與依報正報的無盡功德，如此才能與佛的心願相應。四、「讀誦此」藥師「經」。要深深地「思惟」，以求理解得「其」中奧「義」，依解起行，行解相應。五、為人「演說開示」。這是釋尊開示啟建藥師法會所應具備的條件。我們參預法會共修，或為個人專修，都應切實遵照釋尊指導的軌則去行，然後才可獲得所希求的成果。
己二 受持效益
庚一 獲福益
隨所樂求，一切皆遂：求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女。
依如來的善巧方便，施設修學藥師法門的方軌，必能獲得效益。效益中又分二，先是獲福益。
由於奉行藥師法門，能夠得到「長壽」、「富饒」、「官位」、「男女」等四種福報，可見藥師法門對現生樂的重視。現生樂的要求，是人類普遍而本能的要求。在這人世間，能獲致綿長的壽命，富裕的經濟，崇高的政治權位，滿堂的兒女，幾乎被看為人生幸福的極點，誰不希求？一般人從生到死，忙碌一輩子，無非為了滿足這些欲望；然而人生是缺陷的，任憑怎樣努力趣求，也難以完滿實現。只有依藥師法門去行持，仗藥師如來大悲願力的加被，始能「隨所樂求，一切皆遂」。
我覺得，修持藥師法門而滿足這些願望，倒還容易，唯得到之後，將如何運用這人生的幸福，卻值得考慮。例如利用長壽，多做饒益眾生、建功立德的事業。利用富裕的經濟能力，給孤濟貧，廣作文化慈善公益。利用官位權力，作革新社會，改善民生，利益社會人群；或能更進一步，利用政治力量，護持三寶，發揚佛教精神，以促進政治的健全。若有了兒女，能施以良好的教育，為社會國家造就健全的公民，和有用的人才；從自己說，培植出養老送終的孝子，將來始可老而有賴。這樣的人生，不獨美滿幸福，而且才過得有意義，才切合藥師如來加被的原意。否則，壽命雖長，而所作所為，全是危害國家社會的壞事，倒是早些夭亡還乾淨些！若有了錢，而不做慈善公益，或自己胡亂揮霍，或專留給下代子孫作業造罪，還不如困窮而能安貧樂道的好。求得官位，而倚仗權勢，欺凌弱小，壓迫善良；或貪污舞弊，弄到身敗名裂，這又何苦來？又如生得兒女滿堂，而盡是不肖之徒，既不孝敬父母，又不奉公守法，終日遊蕩，不務正業，結果耗盡財產，為非作歹，擾害人群；多生兒女而增添苦痛麻煩，試問有何好處？所以我們修學佛法的，對這四項，應當願求圓滿，但必須多加考慮，才不致弄成因福得禍。從這些地方，即可知道：現生樂雖好，但不徹底；要善能運用，運用得恰當，引入出世大乘，才能得到真實受用。
前面說，藥師如來發十二大願，對於為饑渴逼惱的眾生，先以上妙飲食飽足其身，然後以無上法味，令其畢竟安樂，由淺而深。這四事，也可作深一層解釋。如長壽，世間的長壽，即使活到一百二百歲，也不過是『石火光中寄此生』；只極短暫的一閃，便歸幻滅。若由如實智慧，證得法身慧命，盡未來際，不生不滅，那才真正得無量壽哩！論富饒，《法華經》說，佛為大富長者；菩薩有無量的本願功德，佛果有無邊的法財，受用不盡；藥師淨土是琉璃寶所成，阿彌陀佛的極樂世界，也都以金銀七寶等物為嚴飾，這是何等的富有？官位，佛於一切法得大自在，為三千大千世界的法王，其崇高地位，超過一切有權力者。再說男女，佛法每以善心誠實為男子，柔和忍辱為女人。所以我們修學佛法，對此四事應該有深一層看法，要以證得法身慧命，具備功德法財，登法王位，以及有誠實和忍辱的德性為願望，這才是藥師法門的最高境界。
庚二 免難益
辛一 百怪出現難
若復有人，忽得惡夢，見諸惡相，或怪鳥來集，或於住處，百怪出現；此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者，惡夢惡相，諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。
下為免難益，第一是離百怪出現難。
釋尊說：「若復有人」，睡覺的時候，「忽得惡夢」，看「見」種種「惡相」現前；「或」有不祥的「怪鳥」，如貓頭鷹、烏鴉之類，突然飛「來」聚「集」家中；「或於住處，百怪出現」，如房屋巨響，器皿自破，或夜出怪聲，種種希奇的現象，從未曾有過，而驟然發生，這都是個人或家庭不祥的預兆。此類異乎尋常的現象，使人引生不幸的預感，而且每有應驗。近見報紙登載：有個外國人，養了一條狗，一天忽然跳出屋外，大聲狂吠起來，主人跑出一看，整個屋子跟著坍下。據科學家研究，人們將發生不幸的事情，畜類可能有一種第六感官，可以預感得到。我們若遇到這類怪現象，第一、不要慌，一慌就不易應付。如正人君子，心地坦然，或是有道德有修持的人，索性就不要睬他。我國有句俗語：『見怪不怪，其怪自敗。』第二、若德行有虧，則虔誠稱念藥師如來聖號，祈求佛力加被，一切怪事自可消滅。所以這裡說，遇怪現象擾亂的「人」，「若」依上面所指示的，備辦各種美「妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來」，那麼所有「惡夢惡相」等「諸不吉祥」的現象，就會「皆悉隱沒，不能」成「為」我們的禍「患」。
辛二 一切怖畏難
或有水、火、刀、毒、懸險、惡象、師子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等怖；若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏皆得解脫。
在各種恐怖的災難中，此處列舉出來的，「有水」災，大水成災，可淹死園田的農作物，沖毀房舍，漂沒生命，如大陸空前未有的大水災，不知多少災民，等待救濟。「火」災，大火成災也可怕，有時一燒就是百千棟的房屋，人命財產的損失，極為慘重。「刀」災，即戰亂時期的一切災難。「毒」是遭毒藥所害。「懸險」，即走上絕崖峭壁，及危橋險坑，容易失足墮落。「惡象」，象有暴戾的，見人就要蹈死。另外還有惡「師」、猛「虎」、兇「狼」、犬「熊」、和「羆」——即人熊等，都是獸類中最兇猛的一群。「毒蛇、惡蠍、蜈蚣」，是毒蟲，若被咬到，不是中毒致命，便是發腫發痛。「蚰蜒」，俗稱簑衣蟲，與蜈蚣同類，毒液滲入皮膚，立即起泡，發痛發癢。「蚊、虻」，如前已說到。眾生「若能至心憶念彼佛」——藥師如來，及「恭敬供養」，便能承此殊勝功德，對以上「一切怖畏」災難，「皆得解脫」。
我們之所以會遭遇猛獸毒蟲的噉害，一是由於自己宿業的招感；二是現前心意太毒。我們稱念藥師聖號，一面消除業障，一面培植慈悲心，減除毒害心，如此便可消災免難。有的人說：虎狼是人類的禍害，應該把它撲滅。其實毒蛇猛獸並不一定要傷人，而是人心太毒太壞了，總是存心要傷害牠，為了自衛，牠當然也會傷害你。有人問馴獸師：何以整天跟老虎獅子一塊玩而不被傷？他說：簡單得很，只要取得牠們的信心，讓牠們確知你實無心害牠，而且對牠有利，牠也就不會咬噬你，並且和你成為好朋友，任憑撫摩玩弄，毫不介意。可見老虎、獅子也有友好的感情。剋實說來，虎狼猛獸是怕人的，憑他們的本能與經驗，見了人就以為要傷害牠，所以迎頭抵抗。蜈蚣也是如此，有時爬在我們的身上，不摸牠沒有事，摸牠就被咬一口，因為牠要自衛，故起而反抗。我們學了佛，宿業一天天消損，慈悲心一天天增長，一切惡獸毒蟲的傷害，自會漸漸減少。古語說『至德之世』，這是真理，並非笑話。佛教有的祖師住在山中，無人照應，就養兩隻老虎作伴，在他慈悲心懷的撫慰之下，一切馴服聽話。明乎此理，欲求消災免難，就得至心稱念藥師如來的名號，以消除宿業，滋長悲心；將內心的瞋毒，洗刷得乾乾淨淨，然後災難始得免除，否則，可別以為藥師如來不感應呢！
辛三 內亂外患難
若他國侵擾，盜賊反亂；憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。
國家的災難，不出二種：一、為「他國侵擾」——外患；二、為「盜賊反亂」——內亂。如過去有黃巢、李闖、張獻忠等流寇的作亂，現今有共產黨的叛亂。國家戰亂，弄得國破家亡，妻離子散，民眾到處逃難，不能安居樂業，真是痛苦極了！這是關於內亂方面的。外患如日本過去的侵略我國，在八年的長期抗戰中，人力物力不知損失多少，挨盡戰爭的苦痛。總之，不管內亂也好，外患也好，我們不幸遭逢這種國難民禍，若能「憶念」、「恭敬」、禮拜、供養「彼」藥師「如來」，這些內亂外患的災害，「亦皆」能夠獲得「解脫」。因為一個國家受到內外禍患，其主要因素即是本身不健全，所謂木腐而後蟲生，如內部健全，無隙可乘，外人不敢侵犯，內亂更不會發動。我們稱念藥師如來名號，依藥師如來的本願去實行，這些災難根本不會發生；若萬一已經發生，仍須稱念藥師聖號，修持藥師法門，祈求如來本願功德的加被，同時消除大眾的業障。國難是大家共業的所感，非個人或少數人的事，所以要大家至心一意，共修藥師法門；大家一致稱念佛號，恭敬禮拜，發願懺悔，這樣才能滅除國難——從重而輕，由輕化無。
元朝兵力最強，曾派兵東征日本，日本因國小兵弱，無力抵抗，非常著急，後來發動啟建護國消災法會，由全國民眾集中力量，一致祈禱佛力加被，結果元兵兩次進犯，兵船都被狂風吹覆，而日本的國難也得以倖免。可是後來，日本反轉來侵略我國，終至釀成第二次世界大戰，美國也參加攻擊日本，情勢危急。日本也曾修息災法，結果，原子彈仍然落在日本。所以，佛力的感應，應為係受人侵略，如侵略他人，那是罪有應得，除非確實認錯，痛切懺悔，一切都沒有用。
辛四 毀犯墮落難
復次，曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形不事餘天，唯當一心歸佛、法、僧，受持禁戒，若五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒，於所受中或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號，恭敬供養者，必定不受三惡趣生。
毀犯尸羅，墮三惡趣，也是一大厄難。所以釋尊呼「曼殊室利」說：「若有淨信善男子、善女人等」，從皈依三寶時起，「乃至盡形」壽——到死為止，「不事」奉或信仰其「餘」的「天」魔外道，「唯當一心」一意「歸」依「佛、法、僧」三寶。修學佛法的第一課，即是皈依三寶，皈依了三寶，就不許更皈依邪惡鬼神，及其他各種宗教，因為信仰是專一的。所以說要盡形壽的皈依，信心才有著實的歸宿。否則見這也皈依，見那也皈依，信心泛亂而分散，等於沒有信仰。真正皈依三寶，必須記著！如有人說什麼三教同源，五教同源，即是外道邪說，切不可信！或有人說：信了佛不能連財神爺都不要。須知佛法是豐富的寶藏，求財求壽求男女，佛教中樣樣現成，都能滿足眾生的心願；何必供養非佛教的財神？信佛而不皈依魔外，為皈依三寶最根本的原則。
有清淨信心的佛弟子，首先歸依三寶，其次便要「受持禁戒」。戒為佛法的根本，沒有這一根本，一切微妙善法，便無從出生。所以佛弟子必要受戒。受過了戒，佛弟子的資格才算具足。有人因恐受戒而不能持守，毀犯了罪過更重，其實如殺盜淫妄等性戒，就是不受戒，犯了也同樣有罪過。戒有「五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒」。五戒為在家近事弟子所受持的；十戒為出家沙彌、沙彌尼戒。如約十善說，即通於在家出家。菩薩四百戒，有譯為一百四戒，《瑜伽菩薩戒經》說有四重四十三輕，依《梵網經》，則為十重四十八輕。比丘尼總數五百戒，實際上僅有三百多戒。在以上「所受」的各種禁戒「中」，無論是優婆戒，沙彌戒，乃至菩薩戒，「或有毀犯」了的，當然會「怖」畏「墮」落「惡趣」。犯戒眾生，「若能專」心稱「念彼」藥師「佛」的「名號」，以及「恭敬供養」藥師如來，那麼依此善根功德，犯戒罪垢就可消除，「必定不受三惡趣生」。犯戒眾生，果真有怖畏心，慚愧心，能夠痛切悔悟，發露懺悔，以慈濟眾生為本懷的大覺世尊，自然可以悲愍攝受，威力加被，給予自新的機會。釋尊住世時，有比丘比丘尼犯了根本大戒，也允許他們作與學沙彌，可免於墮落惡趣；不過現生不能解脫生死罷了。
辛五 女人生產難
或有女人，臨當產時，受於極苦，若能至心稱名，禮讚恭敬供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人奪其精氣。」
「或有女人」懷胎期滿，「臨當」生「產」的「時」候，受到「極」大的「苦」痛。女人生小孩，原為生理上的自然現象，猶如『瓜熟蒂落』，應該沒有什麼苦痛才是。每見窮人家的婦女，每於分娩的前夕，還在田裡工作；覺得快要臨盆了，才回家休息，生了兩三天便又工作去了，好像什麼沒有似地。雖然產時，總有些陣痛，但不一定太苦。生產之所以太苦，主因大概有兩種：一、懷孕期間，不知調養，或飲食起居不節，或多瞋多淫。二、或有一般婦女，平時嬌生慣養，微微有點感覺，就身心躁動，日夜不安，等到真要生產，精疲力竭，反而不易產下。除此之外，確係前生業障所感的產難，是很少有的。大部分的苦痛，可說都是自找的。現代醫藥發達，醫術高明，在醫院中生產，苦痛更少了。如確係難產受劇苦時，「能」夠「至心稱名，禮讚恭敬供養彼」藥師「如來」，一切產難的「苦」痛，盡「皆」可以消「除」。
關於難產的問題，《印光大師文鈔》曾討論到：生產的苦痛，可能是未到時間就急於要生，用力過度所致。故一般均教產婦靜躺休憩，不要著急，待時間一到，如順水推舟，自然不苦。若對佛教有信仰的，則勸其誠心稱念藥師聖號，觀想佛的相好莊嚴，微妙功德，各種苦難便可冰消。有的人說：產房污穢，不可念佛。其實這完全錯誤，佛菩薩是大慈大悲的，若見眾生苦難，不管處於最污穢的環境裡，也會蒞臨救濟。如慈母看見愛子誤墜毛廁，絕不會厭惡他的齷齪，而袖手旁觀，不予援救的。佛菩薩視一切眾生如愛子，儘管在生產時，皆應誠心念佛聖號，佛一樣可以俯垂加護，令其離苦得樂。不獨產婦可以脫離苦難，即她「所生」的「子」女，也因母親念佛禮佛的功德，而「身分」——手足五官等「具足」，「形」貌「色」相「端正」，凡看「見」的都生「歡喜」心。加之天性敏「利」，善「根」深厚，「聰」穎「明」慧，從小至大，「安隱」無事，「少病」少惱，「無有非人」來「奪其精氣」，容易撫育成人。
佛教的業感說，除自己造業自己受報（感果）而外，還有一種頗強的展轉增上力，也即是說，別人的業力，也可以影響，引發自己的果報。故本經特別強調，父母平時或臨產時，稱念恭敬供養藥師如來，生的小孩也會因之相貌端正，智慧利根。依因果律說，自己的因感自己的果，那是必然的法則，無可異議；即父母的善惡業因，也可影響兒女的禍福。人與人之間，有著密切的依存關係，因此，一切禍福利害，也就不無相關。甲的行為，在某種情形之下，可以把乙的思想性情完全改變。母親對於嬰兒，影響力尤其重大。懷了孕的母親，如果能歸依三寶，受了佛法的熏陶，性情善良，溫柔，嫺靜，少生煩惱，且多作功德，小孩便可五官端正，聰慧無病，這叫做胎教。如母親常起煩惱，性情暴躁，殘酷，或多貪欲，小孩大半是性情暴惡，或多病，愚癡。小孩出生之後，如父母信奉三寶，常行布施，愛物護生，小孩的心地純白，摹仿性強，易於受熏，如此累年積月跟在一起，目染耳濡，將來自然也能善良和愛。當母親的，誰都歡喜生好孩子，這必須以身作則，從自己向善做起。
有些年輕夫婦，感情融洽，經濟環境都很好，心地也很正直，家庭非常和睦，生的小孩子也就很聰明可愛。有些夫婦，因為家庭環境不好，感情破裂，時常吵鬧發脾氣，結果生了孩子也染有惡習。這即所謂展轉增上力——他力。在座諸位，為了家庭幸福，為了兒女健康聰明，大家應該至誠懇到，信奉三寶，多修福德。
丙三 德行叵思
丁一 信解難得
戊一 問答決定
爾時，世尊告阿難言：「如我稱揚彼世尊藥師琉璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了，汝為信否？」
第三明德行叵思；佛的功德，願行，不可思議，非我們眾生所能理解得到，想像得到。此中分二，今是第一信解難得。因佛的功德願行不可思議，所以就難信難解；眾生於此難能信解中，而能生信起解，實在難得。這又分三，先問答決定。
也許有人發生疑問：何以上文的當機者為曼殊，而現在卻告訴阿難？要知道，曼殊是智慧第一的大菩薩，憑他智慧，對佛的功德妙行，沒有什麼不可信解的，所以將此問題轉問阿難。阿難，義譯慶喜，為釋尊在家的堂弟，非常聰明，聽什麼就記得什麼，博聞強記，為佛出家弟子中『多聞第一』。他前後跟隨釋尊二十年，佛所說法，都能記憶不忘，是結集經典的重要人物。現在，釋迦「世尊告」訴「阿難」說：像「我稱」讚宣「揚彼世尊藥師琉璃光如來所有」的「功德」，這「是」十方「諸佛」最奧妙，極「甚深」的「行處」，在一般眾生是最「難可解了」的，「汝」阿難聽了可相「信」嗎？甚深行處，為佛的境界，即佛的智慧慈悲所行的境界。佛的智慧方便，及其慈悲濟世的妙用，極廣極深，一般凡夫的心境，確實無法生信。因此，釋尊特別提出，假藉與阿難的問答而普示大眾。
佛法有大小乘，一切經典不完全一致，各有他的中心論題。對於一切大乘經，大體可以分為三大類：一、是重於境相的分析，二、是著重行門的敘說，三、是注重果德的顯示。側重境相的，如說明世界的情況，六道的輪迴，以及眾生的色身、心識等，總之是說明宇宙人生的各種現象，有科學、哲學的意味，最現實，所以易於信仰和理解。著重修行的，如說明布施、持戒、忍辱、精進、智慧等等，這是陳述發菩提心，修菩薩行的一切，比較難解，特別是關於修定，發慧，體證畢竟空性。真如不二，實相無相，這些勝義行，更不易解；不過與果德比較起來，還可推論而知。闡述果德的，如《法華經》、《華嚴經》、《彌陀經》、《藥師經》，這類經典，所說的都是佛果位的圓滿功德、神通、智慧、利生濟世等事。《彌陀經》說『此難信之法』[A24]，《法華經》也說『其智慧門，難解難入』[A25]，《華嚴經》也以佛果為本而說明一切。這與我們凡夫的心境差得太遠，故難於信解。本經說藥師如來的本願功德及其廣大行果，也是不易理解不易確信的。所以教化眾生，給他講唯識，給他分析自然現象與心理活動，倒還容易接受；進而論到菩薩行門，觀照緣起性空，不生不滅真性，還不難信解；如說到佛果的境界，那就太高深，太難解難信了！佛法的境行果，是有其一貫性的；從境相的分析，到行門的陳敘，到果德的闡發；約眾生說，也即是由可思議到不可思議，由易信解到難信解。
阿難白言：「大德世尊！我於如來所說契經，不生疑惑；所以者何？一切如來身語意業，無不清淨。世尊！此日月輪，可令墮落；妙高山王，可使傾動，諸佛所言，無有異也。
這是阿難回答的話。他說：「大德世尊！我」對「於如來所說」的「契經」（上契諸法真理，下契眾生之機），深深信受，絕「不生」起任何「疑惑」。大德，梵語婆檀陀，是對佛的一種尊稱，也可譯為尊者，含有極其尊重的敬意；現今多濫用，一般在家人也稱為大德了。阿難是一位聲聞行者，對釋尊所說的諸佛甚深行處，何以能夠深信不疑？據阿難自己向佛的表白，即因為「一切如來身語意業，無不清淨」。如來的動身發語，以及起心動念，一切三業妙用，無非是清淨法界的等流，無非是智慧慈悲的表現。二十年來，阿難形影不離的跟著佛，親自目睹耳聞，當然最為了解；所以佛陀，在他是唯一可信的。既相信佛，而此經出自佛口，自然也就可以深信不疑了。所以阿難並非真能信解諸佛甚深行處，而是信任釋尊的聖格，絕不會說假話。因此，所說最深難解的如來果德，他能信受不疑。人類的信仰，原有二種：一、用自己的智力，從究理而起的信仰。二、由於信任別人的啟示，間接引生自己的信仰。這如有人從遠方來，講述那邊的情形如何如何，雖是極難令人置信的事情，但由於說者一向誠實可靠，也可使大家相信不疑。阿難從信佛而深信藥師如來的本願功德——諸佛甚深行處，也是這個道理。從前有一外道，不信釋尊已證大菩提，特地暗派他的兒子，跟隨佛，視察佛的各種生活動態，經過了三個月，看不出佛的一點毛病；這才棄邪向正，歸依佛陀。佛的威儀嚴肅，衣服整齊，內外一致；佛說法也用不著思考，說出自然契機契理，恰到好處；佛對世出世法，不用推求，自然現前明了。佛的三業如此清淨如法，還有什麼可疑！阿難跟佛最久，而且最接近佛，在日常生活中，佛的穿衣吃飯，行住坐臥，待人接物，乃至說法度生，每一樣的動作，阿難都了解最為親切，所以阿難對發揚藥師如來果德的本經，徹底相信。他接著說：縱使天空的「日月輪，可」以「令」它「墮落」下來；地上的「妙高山（須彌山）王，可」以「使」它「傾動」，而「諸佛所」說的話，絕對真實不虛，「無有」變「異」的！這即是表示，縱許日月輪有掉下來的一天，須彌山有傾動的一天，而阿難對佛說的可信性，卻始終不會稍有動搖。
戊二 信謗德失
世尊！有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：云何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利？由此不信，返生誹謗；彼於長夜，失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮。」佛告阿難：「是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者，無有是處。
眾生對此難可解了的諸佛甚深行處，若相信不疑有何功德，若誹謗不信有何過失。先由阿難陳述不信的過失。
阿難說：「世尊！有諸眾生」，因為「信根（堅固的信心，如樹之生根）不具」足，「聞說諸佛甚深行處」，便「作」這樣「思惟」：憑什麼理由，「但念藥師琉璃光如來一佛」的「名號」，就能夠「獲」得那麼多的微妙「功德」，和殊「勝」的「利」益？「由此」疑惑「不信」，繼而「返生」種種「誹謗」。因這是諸佛共同的甚深境界，智慧較深的，還可從推理中求得信解，若智力薄劣的，對於佛法沒有深固信心的，當然難於信受了。不信而反加誹謗佛法，罪過很大，所以說：「彼於」漫長的生死「長夜」中，得不到佛光的照耀，一切福德智慧無由滋長，「失」去了極「大利樂」！永遠「墮」落三「惡趣」中，沈沒苦海深淵，「流轉無窮」，求出無期。《般若經．讚毀品》說：一切功德讚嘆經典為大；一切罪過以毀謗經典為重。
接著，由佛讚嘆信受的功德。「佛告」訴「阿難」說：「是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號」，而起淨信，「至心受持」憶念，恭敬供養，「不生」絲毫「疑惑」；如果這樣而還會「墮」於「惡趣」，決定「無有是處」！因為聞說藥師如來的名號，能夠信受憶持，至心稱念，便可蒙佛慈悲願力的加被，得以往生淨土，或受生天上人間了，那有墮於惡趣之理？這是決無可能的。
戊三 信解希有
阿難！此是諸佛甚深所行，難可信解；汝今能受，當知皆是如來威力。阿難！一切聲聞、獨覺，及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解；唯除一生所繫菩薩。阿難！人身難得；於三寶中，信敬尊重，亦難可得；得聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是。
既說明了信謗的德失，再歸結到，對藥師法門能生淨信，能如實理解，為最極難得，最極希有。所以釋尊又告訴「阿難」說：這以上所說藥師如來的無邊功德，「是諸佛甚深」悲智「所行」的境界，一般眾生「難可信解」，而「汝」阿難現「今」卻「能」信「受」，「當知」這不是你自己的智慧力所能辦的，而完全「是如來威力」的加被。因為，這不但一般愚癡闇昧的凡夫難於信解，即解脫生死，證得小乘極果的「一切聲聞」和「獨覺」，以「及未登」初「地」之前——十信、十住、十行、十回向的「諸菩薩等」，也都同樣「不能如實信解」。登地菩薩，對於佛法才算已經登堂入室，分證得如來的法身，也才能部分如實信解諸佛的甚深行處。如實信解，是真實的、親切的確信，和徹底的、明了的體解。如一瓶醋，只聽別人說是酸的，雖然可信，但不夠確切實在，必須親自嘗了一口，然後才確實知道它是酸的。我們平常的信，只是一種仰信；相信佛、菩薩、祖師等，均屬仰信，即由尊敬仰慕而起信。對於佛果的功德，凡夫固然不能如實信解。就連二乘聖者，地前菩薩，也都未能如實信解，「唯除一生所繫菩薩」——即下一生就成佛的補處菩薩，才能如實信解。阿難的信，與我們的信，同屬於仰信；真正的如實信，那就要親自體證，所以極其不易。
釋尊以如實信解不易，又作層層深入的說明：在生死輪迴中，「人身」是非常「難得」的；得了人身，能「於三寶中」，起「信敬尊重，亦難可得」。如今世界上二十多億的人群中，信敬三寶的能有幾人？這雖然是難中之難，但還不及聽聞藥師如來而如實信解的難得，所以說：「聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是。」這有三層：第一、人身難得，第二、信敬三寶更難得，第三、聞藥師名號更極難得。由前面的兩難得，顯示最後的難得。釋尊為什麼要這樣說呢？須知對佛的果德，難信能信，難解能解，才顯出信解者所獲的功德是如何之大！
丁二 功德無盡
阿難！彼藥師琉璃光如來，無量菩薩行；無量善巧方便；無量廣大願；我若一劫，若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願，善巧方便，無有盡也！」
佛的德行難思，信解固然難得，功德無盡，也難以盡說。因為佛有無窮無盡的功德，故難以信解；由於難信難解，顯得佛功德的無窮無盡。
佛對「阿難」說：「彼藥師琉璃光如來」，為什麼有那樣大的功德，令眾生聞其名號，一切災難悉皆消除，一切願求都能滿願？因為，在過去菩薩因地中，修「無量」的「菩薩行」，發「無量」的「廣大願」，所以成佛以後，即有「無量善巧方便」，慈濟一切有情，令其離苦得樂。不但佛果的善巧方便，無量無邊難以說盡，即菩薩因中的廣大行願，也難說盡，所以釋尊說：「我若」以「一劫」或「一劫餘」的時間，「而」來「廣說」藥師如來的無量行願，和善巧方便，也還是說不完。因為「劫」的時間雖長，而到底是有「盡」的；「彼」藥師「佛」的廣大「行願」，及其「善巧方便」，卻是「無有」窮「盡」的，怎麼說也說不完。這是顯示藥師如來因行與果德的廣大無盡。
乙二 菩薩弘傳
丙一 開示弘通
丁一 救病難以延命
戊一 說延壽法
己一 起說
爾時，眾中有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒一肩，右膝著地，曲躬合掌，而白佛言：
如來開示後，必有稱機的大菩薩發願繼佛弘揚，這等於老師提示根本道理，由學生去發揚光大。今此菩薩弘傳，特重於消災延壽。也分三科，第一開示弘通；先是救病難以延壽。
當釋迦如來開示結束「時」，在法會的聽「眾中」，「有一」位「菩薩摩訶薩，名」叫「救脫」。此大菩薩，顧名思義，即救拔眾生脫離苦難，是依德立名。因藥師世尊的精神重此，所以代佛弘揚消災延壽一門，由這位救脫菩薩來負擔。救脫菩薩「即從」自己的「座」位站「起」來，依著請法的禮儀，「偏袒一肩，右膝著地」，恭敬地「曲躬合掌，而」向「佛」稟「白」他的意思。
己二 正明
庚一 病患垂危
「大德世尊！像法轉時，有諸眾生，為種種患之所困厄，長病羸瘦，不能飲食，喉脣乾燥，見諸方暗，死相現前；父母、親屬、朋友、知識，啼泣圍繞。
救脫菩薩說：「大德世尊！」到佛滅千年後，「像法轉時，有諸眾生」善根微薄，業障深重，「為種種」病「患之所困厄」。一病就是幾月，或「長病」幾年，「羸瘦」如柴，「不能飲食」。越病越重，「喉」嚨口「脣」，由於熱度高，均得「乾燥」焦破，不能說話。眼「見」東西南北「諸方」黑「暗」來侵襲。依佛法說，一個人病得口脣乾裂，鼻子翹起，眼色無神，種種「死相現前」的時候，若見四方的黑暗彌漫，即是下墮惡趣的現象。到了這臨死的片刻，自己病苦難堪，而「父母」以及兄弟、妻兒等「親屬」，及「朋友、知識」——師長或知心友好，見其病勢沈重，醫藥無救，將與死神見面，不免有死別的苦切，所以「圍繞」著病人，「啼」哭啜「泣」，這給病人更添無限的苦痛。人都是要死的，死時多少有一些苦痛。可是最苦痛的，是上有父母，無人奉養，下有兒女，無人撫育，或年輕的恩愛夫婦，難離難捨，或財富多而放不下，這才是臨終時的最大苦痛。
庚二 神識受報
然彼自身，臥在本處，見琰魔使，引其神識，至於琰魔法王之前；然諸有情，有俱生神，隨其所作，若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時，彼王推問其人，算計所作，隨其罪福而處斷之。
神識受報，依佛法的究竟義說，是很深奧的；今救脫菩薩，為了適應末世鈍根眾生，故用一般的通俗說法。他說：病人當在垂危之際，雖然「自身」還是「臥在本處」的病榻上，但卻看「見琰魔」王的「使」者來拘引他。琰魔，中國俗稱為閻羅王，義譯為平等王或雙王。據說，有兄妹二人死後受生地獄，分掌統治罪人的職權，故稱雙王；因對罪犯的判罰公平，鐵面無私，不狥人情，所以又名平等王。王的使者，或如我們人間衙門裡的差役，或是生得古怪兇惡，他把病人的「神識」拘「引」到「琰魔法王」的跟「前」，聽候審判。在佛教裡，被稱為法王的有三：一是推行十善，以正法治世的轉輪法王；二為鐵面無私，治理地獄罪犯的琰魔法王；三即於一切法得大自在的無上法王——佛。三者雖同稱為法王，而意義很有差別。
這裡所說見琰魔使者等等，是在病重悶絕，或昏迷狀態之下，過去所作的業相現前。便在自己的心識上，幻現一種果報影像，並非真的死去，也不是真被琰魔使者拘入地獄。因為依佛法真義說，人如真的死了，是不能復生的。很多關於遊地府見閻王的民間故事，在眾生當時的心境，確有這種經歷，但絕不是真已死亡墮入地獄，而只是業相的顯現於心識而已。唯識學說眾生有八識，這神識即係第六意識，非是第八阿賴耶識。我們見人悶絕或昏迷過去，似乎已經死亡，其實還有第八識在執持。第八識若一旦脫離軀體，生命便告結束，絕不可能復活。所以此處說神識受報的情景，純屬意識的活動作用。
琰魔王的裁判罪人，或輕或重，完全是以罪人自己的『俱生神』所呈報為根據。我們每個「有情」，從生下來就有一個「俱生神」，形影不離地跟蹤著，「隨」我們「所作」的事情，「若罪若福」，或善或惡，「皆」一點不漏地完全「書」寫下來，比我們自己記的還要清楚。待我們命終之後，便原原本本「盡持授與琰魔法王」。那「時」，琰魔王就依著記事簿冊，審「問」那被拘去的「人」，並且「算計」他平生「所作」的事，看到底善多惡多，然後「隨其罪福」的輕重，「而處斷」他該受何報。這與我國民間傳說的閻羅王故事一樣。
像以上的這種境界，在沈重的病患者中，有經驗的很多，而且甦醒之後，能夠記得清清楚楚。不過若依佛法的真義說，這是將死而業相現前。一生作善作惡，此時皆一一清楚地浮現於自己的心前，一幕一幕過去，如在夢中所見一切境界，像真的一樣。如年輕時不孝父母，後來時常抱疚於心，於是夜裡就作夢，好像真的因此而受到懲罰。平時的所作所為，到了將死的前夕，業相即從神識顯現出來，也是如此。
此中所說的俱生神，也即是眾生的第八識；所謂記錄善惡罪福，便是八識的熏習作用。一切種子，不管善的惡的，或是無記性的，都熏習在八識田中。有時自己都記憶不起，而它卻受熏而並不失去。一舉一動，做善做惡，都留下一個不可磨滅的印象，在自己的八識庫藏中；沒有化為現行前，永遠保存在那裡，到將要死亡的時候，就會完全顯現出來。特別是作惡的，如宰羊殺豬為業，臨死時，所見的都是豬羊向他討命索債；好殺青蛙的，見到滿地盡是青蛙，向他叫囂吵鬧。所以本經所講見琰魔王使者等等，只是業相在心識中顯現，並非真情實景。若果真造了惡業，死後當然要墮落惡趣，受種種苦逼的。假使一落琰魔死王手中，是再也不能復活。
庚三 作福續命
時彼病人親屬、知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來，請諸眾僧，轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神幡，或有是處，彼識得還。
病情進入死相現前的階段，是難有生還的希望了。然而大悲慈濟的藥師如來，設有一消災延壽的法門，若能依教奉行，或有復起的可能。此一方便，據救脫菩薩的指示是這樣：一、「彼病人」的父母「親屬、知識」朋友等，要專誠懇至，「為」他「歸依世尊藥師琉璃光如來」；二、「請諸」高「僧」大德，一遍又一遍地「轉讀此」藥師如來本願功德「經」；三、「然七層」長明「燈」，每層七盞，共四十九盞，以象徵生命光輝的延續；四、「懸」掛「五」種綵「色」的長幡，幡上寫著藥師琉璃光如來的名號，叫「續命神幡」，意思即延續病者的壽命。若能這樣代為皈依藥師如來，禮請高僧讀誦《藥師經》，以及然燈、懸幡供養如來，那麼「或」者「有」此可能，使「彼」病人神「識得」到「還」復甦醒過來，生命得以延長。不過，這是病人壽命還沒有盡，或具有善根，再加以代為皈依、念佛、誦經，作了許多功德，則可因此回復生機。如壽命已盡，此生業報力盡，到了必死的時候，那是無法挽救的。故說或有是處，即或者有此可能，而不說決定。
庚四 勵力行善
如在夢中，明了自見，或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報。由自證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。
如此死相現前生命垂危的病人，若因受藥師如來慈悲願力的加被，而得以扭轉危機，恢復健康，那麼他此後的一生，必定能夠棄罪惡，而進趣於善行。這因他在沈病中，被琰魔使者拘引到地獄裡，親見各種殘毒可怕的刑具，犯人受罪的悽厲慘痛的景象，以及琰魔王推問審判他的情形，都曾令他毛骨悚然！他在經歷這些境界的時候，「如在」睡「夢」之「中」，一切「明」明「了」了地親「自見」到。這樣的情形，「或經」過「七日，或二十一日，或三十五日，或」長到「四十九日」。在這期間，因其親屬能依照前面列舉的各種續命辦法去做，所以他的神「識」就得「還」甦回來。那「時」，他恰「如從」大「夢」中「覺」醒一般，病中所夢所見的各種悽慘苦況，歷歷分明，「皆」能一一記「憶」著，並且確切了「知善」業與「不善業」，「所」應感「得」的「果報」，和生死輪迴的因果情況。「由」於親「自」身歷其境，確實「證見」到「業」感「果報」的緣「故」；所以自今而後，不但平時不做越軌的非法行動，「乃至」遇到「命難」——如有人威脅他的生命，逼他作惡，也寧可犧牲生命，「不」願「造作」任何罪「惡」「業」。因為他知道：死，不過一期生命的結束，還可得到未來的善報；如作了惡業，必定要墮落惡趣，受無量苦。
己三 結勸
是故，淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養。」
這是結勸，即總結上述延命的方便法門，而勸大眾努力修持。救脫菩薩說：以「是」之「故」，凡對藥師如來有「淨信」的「善男子、善女人等，皆應」依教「受持」，稱念「藥師琉璃光如來」的「名號」。或遇病苦纏綿，死相現前，或者無此不幸遭遇，都應「隨」分隨「力」，盡自己「所能」做的，用種種香、花、燈、幡等物，「恭敬供養」藥師如來。
戊二 明延壽儀
己一 問
爾時，阿難問救脫菩薩曰：「善男子！應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命幡燈，復云何造？」
救脫菩薩在佛前開示大眾，欲救病難以延命的，應該恭敬供養藥師如來，和然燈、懸幡等等，但仍嫌簡略，故今由阿難啟問具體辦法，對此方便作一番詳說。救脫菩薩雖於佛前為大眾說，而其真正的稱機者，實為像法轉時的眾生；阿難體會得這點，也為彼時眾生著想，因而起問。
救脫菩薩結勸大眾的「時」候，「阿難」便問他說：「善男子！」有病難的眾生，「應」該怎樣「恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來」？同時，「續命幡」和長明「燈」，又該如「何」製「造」？阿難所提出的問題，僅此兩點。
己二 答
救脫菩薩言：「大德！若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜，受持八分齋戒，應以飲食及餘資具，隨力所辦，供養苾芻僧；晝夜六時，禮拜供養彼世尊藥師琉璃光如來；讀誦此經四十九遍；然四十九燈；造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕；造五色綵幡，長四十九搩手；應放雜類眾生至四十九；可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。
「救脫菩薩」答覆阿難，先尊稱一聲「大德」。阿難稱救脫菩薩為善男子，救脫菩薩卻尊稱阿難為大德；因救脫雖是菩薩，但現在家相；阿難雖屬小乘行者，而現出家相，為尊重出家比丘，故稱大德。救脫菩薩說：「若有病人，欲」想「脫」離「病苦」，親屬朋友，或諸相識，應「當」代「為其人，七日七夜，受持八分齋戒」。同時，「應以」種種清淨「飲食」，「及」其「餘」各樣「資」生用「具」，「隨力」量「所辦」得到的，多少不拘，隨分「供養苾芻（比丘）僧」。又於「晝夜六時（印度古時，日夜各分初中後三時）」中，虔誠「禮拜」，恭敬「供養彼世尊藥師琉璃光如來」。此外，還要專心「讀誦此」藥師「經四十九遍」。這是答云何恭敬供養藥師如來的問題。
下再說明幡和燈的造法，及如何然燈供養。「然」七七「四十九」盞「燈」；「造」藥師「如來形像七軀」；在「一一」聖「像前」，「各」各供「置七」盞「燈」；「一一燈」的體「量」，「大如車輪」。輪有大小，所以可隨力而辦。燈要有人常時照應，從第一天「乃至四十九日」（極多四十九日，如早些日病好了，一七、二七便可停止），務使「光明不絕」。因為燈的光明，是延續生命的象徵。製「造五色」的「綵幡，長」約「四十九搩手」，印度多以搩手量物；伸長手指，從大指端到中指端，叫一搩手。現在成人的一搩手，約六七寸。四十九搩手，有三四丈長。此外，還要放生，「放雜類」的「眾生至四十九」數，如放鳥雀、魚蝦、爬蟲之類。放生，即是解脫其他生物的壽命之災，使他得以延長，由此可得消災延壽的功德。佛教提倡不殺生、放生，處處表現這一慈善行為。如能依照以上各種辦法去做，病人便「可」以「得」到「過度危厄」的災「難」，不致於死，而能恢復健康，無病延年。眾生的病，有時實係邪神惡鬼的作祟，攪得病者不死不活，苦痛欲絕！如依法修持藥師法門，過去罪障得以消減，功德善根不斷增長，蒙受藥師如來威力的加被，也就「不」再「為諸橫惡鬼所」執「持」，而能恢復健康了。
丁二 救國難以延命
復次，阿難！若剎帝利灌頂王等，災難起時，所謂人眾疾疫難，他國侵逼難，自界叛逆難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情起慈悲心，赦諸繫閉；依前所說供養之法，供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根，及彼如來本願力故，令其國界即得安隱：風雨順時，穀稼成熟；一切有情無病歡樂；於其國中，無有暴惡藥叉等神惱有情者；一切惡相，皆悉隱沒；而剎帝利灌頂王等，壽命色力，無病自在皆得增益。
國以民立，民依國存。國家是人民的保障，人民是國家的血輪；沒有人民即沒有國家，沒有國家，也沒有人民。所以，我們欲得康樂延命，必為國家祈求消災免難。國家平寧，無災無難，我們大家才能安居樂業，生命財產才能獲得合理的保障，而過著幸福太平的生活。不然，國家多災多難，不但生活動盪不安，即生命的安全，也隨時受著很大的威脅。古語說『寧作太平犬，不作亂世人』，可見亂世人是多麼痛苦？民國以來，從抗日，及現在共黨的叛亂，國家損失了多少財物，犧牲了多少生命，億萬人民盡生活在水深火熱的苦難中！因此，我們要求個人的幸福，或家庭的安全，就應為國家祈求平安，減除災難。
在現代，人類思想進步，知道國家是全體人民的，可是古時，都把國家視為帝王所有，國家的災難，即是帝王的災難。佛法隨應當時民情，所以這裡先從帝王說起。救脫菩薩再次對「阿難」說：「若剎帝利（王族或武士階級）」，和「灌頂王等」，遇有「災難」生「起」的「時」候。印度習俗，太子將要登王位時，即舉行一種隆重的灌頂禮，取東南西北四大海水盛於瓶中，澆灌在太子頭頂，近乎現代的加冕禮，故名灌頂王。國王有些什麼災難？「所謂」：一、「人」民群「眾」的「疾」病瘟「疫難」。從前歐洲羅馬帝國非常強盛，後因人民普遍感受一種惡性瘧疾，不久就衰落下來，所以疾病瘟疫，對於國家也是嚴重的災難。二、受了其「他」不講道義，不守國際公約，野蠻強暴的鄰「國侵」略和「逼」害而引起的災「難」。三、在「自」己國「界」之內，發生土匪流寇的「叛逆難」，如中國從前的黃巢、李闖，以及現在的中共。四、「星宿變怪難」：天上的星宿，本來出落都有一定的度數，若起了特殊變化，也很可能預兆著國家的災難來臨。五、「日月薄蝕難」：依現代知識說，這只是一種自然現象；但古代印度和中國，均視為人類災難的預兆。據實說來，天文現象的變化，與人生確有很密切的關係，因它的變化，可能有風災、水災、旱災等。近代科學家研究，太陽有一黑圈，如果膨大起來，人心即會不安，可能引起嚴重的戰爭。總之天文的變化，會影響人心，增加人與人之間的磨擦。六、「非時風雨難」：即不應當吹風下雨的時候，而吹風下雨，以致釀成不可收拾的災害。七、「過時不雨難」：即應當下雨的季節而不下雨，處處鬧水荒，農作物通通被旱死。這些災難，範圍小還不要緊，若到處普遍如此，國家就危險了！
一個國家民族，若不幸遭逢上述各種災難的擾害，應該怎麼辦呢？救脫菩薩開導說：身為「彼」國元首的「剎帝利灌頂王」，及輔理國務的王族權貴「等」，在那個「時」候，「應」該對「於一切有情（人民）起」大「慈悲心」。因為國家的災難，是人民的共業所感，與人心有關；天的降災，也即因人與人之間的不調和，缺乏同情心。所以先由國家首領，生慈悲心，「赦」免牢獄裡所有被「繫」縛囚「閉」的犯人。或好人被冤枉的，或肯自新悔過，或被囚多年，或刑期已滿，盡皆釋放，畀予自由，讓他們得與父母兄弟，妻子兒女團圓過活，重新做人。如此國家刑法減輕，而代以道德政治，領導民心向於慈善，使人人深具同情心，彼此容忍，和諧相處，於是和氣可以致祥。這是從人事求改善的一方面。另方面，須「依前」面救脫菩薩「所說」的種種「供養之法」，至心恭敬，「供養彼世尊藥師琉璃光如來」。那麼，「由此」兩方面的功德「善根，及彼」藥師「如來本願力」的加被，便可「令其國界」，所有災難「即得」解除，人民「安隱」自在。應吹風即吹風，應下雨即下雨，「風雨順時」，稻「穀」農「稼」物，都能「成熟」豐足。「一切有情（人民）」，身體健康「無病」，人人生活得十分「歡」喜快「樂」。同時，在那個「國」界內，也絕沒「有暴惡」的「藥叉等神」，作怪「惱」害「有情」，縱有也是衛護人民的善神，而且「一切」不吉祥的「惡相」——災難的預兆，也「皆悉隱沒」不現。此時人民所過的，是一種安寧康樂，豐裕富足的生活。「而剎帝利灌頂王等」，也因人民安定，國家昇平，無所憂患操心，因此「壽命」增加，「色力」充沛，身心「無病」，「自在」快樂，全國上下「皆得增益」。
丁三 救眾難以延命
阿難！若帝后、妃主、儲君、王子、大臣、輔相、中宮、綵女、百官、黎庶，為病所苦，及餘厄難；亦應造立五色神幡，然燈續明，放諸生命，散雜色華，燒眾名香，病得除愈，眾難解脫。」
這是除了國王以外，而說后妃王子、文武百官，以及一切庶民，也可依藥師法門修持，以求除病延命。
救脫菩薩又呼「阿難」說：全國性的災難和消除災難的辦法，都已說過了，現再略談關於帝后及臣民的消災延命。「帝后」，即國王的大夫人，古代為多妻制，帝王除皇后以外，還有其他妻妾，都名為「妃主」。「儲君」，即候補王位的太子。「王子」，也是國王的兒子，是太子的兄弟輩。「大臣」，如中國古代三公之類，為國家重臣。「輔相」，是輔助大臣處理國事的大官，如現今部長次長之類。「中宮」即太監，管理王宮的事務。「綵女」，是王宮中照應帝王和后妃的女子。「百官」，即全國所有其他管理庶政的官員。「黎庶」，即老百姓。上自后妃，下至一切民眾，若「為」各種「病」苦所纏，「及」遭其「餘」的水、火、風、戰亂等「厄難」所困，「亦應」遵照前面指出的方法，製「造」懸「立五色神幡」，「然」七七四十九盞「燈」，供藥師如來像前，使其延「續」長「明」，勿令息滅；此外還要「放諸生命」——如鳥雀、魚蝦、牛羊等類——及「散」各種「雜色」鮮「華」；「燒」燃各種「名香」（照上面的指示，應該還有稱名、誦經、禮拜等）。藉此供養藥師如來的殊勝功德，一切「病」苦便「得除愈」，所有「眾難」，完全「解脫」。
這以上，雖分災難為三大類——病難、國難、眾難，而救難的方法都一樣；這是救脫菩薩特地為末世眾生開示的方便。
丙二 問答釋疑
爾時，阿難問救脫菩薩言：「善男子！云何已盡之命而可增益？」救脫菩薩言：「大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？是故勸造續命幡燈，修諸福德；以修福故，盡其壽命，不經苦患。」
菩薩弘傳中，現為第二問答釋疑。阿難聽了救脫菩薩的開示，對於消災延壽的法門，心裡發生懷疑，所以在此特別提出請問，以求釋除疑惑。
依上面的開示，眾生凡有病患或遭其他厄難，無論如何險惡，甚至已經死相現前，只要按照藥師法門去履行，都可仗佛願力加被，獲得免難延命。然而依佛法說，人的生存或死亡，係決定於其自身的因果業報；因果，是必然而不變的法則，應死即死，如瓜熟蒂落，誰也更移不了，何能消災而不死？「阿難」對此疑惑不解，故「問救脫菩薩」說：「善男子！」眾生「已」經終「盡」的壽「命」，「何」得還「可增益」延續？「救脫菩薩」答道：「大德！汝豈不」曾聽「聞如來說」過「有九」種「橫死」嗎？佛在經中曾說眾生有九橫死。這裡所謂消災續命，便是對那不該死而慘遭橫死的人說的。如人壽該活一百歲，但由於種種惡劣因緣的牽制，只活了二、三十歲就死了，這即是不該死而死的。以「是」之「故」，特「勸」導眾生製「造續命幡」，和燃「燈」供養三寶，「修諸福德」資糧；「以修福」德的緣「故」，便可「盡其」應得的「壽命」，平安穩健地活下去，直至真正壽終，絕「不」再「經」任何不幸的「苦患」。
阿難問言：「九橫云何？」救脫菩薩言：「若諸有情，得病雖輕，然無醫藥及看病者，設復遇醫，授以非藥，實不應死而便橫死。又信世間邪魔、外道、妖孽之師，妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福祐，欲冀延年，終不能得；愚痴迷惑，信邪倒見，遂令橫死，入於地獄，無有出期——是名初橫。
「阿難」又「問」：「九」種「橫」死是什麼樣的？「救脫菩薩」說：「若諸有情」，因四大不調，「得」了毛「病」。起初病「雖輕」微，「然」而沒有「醫」生診治，不服湯「藥」，以「及」沒有「看」護「病」患的人，這樣慢慢拖延，病患一天沈重一天，終於不治身死。「設復遇」到「醫」生，但係庸醫，醫術不高明，亂開藥方，「授以」不合病症的湯「藥」；「實」在「不應」該「死」的，「而」卻被誤害致遭「橫死」。另外「又」有一種人，捨三寶正法不信，而「信世間」一般思想不正、自害害人的「邪魔、外道、妖孽」巫「師」，聽受他們謠言惑眾，「妄說禍福」。如假藉神鬼附體，胡說什麼窺得天意，某地方某日某時將降天禍，或說某人某日某時將有大禍臨頭，可能要喪身失命。這麼被他一嚇，「便生恐動」，極度慌張，把握不住自己，日夜忐忑不安。「心」思「不」能「自正」，於是想出許多蠢笨辦法，如看相算命，抽籤「卜」卦，「問覓禍」根，聽憑邪師指示，宰「殺」豬羊等「種種眾生」，作法祭祀，稟「奏神明」，求其「呼」遣鬼神「魍魎」幫忙，「請乞」消災納「福」，保「祐」平安，以「冀」長命「延年」。可是，「終」於「不能得」到效果。因為心思不正，「愚痴」無智，顛倒「迷惑」，輕「信邪」魔外道，起「倒」亂「見」，殺生作孽，罪惡累重，結果「遂令橫死」，而且死後還得「入於地獄」，受無量苦，「無有出期」。這就「名」為「初橫」。
二者、橫被王法之所誅戮。三者、畋獵嬉戲，耽婬嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣。四者、橫為火焚。五者、橫為水溺。六者、橫為種種惡獸所噉。七者、橫墮山崖。八者、橫為毒藥，厭禱，咒詛，起屍鬼等之所中害。九者、饑渴所困，不得飲食而便橫死。是為如來略說橫死，有此九種。其餘復有無量諸橫，難可具說。
救脫菩薩對於九橫死的解說，初橫講得較為詳盡，後面八橫，都極其簡略。
第「二」橫死，即因做了危害國家人民的事情，觸犯了國法，罪至死刑；或確無罪過，而受冤枉，「橫為王法」（國法）「所誅戮」。第「三」，歡喜「畋獵」鳥獸，賭博等「嬉戲，耽」於「婬」欲，「嗜酒」如命，這大多是些哥兒少爺，或無賴流氓，有閒不務正業，終日遊蕩，「放逸無度」，於是「橫為非人奪其精氣」。因行為放蕩不羈，狂嫖爛賭，或逢酒必醉。如此精力一天天消耗減損，加以心緒邪亂，邪神惡鬼恰可乘虛而入，奪其精氣而置之死地。第「四」，「橫為火焚」，如喪身失火場所，或遇世亂，死於砲火之下。第「五」，「橫為水溺」，如慘逢水災，被洪水沖沒，或平時掉河而死，或乘船遇難溺斃海洋。第「六」，「橫為」毒蛇、瘋犬、獅子、虎狼「種種惡獸所噉」食。第「七」，因不小心，「橫墮」於「山」坑險谷，懸「崖」斷壁，而死於非命。第「八」，「橫為毒藥、厭禱、咒詛、起屍鬼等之所中」傷、毒「害」而死。第「九」，或因沒有能力謀生，或遇大荒年，為「饑渴所困，不得飲食而便橫死」。這一切都是未盡天年，而突遇意外喪命的；雖然死的方式各有不同，但總而言之，都是不應該死，死得不尋常的，因此叫做橫死。
這便「是」「如來略說」的「九種」「橫死」；「其餘」尚「有無量」無數的「諸」種「橫」死，此處「難」以一一「具說」。救脫菩薩所開導的延命方便，即是專為拯救這些將遭橫死的眾生，因其壽命未盡，若能如所指示各項辦法去修持，依藥師如來慈悲願力的加被，是可以挽救的，但如年老壽盡，則死數已定，佛菩薩也難能為力。
丙三 結勸修度
復次，阿難！彼琰魔王主領世間名籍之記。若諸有情，不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於性戒，琰魔法王，隨罪輕重，考而罰之。是故我今勸諸有情，然燈造幡，放生修福，令度苦厄，不遭眾難。」
救脫菩薩代佛弘傳的消災延壽法門，主題到此已經說完，現作總結，勸告大眾修持，以期度脫苦厄。
救脫菩薩又說：「阿難！彼琰魔王主領世間名籍之記。」上說琰魔王是地獄主，這裡又說他是主領世間的名籍，似乎有些出入。琰魔王實只是主管世間的罪惡眾生，作善的，往生淨土或生天國，根本不經地獄，他實管不到。名籍之記，以現代話說，即登記眾生犯過的名籍簿。「若諸有情」，作種種重罪，如「不孝」，即對於父母不予奉養，或隨便辱罵毆打。父母——特別是母親，更是恩重如山，十月懷胎，三年乳哺，移乾就濕，嚥苦吐甘，經過千辛萬苦，才漸撫育成人，不知報恩，反而做出不孝行為，真是罪不可逭！「五逆」：一、弒父。二、弒母——這比不孝父母，罪更嚴重。三、弒阿羅漢，即殺害出世聖者。四、出佛身血，如佛在世時，提婆達多推石害佛，令佛足傷破出血。五、破和合僧，即挑撥和合僧團，使原來和樂清淨的大眾，發生磨擦，隔膜，彼此煩惱，不能安心辦道。一切罪惡，以此五逆為最重。還有「破辱三寶」的，對佛法僧或加侮辱，或廣為宣傳毀謗，或破壞寺院佛像，焚燒經書等。「壞君臣法」，君主為國家元首，即是代表國家，故對君應盡忠，若不忠而倒戈叛亂，即名壞君臣法。「毀於性戒」，殺盜淫妄為性戒，受戒或不受戒，犯了皆有罪過。「琰魔法王」依據名籍簿的記錄，「隨」眾生犯「罪」的「輕重」，按法「考」問審訊，「而」加以應得的處「罰」。如犯以上所舉出五逆不孝等罪的，即墮地獄。最後救脫菩薩提示道：「是故我今」力「勸」一切「諸有情」，依照上面開示的方法，一面散花、燒香、「然燈」、「造幡」，恭敬供養如來，以及「放生修福」；一面精進稱念藥師如來，誦《藥師經》，發露懺悔。仗此功德福力，當可「令」其「度」脫一切「苦厄」，而得消災延壽，「不」復「遭」受「眾難」的困惱。
乙三 藥叉誓護
爾時，眾中有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂：宮毘羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞儞羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毘羯羅大將。此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉以為眷屬，同時舉聲白佛言：「世尊！我等今者，蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利饒益安樂。隨於何等村城，國邑，空閑林中，若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難；諸有願求，悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結。」
當救脫菩薩詳盡闡述了消災延壽的藥師法門之後，就有很多深受感動的藥叉大將及其眷屬，同時發願護持此法。藥叉，有的譯為夜叉，係鬼趣所攝，力量極其強大，印度民間對它的信仰，至為普遍而深固。藥叉多住在天上，或深山窮谷，偏僻海島，或遊離虛空，行跡不定。我國道士，煉丹修道而得飛升，情形與它有些類似。藥叉的性情不一，有的窮兇極惡，有的善良和順；如護持佛法的，即是溫純而善良的藥叉。在佛教的護法神中，它佔有很重要的位置。像四大天王中，手執寶劍的那位毘沙門天王，便是藥叉群裡的首領。藥叉的性別也有男女，中國人以為母藥叉醜陋而兇惡，故每以母夜叉形容潑辣的女人，其實男性藥叉才真醜惡難看，女藥叉則多半生得如花似玉，天女一般的美麗。現今所說，即是指對於佛教有信心，熱忱護法的善良夜叉。
救脫菩薩的開示告結束「時」，在大「眾中」，「有十二」個「藥叉大將，俱」參預藥師法「會」，靜「坐」諦聽如來說法。在毘沙門天王統攝下的藥叉，部屬很多，而這十二位為領導者，故名大將。現依其名次，略為解釋：(一)、「宮毘羅大將」，義譯為蛟龍，頂有金龍相。它住在王舍城的一個山上，與佛教有密切關係，可說是最有功績的一位護法藥叉。佛在世時，它以赤誠心，處處護法。有一天，釋尊從靈鷲山麓經過，提婆達多暗中由山頂推下一塊大石頭，想擊害釋尊，為宮毘羅所見，連忙用金剛杵迎擊，巨石便即粉碎，僅一小塊落在佛趾上，微微破皮出血。由此一例，可見它對佛法的忠誠！(二)、「伐折羅大將」（金剛），(三)、「迷企羅大將」（金帶），(四)、「安底羅大將」（破空山），(五)、「頞儞羅大將」（沈香），(六)、「珊底羅大將」（螺髮），(七)、「因達羅大將」（主），(八)、「波夷羅大將」（鯨），(九)、「摩虎羅大將」（蟒蛇），(十)、「真達羅大將」（一角），(十一)、「招杜羅大將」（嚴熾），(十二)、「毘羯羅大將」（工藝善巧）。
「此十二」位「藥叉大將，一一各」統攝「有七千藥叉」「為眷屬」，他們都來參加法會。據藥師儀軌說：一年十二月，每天十二時辰，由每一藥叉大將輪值守護。然另有更深的意義，即藥師如來成就了十二大願，因有十二藥叉大將，每一藥叉為每一大願的象徵；也可以說，十二藥叉即等於藥師如來的化身，以現藥叉身而推行佛法。佛現佛相，是解脫相；現菩薩相，是慈悲相；現金剛、藥叉相，表示威嚴勇猛，能降服一般剛強難調的眾生，及能摧毀一切邪魔外道。所以金剛、藥叉的形像，總是豎眉怒目，顯出兇猛可怕的樣子。
十二藥叉大將各領七千眷屬，「同時舉聲」向「佛」宣誓說：「世尊！我」們「今」天能夠「蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來」的「名號」，便「不」再感「有惡趣」的恐「怖」了。聞佛名號，一面是宿植善根，一面要承佛威力加被，否則是聽不到的。藥師如來有無量功德，無邊行願，只要一聞其名號，即可罪障冰除，福慧增長，所以藥叉們聞了藥師聖號，便沒有再生惡趣的恐怖了。藥叉屬鬼趣所攝，儘管福報大，力量強，但到底離不了惡趣（鬼為三途之一），仍然要感受惡趣的苦痛；今聞佛聖號，不但身心安寧不復恐怖，且得於佛前發願護持佛法，培植善根，來生解脫惡趣。像在黑暗中摸索而恐懼的孩子，只要聽到母親的音聲，一切恐懼心理便可解除，而能勇往直前，奔向光明的坦途。藥叉聽到藥師如來的聖號，蒙受佛力加被，佛光惠照，頓息惡趣的恐怖，此恩德是多麼深厚呢！藥叉神將為了表示報答佛恩，故稟告佛說：「我等相率，皆同一」條「心」，自今而後，「至盡形」壽而死，「歸」依「佛法僧」三寶，並且發「誓」，要「荷負一切有情，為作」種種「義利」，令其脫離苦厄，「饒益安樂」。受了佛的慈濟，知道佛法的好處，而發心歸依三寶，利濟有情，這原是應該的。可是我們人類，有的比藥叉還不如，聽聞如來的勝法，得到佛法的好處，而卻不能發菩提心，利樂眾生，甚至皈依三寶，也不能切實辦到；人而不如鬼趣的藥叉，說來是夠慚愧的！藥叉發心護持佛法，利益眾生，並不是在佛前說說而已，而且在行動上要有所表現，所以說：「隨於何等村」莊、「城」市、「國」都、縣「邑」，甚至「空閑」的樹「林中」，「若有流布此」藥師「經，或復受持藥師琉璃光如來名號」，或設種種供具，「恭敬供養」藥師如來，「我等」藥叉大將，及所有「眷屬」，一定經常「衛護是人」，「使」他們「解脫一切苦難」，而「諸有」情的「願求，悉令滿足」。如「有疾」病「厄」難而「求度脫」的，「亦應」一心「讀誦此經」；同時，要「以五色縷，結我」們十二藥叉大將的「名字」，等到病苦災難解除，「得如願已，然後解」開縷「結」。這是祈求消除病難的一種特殊方法。關於打結，向來有兩種說法：一說用五色絲線織成十二個藥叉大將的名字；一說稱念一位藥叉大將的名字，就用五色絲線打一個結，如次念十二名字，打十二個結。兩者比較起來，後說簡便而近情。這打結辦法，可說是一種互通信息的工具。在沒有文字之前，古人都用打結記明事物；發生一件事情，打一個結，看結就曉得什麼一回事。藥叉沿用此法，教眾生遇災難時，念它名字打一個結，他就知道前來護持。又如現代遇急難時，打一通電報或寫一封快信給朋友，他便會趕來援救。所以念一大將名字打一個結，即是請其護持的表示。待病患痊愈，厄難息除，然後將結解開。
爾時，世尊讚諸藥叉大將言：「善哉！善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。」
釋迦「世尊」以藥叉們能夠如此發心護法，利濟有情，極為難得，故稱「讚」他們說：好極了！好極了！「大藥叉將！汝等」能知「念報世尊藥師琉璃光如來」的慈濟「恩德」，確實「常應如是利益安樂一切有情」！佛弟子中有兩類人：一是報佛恩的，一是欠佛債的。佛的教誨，原是一面修行了生死以自利，一面濟度眾生以利他，但有一分學者，卻只顧到自了生死的一邊，而不管眾生的苦難，這叫不知報佛恩的負欠佛債者。另有一分弟子，能暢達如來本懷，不但要求自了生死，而且處處以救度眾生為前提，切實表現自未得度先度人的精神，這即知報佛恩。我們學佛，應該學報佛恩，切勿作一欠佛債者！
甲三 流通分
乙一 阿難問名
爾時，阿難白佛言：「世尊！當何名此法門？我等云何奉持？」佛告阿難：「此法門名說藥師琉璃光如來本願功德；亦名說十二神將饒益有情結願神咒；亦名拔除一切業障；應如是持。」
正宗分已講完，現說流通分。即為了使此正法，透過悠久的時間，廣大的空間，永久而普遍，流化不絕。先是阿難問名，即請示經題。題能攝義，有了經題，才能把一部經的要義統攝起來；令人一望經題，便可了解其中要義。又題為全經要領，有經題，才易於記憶受持。
當釋尊稱讚藥叉大將的護法勝舉之「時」，「阿難」即向「佛」請示道：「世尊！」應「當」以「何名」稱，稱上來所說的「此」一「法門」？「我等」弟子及末法眾生，應當「云何奉持」？於是，「佛告」訴「阿難」：「此法門」有三個名稱：一、「名說藥師琉璃光如來本願功德」，即此經通用的題名。二、「亦名說十二神將饒益有情結願神咒」，即藥叉誓護一節；因其靈感神速，故名神咒。三、「亦名拔除一切業障」，眾生的種種災難，即過去與現在生中業障所感，現受持此藥師法門，便可拔除一切業障，而得消災免難，植福延壽，故得此名。「應如是持」，即是說：牢記此三個經題，依其意義的提示，去恭敬受持。
乙二 大眾奉行
時薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩；及大聲聞；國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽，人、非人等，一切大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
這是大眾奉行，佛說完每部經，都有此一段。
當「時，薄伽梵（世尊）說」完此經，在座的「諸菩薩摩訶薩，及大聲聞」眾，還有「國王、大臣、婆羅門、居士」等人眾，和「天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽」等非人眾。天、龍、藥叉三名，上已解說過。健達縛，即乾闥婆，是一位天樂神，諸天有了盛會，均由祂奏樂，可說是天國的音樂家。阿素洛，即阿修羅（解釋見上文）。揭路荼，即迦樓羅，係一大鳥，因其翅膀金色，也名金翅鳥。此鳥身體極為龐大，中國莊子說有大鳥，能高飛九萬里，似乎即指此鳥。緊捺洛，即緊那羅，它也善歌能舞，唯頭生一角，究竟是神是人，令人莫辨，故名為疑神。莫呼洛伽，即摩睺羅伽，是大蟒蛇。如此「人（國王大臣等）、非人（天龍八部）等，一切」在會「大眾，聞佛所說」的微妙法門，個個「皆大歡喜，信受奉行」。
一切佛法，不是聽過或知道就算了事，必須以信心去接受，去領略。佛說『若有信心得歡喜』，有清淨信心，才能深切地理解佛法，知道佛法的廣大利益，而把自己的身心，陶融於無邊法喜之中！像上面藥師法會的聽眾，無論是聲聞眾、菩薩眾，或是人天眾，都充滿了法喜。這因為，他們都具有純正而堅強的絕對信心；以此信心領受高度的法樂，然後才能切實依教奉行。我們修學佛法，應該如此，對於自身才有真實受用；對於佛法，也才能永久流傳下去，不斷饒益眾生。現在，這《藥師經》講完了，希望大家也生清淨心，歡喜心，依著經中的指示，信受奉行！才不辜負藥師如來的大悲願，和我們幸聞佛法的此生！
校注
【經文資訊】《印順法師佛學著作集》第 4 冊 No. 4 藥師經講記
【版本記錄】發行日期：2022-01，最後更新：2021-12-09
【編輯說明】本資料庫由中華電子佛典協會（CBETA）依《印順法師佛學著作集》所編輯
【原始資料】印順文教基金會提供
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本經全文，分三大科：即緣起、正宗、流通三分。敘述佛說此經的因緣，是緣起分。由此而引起開示全經的中心主題，為正宗分。佛說法，不但是為了當前的聽眾，且遠為未來的眾生，所以還要囑咐流通，化化不絕，是流通分。
緣起分中，又分敘事證信與禮請起說，通常稱為通序與別序。敘事證信，是敘述佛在何時何地為何等人開示此一法門，以及當時在場聽眾共有若干，以表示結集經典的人，確曾從佛聽來，不是妄自杜撰，這才能取得後人的信仰。《大智度論》說：『說方、時、人，令人心生信故。』[A1]如現代的會議記錄，必記下時間、地點、出席人數及其議案，以示有史實可稽。佛教聖典，不像外道經書，說不出出處，而假藉以天降，或是從山洞裡得來，甚至說是由乩壇裡扶乩得來！
「如是我聞」，明所聞的法門。是說：如此之法——這部經典，是我（結集者）親自聽來的。這是佛入滅後，弟子結集經典時所按的。佛當時說法，不像現代有筆記或錄音，大家都是從佛那裡聽來的；在結集時，阿難或其他同人，不管結集到那一部經，開頭總是說『如是我聞』，用以表示從佛得來。這本是淺而易懂的，然古德每每因淺解深，所以有很多解釋。現在簡單地說：如，約義理方面說，佛所說的，是不異法，其義理絕無兩樣，所以稱如；而顯義文字，能恰當地吻合義理，故說是；文義都正確而無差錯，名為如是。聞本是耳聞，但僅依耳根，實不能成聞，必須有意識以及其他因緣同時俱起，才能發生聽聞了解的功用。依世俗諦說，六根六識的總和，假名為我；假我是總，根識是別。所以現在廢別立總，不說耳聞而說我聞。
或許有人發生疑問，以為佛法既說無我，此中為什麼又說我聞？世人不明佛法，發生這類的疑難，著實不少。從前有位聰明小沙彌，讀誦《心經》，讀到『無眼耳鼻舌身意』[A2]時，不覺懷疑起來，就到師父那裡，摸摸自己的眼睛、耳朵、鼻子，問師父是什麼？師父說：眼睛、耳朵、鼻子都不知道嗎？他說：既然我的眼睛、耳朵好端端的，為什麼經裡說無眼耳鼻舌呢？結果師父也無從回答。又古代有位德山法師，善講《金剛經》。他揹著《金剛經註疏》去參訪，路旁見一老婆婆在賣點心，便歇下來，打算買些點心充饑。老婆婆問他包裡是什麼？他說是《金剛經疏》。老婆婆又問：《金剛經》說『過去心不可得，現在心不可得，未來心不可得』[A3]，那你到底想點的那個心？德山無以為答，便把經疏燒掉。
佛經說無眼耳鼻舌身意，說三心不可得，而事實上，這種種（根）身心之法，卻又顯然而存在的；同樣地，佛法儘管說無我，而在世俗諦中，因緣和合的假我，卻又是不可否定的。這在一般人似乎是矛盾而不可理解。須知五蘊假合的我，與空無我性的我，其含義是迥然不同的。我們的意識中，總覺得有個我，運動於時空中，而且是常住不變、獨立而自主存在的。這樣的我，是神我，自性我，佛法否定了它，所以說無我。因為從頭至足，從物質到精神，任憑怎樣去尋求，都沒有絲毫的自性可得，故『無眼耳鼻舌身意』[A4]，『無我無眾生』[A5]。然而五蘊和合，心身所起的統一作用，卻是有的，雖有而如幻如化；這幻化不實的和合相，即假名為我。假名我，不但凡夫有，即聲聞聖者也無例外。有人問佛：阿羅漢可否說我？佛說：可以。假我雖有，但不同凡夫錯覺中的實我，和外道妄執的常我、神我。明乎此，佛法的說我與無我，說眼耳鼻舌與無眼耳鼻舌，並不矛盾，於真俗二諦，才能融通無礙。
「一時」，指說法的時間。這是從法會開始，到法會圓滿的那一個時候。所以不說某年某月某日，因為佛法要流傳到各國去，各地的時間不同，如中國夜間九時，美國便是清晨了；又如陰曆陽曆，也相差很遠，實在無法確指，所以只泛稱一時。
「薄伽梵」，是佛陀的尊稱，義譯為世尊，指說法主——釋迦牟尼佛。因含有吉祥、端嚴、熾盛等多義，所以多含不翻，仍保存它的原音。今就其本義，略述兩點：一、薄伽梵是巧分別：佛能善巧分別諸法相，即對宇宙人生的真相，無不徹底通達，了了明達，雖說一切法相，而不違第一義諦，故稱為巧分別。二、能破：眾生無始以來，受了根本無明以及種種煩惱的蒙蔽與纏縛，從來沒有獲得真正的解脫和自由；小乘聲聞，大乘菩薩，雖都在解脫道上，但尚未到達究竟目的。唯有大覺佛陀，徹底斷盡一切無明煩惱，證得一切智智，真正獲得了大自在，大解脫，所以尊稱佛為薄伽梵。
「遊化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下」。這是說法的地方。佛陀，永遠是顧念著眾生的苦厄和災難，所以經常的往來恆河一帶，遊行教化，使無量無數的苦惱眾生，都能沾法雨的潤澤。不但佛陀如此，即當時的佛弟子們，也都經常到諸方去遊化的。後代的出家佛子，每歡喜坐化一方，這容易發生問題。因為一地方住久了，漸漸就把寺院，產業，甚至佛教信眾，看作己有。同時，資生物件也越來越多，貪染心也便越加滋長，不知覺地陷入利欲深淵，而不能自拔。故為利濟眾生想，節制自我的私欲想，佛陀特別注重遊化諸方。廣嚴城，是梵語毘舍離的義譯。因為土地廣，文化高，物產富，人民的生活都安樂舒適，故名廣嚴。據今學者考證，此城在恆河以北巴特那地方。廣嚴城是總名，佛住的地方，是城外郊區的樂音樹下。佛說法沒有一定的處所，有時在莊嚴寬敞的大廈，有時則在幽靜的樹林間。此地所說的樂音樹，不止一棵兩棵，應該是樂音林。因為樹多，大家坐在林下聽法。微風吹動枝葉，便作種種自然音聲，猶如奏樂，所以叫做樂音樹。