金剛頂經瑜伽有十萬偈十八會，初會名一切如來真實攝教王，有四大品：一名金剛界，二名降三世，三名遍調伏，四名一切義成就表四智印。於初品中有六曼茶羅，所謂金剛界大曼茶羅，并說毘盧遮那佛受用身，以五相現成等正覺五相者所謂通達本心、修菩提心、成金剛心、證金剛身、佛身圓滿，此則五智通達，成佛後以金剛三摩地現發，生三十七智，廣說曼荼羅儀則，為弟子受速證菩薩地佛地法。第二說陀羅尼曼茶羅，具三十七，此中聖眾皆住波羅蜜形，廣說入曼茶羅儀軌，為弟子受四種眼，說敬愛、鉤召、降伏、息災等儀軌。第三說微細金剛曼茶羅，亦具三十七聖眾，於金剛杵中畫，各持定印，廣說入曼茶羅儀軌，為弟子令心堪任、令心調柔、令心自在，說微細金剛三摩地，修四靜慮法、修四無量心及三解脫門。第四說一切如來廣大供養羯磨曼茶羅，亦具三十七，彼中聖眾，各持本幖幟，供養而住，廣說入曼茶羅法，為弟子說受十六大供養法，說四種祕密供養法。第五說四印曼茶羅法，弟子受四種速成就法，以此曼茶羅求悉地成就，像如上四曼茶羅中所求悉地，於此像前求成就。

第六說一印曼茶羅，若持毘盧遮那真言及金剛薩埵菩薩具十七尊，餘皆具十三，亦說入曼茶羅儀，與弟子受先行法，修集本尊三摩地。

次說降三世大品，有六曼茶羅，如來成等正覺已，於須彌盧頂轉金剛界輪已，與諸菩薩名號受職已，摩醯首羅等剛強難化，不可以寂靜法而受化。盡虛空遍法界一切如來異口同音，請以一百八名讚禮金剛薩埵。如是諸天不可以寂靜法而受化，時金剛手菩薩受一切如來請已，即入悲怒金剛三摩地，現大威德身，以種種方便調伏，乃至命終。摩醯首羅死已，自見於下方過六十二恒河沙世界，名灰莊嚴，彼世界中成等正覺，名為怖畏自在王如來。執金剛菩薩以脚按之，誦金剛壽命真言，復得蘇。既受化已，金剛薩埵則說大曼茶羅，引入諸天，受金剛名號諸天有五類。

居上界天王，摩醯首羅等無量諸天及后。

第二遊虛空諸天，日天子等無量諸天及后。

第三居虛空天，魔王等無量諸天及后。

第四地居天，主藏天等無量諸天及后。

第五地下嚩囉呬天等無量諸天及后。悉皆引入已，勅諸天建立諸曼茶羅，汝等赴會，所求一切悉地皆與成辦，此等皆是外金剛部。

第一說大曼茶羅儀則，皆具三十七，說降伏法及修神通法。

第二說祕密曼茶羅，具三十七，說引弟子儀，此中諸音聲及金剛歌舞。

第三說法曼茶羅，具三十七，說引入弟子儀，此中說以慈悲喜捨，作阿毘遮嚕迦法，微細金剛調心儀軌。

第四說羯磨曼茶羅，具三十七，說入曼茶羅儀，令弟子學護摩儀軌，於無量佛菩薩所，成廣大供養，速得悉地現前，說二十五種護摩爐隨類所求法。

第五說四印曼茶羅，具二十一，成就諸藥法等。已上四曼茶羅中成就法，於此曼茶羅中成就法於此曼茶羅像前求。

第六說一印曼茶羅，具十七，說引入弟子及先行法。

次為外金剛部眾，說四種曼茶羅，各說本真言、本印契獻佛。佛為說教勅大曼茶羅，具三十七，說引入弟子儀，說為弟子使役外金剛部軌則，此中說大佛頂及光聚佛頂真言及契，亦通一字頂輪法。

次說第二教勅三昧耶曼茶羅，彼諸天后等各獻本真言，佛為說曼茶羅，具三十七，說為弟子說修藥叉藥叉女法，廣說諸儀軌。

次第三說教勅法曼茶羅，諸天說真言獻佛，佛為彼等說曼茶羅，具三十七，說引入弟子儀，為弟子說諸天之法印已，由此印不違越本誓。

次第四說教勅羯磨曼茶羅，具三十七，說引入弟子儀。彼等諸天各說本真言，佛為說曼茶羅，說諸天舞儀，說成就諸事業速疾法。

次說遍調伏大品，有六種曼茶羅。

第一大曼茶羅，具三十七，皆觀自在菩薩變現，說引入弟子儀，此中說十六種成就速疾神通三摩地儀。

第二說三昧耶曼茶羅，具三十七，皆觀自在菩薩變現，說引入弟子儀，此中說鉤召、敬愛十六種三摩地。

第三說法曼茶羅，具三十七，皆觀自在菩薩變現，說引入弟子儀，此中說修心及求智慧辯才法十六種。

第四說羯磨曼茶羅，具三十七，皆觀自在菩薩變現，說引入弟子儀，此中說蓮花部供養儀，及轉罪障報障、蓋纏業障法。

第五說蓮花部四印曼茶羅，具二十一，皆觀自在菩薩變現，說引入弟子儀，此中說成就，先行法及成就先行如上四種曼茶羅法。

第六說蓮花部中一印曼茶羅，具十三，皆觀自在菩薩變現，說引入弟子儀，此中說修本尊法，通修世間出世間法。

次說一切義成就大品中，有六曼茶羅。第一大曼茶羅，具三十七，此中說引入弟子儀，由入此曼茶羅，除貧匱業，說求豐財，求佛菩薩位及世間榮位。

第二祕密三昧耶曼茶羅，具三十七，此中說引入弟子儀，說求伏藏法，速滿檀波羅蜜福德聚法。

第三法曼茶羅，具三十七，此中說引入弟子儀，說寶部中修三摩地法，令心安住、令心堪任、令心調柔、令心自在，見虛空藏菩薩法。

第四羯磨曼茶羅，具三十七，此中說引入弟子儀，說加持掘伏藏事業法，并說寶部中廣大供養諸佛儀。

第五四印曼茶羅，具二十一，說引入弟子儀，說修先行法，及說四曼茶羅中悉地法。

第六一印曼茶羅，具十三，說引入弟子儀，說修一尊法，及修諸藥等三摩地，皆是則彼婆伽梵執金剛虛空藏變化。次都說如前一一曼茶羅中，祕密助成方便散誦。次後示釋迦牟尼佛，降於閻浮提，變化身八相成道，皆是普賢菩薩幻化，一切如來還以一百八名，讚揚金剛薩埵。如是第一會。

次說第二會，名一切如來祕密王瑜伽，於色究竟天說。具四大品，廣說微細實相理，及廣說降摩醯首羅、摩醯首羅天，以偈與金剛菩薩酬答。

次說第三會，名一切教集瑜伽，於法界宮殿說。一切如來異口同音，問金剛薩埵菩薩一百八問，金剛薩埵菩薩一一答。此經中說大曼茶羅五部，一一部中五曼茶羅，各具三十七，都成一大曼茶羅。一一尊各各說四印，所謂大印、三昧耶印、法印、羯磨印，各說成就法，此經中說一百二十五種護摩爐，一一爐所求各異。

次說第四會，名降三世金剛瑜伽，於須彌盧頂說。金剛藏等八大菩薩，一一尊各說四種曼茶羅，初會說降伏摩醯首羅及諸天入曼茶羅授職位授名號四種曼茶羅，所謂大曼茶羅、三昧耶曼茶羅、法曼茶羅、羯磨曼茶羅，及一一尊說引入弟子儀及成就法，後都說諸尊三昧耶結印次第，及說祕密禁戒及祕密修行。

第五會名世間出世間金剛瑜伽，於波羅奈國空界中，略說五佛曼茶羅，及諸菩薩諸外金剛部曼茶羅，一一曼茶羅具四種，各說引入弟子儀及求悉地法。

第六會名大安樂不空三昧耶真實瑜伽，於他化自在天宮說。此經中說普賢菩薩曼茶羅，次說毘盧遮那曼茶羅，次後說金剛藏等，至金剛拳菩薩及外金剛部，說般若理趣。一一尊具說四種曼茶羅，各說引入弟子儀，授理趣般若波羅蜜多法及受四種印法，品中各說求世間出世間悉地法。

第七會名普賢瑜伽，於普賢菩薩宮殿中說。此經中說普賢菩薩等，至金剛拳菩薩及外金剛部，一一尊各說四種曼茶羅，說引入弟子儀，說受四種印，修世間出世間悉地。此經中說修行人無時無方，不依世間禁戒，以菩提心為先，無為戒為本。

第八會名勝初瑜伽，於普賢宮殿說。普賢菩薩等，至外金剛部，各各說四種曼茶羅，說實相理，及分別諸曼茶羅儀則，稍廣於第七會，說大略同。

第九會名一切佛集會拏吉尼戒網瑜伽，於真言宮殿說。此中說立自身為本尊瑜伽，訶身外主形像瑜伽者，廣說實相理，并說五部根源，并說瑜伽法具九味，所謂華麗金剛薩埵、勇健毘盧遮那、大悲持金剛、喜笑觀自在、瞋怒金剛光、恐怖降三世、厭患釋迦牟尼佛、奇特金剛笑、寂靜瑜伽中毘盧遮那。說普賢菩薩等，至金剛拳，各說四種曼茶羅，及引入弟子儀，及受四種印，并說五部中歌讚舞儀。

第十會名大三昧耶瑜伽，於法界宮殿說。普賢菩薩等，至金剛拳菩薩十六大菩薩，各各說四種曼茶羅，說引入弟子儀，受四種印法。此中說偈云：

第十一會名大乘現證瑜伽，於阿迦尼吒天說。毘盧遮那佛等，至金剛毘首羯磨菩薩，及八大供養四攝出生同真實攝瑜伽，一一尊具四種曼茶羅四種印，廣說實相理心建立曼茶羅儀則。

第十二會名三昧耶最勝瑜伽，於空界菩提場說。毘盧遮那等四部中上首菩薩，金剛拳等八菩薩及外金剛部，各各說四種曼荼羅四印等八。此經中，於自身上建立曼荼羅，說自身本尊瑜伽，廣說阿字門通達於染淨，有為無為無礙。

第十三會名大三昧耶真實瑜伽，於金剛界曼荼羅道場說。十方一切佛異口同音，請金剛薩埵，唯願說三昧耶真實教法，我等先已受訖，唯願金剛薩埵為諸菩薩。既授請已，說普賢菩薩十七字真言，說適悅不空曼荼羅，具十七，亦說四種曼荼羅，說一百八道契，說通求世間出世間悉地。隨此諸菩薩及外金剛部，各各說本曼荼羅本真言本契印竟，普賢菩薩說祕密中曼荼羅十七尊支分，各復入本尊身，共成五尊，同居一蓮花臺，說一字真言，從眼口及一切支分變異即成印，但住大印結羯磨印，不待先行不籍結護加持，亦不假迎請，宿業罪障不能陵逼，亦不障礙速疾成就。

第十四會名如來三昧耶真實瑜伽，此經中普賢菩薩十六大菩薩，四攝成一身，說四種曼荼羅四印，廣說五部互圓融，如來部即金剛，蓮花部即寶部，互相涉入，法界即真如，般若即實際，於假施設有異，於本即一體。次普賢後諸菩薩及外金剛部，各各說本真言、本曼荼羅、本印契。

第十五會名祕密集會瑜伽，於祕密處說，所謂喻師婆伽處說，號般若波羅蜜宮。此中說教法壇印契真言，住禁戒，似如世間貪染相應語。會中除蓋障菩薩等從座而起，禮佛白言：「世尊大人不應出麁言雜染相應語。」佛言：「汝等清淨相應語，有何相狀？我之此語，加持文字，應化緣方便，引入佛道，亦無相狀，成大利益，汝等不應生疑。」從此廣說實相三摩地，諸菩薩各各說四種曼荼羅四印。

第十六會名無二平等瑜伽，於法界宮說。毘盧遮那佛及諸菩薩并外金剛部等，各各說四種曼荼羅，具四印，此中說生死涅槃、世間出世間、自他平等無二種心，舉目聲香味觸雜染思慮住亂心無二，同真如法界，皆成一切佛身。

第十七會名如虛空瑜伽，住實際宮殿說。毘盧遮那佛、普賢菩薩及外金剛部，一一說四種曼荼羅，具四種印。此中修行者，與一一尊相應，皆量同虛空法身相應，離一切萬物，法體光明量同虛空無來無去。此經中說虛空三摩地相應法。

第十八會名金剛寶冠瑜伽，於第四靜慮天。金剛薩埵菩薩請佛，為大梵天娑訶世界主說五部瑜伽曼荼羅引入弟子儀，具三十七，亦說四種曼荼羅，具四印。下至外金剛部，為弟子受學心念誦，於月輪上右旋列真言字，注心於一一字，實相理相應，周而復始，亦通成就世間出世間悉地，不假持珠遍數以為劑限，但證理門心不散動，住本尊瑜伽為限。此經中微細說不成就二十種相，及說隣近悉地多種相。

瑜伽教十八會，或四千頌或五千頌或七千頌，都成十萬頌，具五部四種曼荼羅四印，具三十七尊，一一部具三十七，乃至一尊成三十七，亦具四曼荼羅四印，互相涉入，如帝釋網珠光明交映展轉無限。修行者善達此瑜伽中大意，如遍照佛，一一身分、一一毛孔、一一相、一一隨形好、一一福德資糧、一一智慧資糧，住於果位，演說瑜伽二乘不共佛法，說曼荼羅三昧耶法門事業，量同虛空，證者如上所說，各各分劑各不雜亂，圓證四身，所謂自性身、受用身、變化身、等流身，是能頓作利樂一切有情、諸菩薩聲聞緣覺及諸外道，名瑜伽金剛乘教法。