我國石刻佛教經典始於北齊。如山西太原風峪的《華嚴經》、山東泰山經石峪的《金剛經》、徂徠山的《般若經》等，都是北齊時代的石刻佛經。北齊的唐邕自天統四年至武平三年（西元五六八～五七二年）在今河北武安縣北響堂山（即石鼓山）刻了《維摩詰經》、《勝鬘經》、《彌勒成佛經》等許多佛教經典，並且留下有名的《鼓山唐邕刻經銘》，歷敘發願刻經的原因，所刻經數及開刻起訖年月。這些石刻佛經，特別是唐邕鐫刻石經的事業對後代佛教徒從事大規模的石刻佛經有很大的影響。

房山石刻佛教大藏經始於隋代，創始人為僧人靜琬。靜琬是北齊時天台宗二祖南岳慧思大師的弟子，他的詳細身世和事跡已不可考，但刻造佛教石經是他一生中最主要的事業，這是可以肯定的。從隋大業中一直到他死時為止，約三十年時間，他的刻造佛教石經事業從未間斷。關於靜琬發起刻造佛教石經的文獻記載，最初見於唐初唐臨所著的《冥報記》中。《記》云：

「幽州沙門釋智苑（按：即靜琬），精練有學識。隋大業中，發心造石經藏之，以備法滅。既而於幽州北山，鑿石為室，即磨四壁而以寫經；又取方石別更磨寫，藏儲室內。每一室滿，即以石塞門，用鐵錮之。時隋煬帝幸涿郡，內史侍郎蕭瑀，皇后之同母弟也，性篤信佛法，以其事白后。后施絹千匹及餘財物以助成之，瑀亦施絹五百匹。朝野聞之，爭共捨施，故苑得遂其功。………苑所造石經已滿七室，以貞觀十三年卒，弟子猶繼其功。」

唐臨《冥報記》著於唐高宗永徽年間，在有關房山石經記事部份之末，唐臨自注說：「殿中丞相李玄獎（一作『奘』）、大理丞采宣明等，皆為臨說云爾。臨以十九年從車駕幽州，問鄉人，亦同云爾。而以軍事不得（往）云。」這是說，唐臨早在長安就從兩位同僚中聽說過幽州釋智苑刻造石經之事。貞觀十九年（西元六四五年）他隨同唐太宗到幽州，問了當地鄉人，也同樣說是如此，只因軍事繁忙，未能親往調查。

又，據《寰宇訪碑錄》著錄，唐元和四年（西元八〇九年），幽州節度使劉濟所撰之《涿鹿山石經堂記》亦記有靜琬創刻石經之事：

「濟封內山川，有涿鹿山石經者，始自北齊。至隋，沙門靜琬，睹層峰靈迹，因發願造十二部石經，至國朝貞觀五年，涅槃經成。」

靜琬為什麼要發願刻造佛教石經呢？佛教自東漢明帝時傳入我國，由於歷代統治者的提倡，至南北朝時期已極為盛行，佛教大小乘經典也大量翻譯過來。隨著佛教的盛行，寺院經濟迅速發展起來，出家僧侶急劇增加。如南朝梁武帝時，尊佛教為國教，僅京都一地就有佛寺五百餘所，僧尼十餘萬；北朝北齊時全境寺院竟達四萬餘所，僧尼三百萬人之多。社會上出現如此眾多的寺院和僧尼，自然就容易引起一部份非佛教信徒的反感甚至反對。因此，一些當政者為了政治和經濟的原因，有時也採取了抵制佛教發展的措施。如北魏太武帝太平真君年間就曾下令誅沙門，毀神像。特別是北周武帝建德年間下令廢佛教，前後三年間，關、隴地區佛法誅除幾盡。建德六年（西元五七七年）武帝滅北齊後，將北齊的所有廟宇，充作王公第宅，命令三百萬僧徒全部還俗。武帝的廢佛運動，對佛教是一次沈重的打擊，佛教史上稱之為「法難」。

北魏太武帝死後，文成帝繼位，立即發出敕令，再興佛教。北周武帝死後，宣帝繼位也立即允許再興佛教。隋滅北周統一南北後，更大力提倡佛教，佛教又重新復興起來。

但是，北魏和北周的廢佛運動，在佛教徒心中還是留下了深刻的印象的。他們顧慮到說不定什麼時候還會出現「法難」，考慮如何來保存佛經的問題。北周廢佛時，許多手寫佛經一時化為灰燼，然而北齊唐邕刻在石上的佛經却依然無恙。唐邕當時刻造石經就是由於「以為縑緗有壞，簡策非久，金牒難求，皮紙易滅，於是發七處之印，開七寶之函，訪蓮華之書，命銀鈎之迹，一音所說，盡勒名山。於鼓山石窟之所，寫《維摩詰經》一部，《勝鬘經》一部……。」（《鼓山唐邕刻經銘》）這給佛教徒以很大的啟發。據劉侗、于奕正的《帝京景物略》說：

「北齊南岳慧思大師，慮東土藏教有毀滅時，發願刻石藏，閟封岩壑中。座下靜琬法師承師咐囑，自隋大業迄唐貞觀《大涅槃經》成。」

關於慧思發願刻石藏，究竟實現了沒有，現已不可知。然而靜琬是繼承其師遺願刻造石藏，至此已十分清楚了。靜琬刻石藏的目的，則正如他自己所說的，並不是為了一時的傳播佛經，而是為了一旦遭到「法難」時，可以此石經充作「經本」之用。如他在貞觀二年（西元六二八年）題刻殘碑上說：「冀於曠□〔刼〕，□□〔濟度〕蒼生，一切道俗」。在貞觀八年（西元六三四年）題刻殘碑上說：「此經為未來佛□〔法〕難時，擬充經本，世若有經，願勿輒開」。又如，在新發現的《涅槃經堂題刻》殘碑上說：「此堂內唯有石涅槃經一部，更無餘物。本為未來懸遠無佛法時，留為□〔經〕本，開生□〔慧〕目，靜琬□頭，願□□〔盡未〕來」，等等。

從靜琬發願刻造到明末止，房山石經的歷史，大體上可以分為四個時期。清代康熙以後雖然幾次修葺雲居寺，也刻了一些經碑立於寺中，但已失去石經原來錮藏以備法滅時充經本用的意義了。

第一個時期——隋唐

這一時期又可分為幾個階段，首先是隋大業中至唐初，靜琬及其弟子玄導刻經時期。如上所述，靜琬自隋大業中發願刻造石藏是得到隋煬帝皇后蕭氏及其弟蕭瑀的大力施助的；但從現存石經及題刻中，自隋大業至唐武德之終的二十年間，未見任何題記，可能是準備時期。靜琬發願刻造石經是有計劃進行的。他在貞觀二年（西元六二八年）題刻中說：「靜琬為護正法，……就此山頂刊《華嚴經》等一十二部。」可見他原計劃要刻十二部佛經，《華嚴經》就是他最初刊刻的一部。又，劉濟《涿鹿山石經堂記》說：「至國朝貞觀五年《涅槃經》成」，靜琬《涅槃經堂題刻》也證實了這一事實，可見《涅槃經》也是他最初刊刻的一部經。此外，現存雷音洞（即第五洞，又稱石經堂或華嚴堂）中的《法華經》、《勝鬘經》等，歷來認為是靜琬時所刻之石經，如清查禮的《游𢘿題（𢘿、古莎字）、上方二山日札》中說：「石經洞寬廣如殿，中供石佛，四壁皆碑石疊砌，即隋靜琬法師所刻佛經也。字畫端好，有歐褚楷法，無一筆殘缺。」靜琬最初發願要刻的十二部經具體經名沒有寫明，已無法考查。然就現存可認為是靜琬刻造的石經，主要有：《法華經》、《華嚴經》（晉譯）、《涅槃經》、《維摩經》、《勝鬘經》、《金剛經》、《佛遺教經》、《無量義經》、《彌勒上生經》等。

靜琬于貞觀十三年（西元六三九年）入寂，繼其刻造石經事業者，據遼代趙遵仁撰《續鐫成四大部經記》說：

「（靜琬）以唐貞觀十三年奄化歸真，門人導公繼焉；導公沒，有儀公繼焉；儀公沒，有暹公繼焉；暹公沒，有法公繼焉。自琬至法，凡五代焉，不絕其志。」

關於靜琬的這些後繼者，佛教史籍從未見記載，只是從石經山的一些題刻中弄清了他們的一些主要事迹，至於僧儀的事迹，甚至他的全名是什麼，至今尚未發現任何記載。

直接繼承靜琬刻造石經事業的是玄導。從保存在雷音洞門楣上的唐總章二年（西元六六九年）玄導題刻的殘碑看，玄導繼承靜琬刻造石經事業也是很有計劃的，而且刊刻了許多佛經。題刻云：

「……玄導……夙廁緇林……先師遺訓，於此山峰□□□、楞伽、思益、佛地四部經律……願雲居□□□，群萌助施，修營……。」

由此可見，玄導承其先師遺訓續刻了《大品般若經》、《楞伽阿跋多羅寶經》、《思益梵天所問經》、《佛地經》四部。同時，刻有玄導題記的經碑尚有：《勝天王般若經》、《大乘大集地藏十輪經》、《僧羯磨經》、《比丘尼羯磨經》、《佛說四分戒本》、《比丘戒本》、《比丘尼戒》、《四分大尼戒本》、《菩薩受戒法羯磨文》等。其他刻有玄導時期年月題記的經碑有：顯慶六年（西元六六一年）的《心經》，麟德二年（西元六六五年）的《四分戒本》和咸亨二年（西元六七一年）的《佛說造立形象福報經》等。此外，玄奘譯的《說無垢稱經》和《解深密經》，雖未見題記，從字迹上看與玄導所刻諸經極為類似，很可能也是玄導時所刻。

玄導的後繼者僧儀，如上所述其事迹至今不明。僧儀所處時期，可能正當武周當政。從鐫刻石經的資料來看，武周當政時期房山石經雖然繼續鐫造，但未見刊造大部頭的佛經。現存的有垂拱元年（西元六八五年）龐德相造的《金剛經》，天授三年（西元六九二年）劉行舉造的《佛說當來變經》、《施食獲五福報經》，長壽三年（西元六九四年）沙門正智造的《彌勒下生成佛經》和張任德造的《觀彌勒上生兜率經》，長安四年（西元七〇四年）湯懷玉造的《金剛經》及《普門品》。此外還有宋小兒造的《金剛經》碑等。

其次，為盛唐開元天寶之間，惠暹和玄法主持刻造石經事業的時期。這一時期可以說是房山石經的全盛時期。據通常稱為「金仙公主塔」上所保留的開元九年（西元七二一年）釋玄英所撰的《雲居石經山頂石浮圖銘》記載，惠暹是當時雲居寺的「都檢校」「上座」（寺中地位最高者），玄法是「律師僧」，而同塔背面開元二十八年（西元七四〇年）王守泰所撰《山頂石浮圖後記》中，記述開元十八年（西元七三〇年）金仙公主奏賜經本和施田事，其時惠暹似已入寂，而玄法已升為「都檢校禪師」了。

惠暹和玄法的刻造石經事業，得到了唐玄宗第八妹金仙長公主的大力施助。據上述王守泰撰《山頂石浮圖後記》記載：

「大唐開元十八年，金仙長公主為奏聖上，賜大唐新舊譯經四千餘卷，充幽府范陽縣為石經本。又奏，范陽縣東南五十里，上垡村趙襄子淀中麥田莊，并果園一所，及環山林麓，東接房南嶺，南逼他山，西止白帶山口，北限大山分水界，并永充供給山門所用。又委禪師玄法，歲歲通轉一切經，上延寶曆，永福慈王，下引懷生，同攀覺樹。」

《後記》同時還載明了當時負責送這些經本的人是長安崇福寺沙門，著名的《開元釋教錄》著者智昇。由此可見，金仙長公主當時對房山雲居寺石經事業的施助，不僅送來四千多卷經本，而且劃出大片田園山林作為刻造石經的經費。因此惠暹和玄法才有條件刻造幾部大部頭的佛經。同時由於雷音洞及其左右各洞已放滿石經，於是惠暹和玄法又在雷音洞下開鑿新堂二口（現稱為第一洞、第二洞）。這在新發現的《大唐雲居寺石經堂碑》殘石中已得到明證。碑記云：

「初此堂之經營也，綿乎十紀，作者三人。刻貫花之言，日不暇給。……有上座暹公者，……乃購倕石，執堅鋼，□峭巘，填深陴，……於舊堂之下，更造新堂兩口。其始皆削青壁，不騫不崩，……歲聿雲暮者五之。……有靜流、玄法二上座者，非暹公之徒歟？……克纂前修，咸熙至願。」

就石經貯藏情況看，惠暹、玄法時期所刻造的佛經也均藏在第一洞和第二洞內。現存石經中，屬於惠暹、玄法時期刻造的主要有：開元十年（西元七二二年），幽州良鄉縣仇二娘造的《藥師經》一卷，為范陽縣進士陽子推所書，字畫端好，是盛唐時期很寶貴的遺物。開元十一年（西元七二三年）幽州總管梁踐惁刻的《佛說恒水流樹經》、《佛說摩達國王經》。新經堂造成後，惠暹似即開始刻造大部頭的《正法念經》七十卷，此經始刻於開元初年，刻成於開元十七年（西元七二九年）。繼之又刻《大方等大集經》三十卷，刻成於開元二十九年（西元七四一年）。玄法時期最值得提出的是開始刻造玄奘譯的巨部佛經《大般若經》六百卷。這部佛經，計刻石一千五百十二條，是石經中卷數最多的一部。這部石經從玄法時開始刻造，一直續刻到遼代才全部完成。從刻石題記看，現存第二十一條（卷九）刻於天寶元年（西元七四二年），因此推想它的刻造，可能開始於開元末年。就可見的題記所載，至天寶十三年（西元七五三年），刻至第一百六十三卷。此外，開元末年刻造的《佛頂尊勝陀羅尼經》一卷，以及現存第二洞的《大集經日藏分》和《月藏分》，從字迹上看也都是這一時期所刻之石經。

再次，為晚唐時期，其中以貞元至元和期間，雲居寺住持律僧真性，得到幽州地方上，特別是幽州節度使劉濟的施助，所刻石經為多。

天寶末，經安史之亂，房山石經的刻造並未停止。從現存《大般若經》第一百九十五卷至二百一十四卷的題記看，有安祿山的「聖武」、史思明的「順天」、史朝義的「顯聖」、朱泚的「應天」等年號，可以為證。其後貞元至元和間，劉濟刻了《法華經》和一部份《大般若經》。據劉濟元和四年（西元八〇九年）撰的《涿鹿山石經堂記》說：

「濟遂以俸錢，奉為聖上（憲宗）刊造《大般若經》，以今年四月功就，親自率勵，與道俗齊會於石經峰下，……會同《華嚴》，……或推之，或挽之，以躋乎上方，緘于石室。」

這裡劉濟說「四月功就」，容易使人誤認為《大般若經》六百卷他已全部刻完。事實上，驗對石經，劉濟所刻的只是從卷三百前後，至卷四百十二止的一百餘卷，而其中還有一些是別人捐助所刻者。刻造時間為貞元五年（西元七八九年）至元和四年（西元八〇九年）。終唐之際，這部《大般若經》約刻造到卷第五百二十左右。

晚唐時期房山雲居寺刻造石經的事業，主要是得到幽州地方上的支持。所以中間雖經唐武宗會昌年間的廢佛運動，雲居寺一度也遭到打擊而衰落，但很快又復甦起來。自大和元年（西元八二七年）至咸通四年（西元八六三年）的三十餘年間，在當地官長楊志誠、史再榮、楊志榮、史元忠、史元寬、張允伸、張允皐等及其親屬們的施助下，先後刻造石經不下百餘卷。但是，這些石經大部份是小部頭經，而且許多是重複的，可見他們刻經並無計劃，只是為了供養祈福而已。不過這些石經中大部份都有年月題記，經碑上下還刻著佛像供養人，為我們研究晚唐石刻藝術提供了豐富資料。

房山雲居寺石經，始於隋末唐初，踵興於盛唐，至唐末而衰落，經五代戰亂，遂陷於完全停頓的狀態。

第二個時期——遼

西元十世紀末，當時稱為北方燕雲十六州，包括房山地區，歸由契丹統治，並於西元九四七年，遼大同元年，太宗耶律德光建國號大遼。遼建國後，大力吸取中原漢族文化，佛教也在鼓勵之列。在遼代，除刊行足以與北宋官版開寶藏媲美的《契丹大藏經》外，房山石經事業也得到了繼續發展。

遼代房山石經的續造，始於聖宗，其後興宗、道宗繼之，對刻石經尤為熱衷，至天祚帝時尚維持不斷。

遼初，雲居寺得到保護，穆宗應曆年間，在寺主謙諷的倡導下結「千人邑會」，籌集經費，大修雲居寺，對石經的保護起了很大的作用。據應曆十五年（西元九六五年）王正所撰之《重修范陽白帶山雲居寺碑》（碑額題「重修雲居寺壹千人邑會之碑」）云：

「雲居寺之東一里有高峰，峰之上千餘步有九室，室之內有經四百二十萬言。……原夫靜琬之來也，以人物有否泰，像教有廢興。傳如來心成眾生性者，莫大於經；勒靈篇儆來刼者，莫堅於石，石經之義遠矣哉！……寺主謙諷和尚，……見風雨之壞者，及兵火之殘者，請以經金，遂有次序。……謙諷等同德經營，協力唱和，結一千人之社，合一千人之心，………無貧富後先，貴賤老少，施有定例，納有常期。……故寺不壞於平地，經不墮於東峰。」

謙諷主持雲居寺期間有無刻造石經，今已不可知。明周忱《游小西天記》說：「至遼統和及金明昌之際，有沙門留公、順公亦增刻之」。石經洞外拓片有遼統和十三年（西元九九五年）題記的《般若心經》殘片四塊，略可見遼聖宗時代續刻石經之一斑。

關於遼聖宗、興宗、道宗時期施助雲居寺刻造石經事業的情況及所刻經數，在清寧四年（西元一〇五八年）趙遵仁所撰之《續鐫成四大部經記》和天慶八年（西元一一一八年）志才所撰之《續秘藏石經塔記》中，有詳細記載。趙遵仁《記》云：

「我朝太平七年，會故樞密直學士韓公諱紹芳知牧是州。因從政之暇，命從者游是山，詣是寺，陟是峰。暨觀游間，乃見石室內經碑，且多依然藏貯。遂召當時耆秀，詢以初迹，代去時移，細無知者。既而於石室間取出經碑，驗名對數。……乃知自唐以降，不聞繼造。佛之言教，將見其廢耶？公一省其事，喟然有復興之嘆，以具上事，奏於天朝。我聖宗皇帝，銳志武功，留心釋典，既聞來奏，深快宸衷。乃委故瑜伽大師法諱可元提點鐫修，勘訛刊謬，補缺續新，釋文墮而復興，梵匠廢而復作。琬師之志，因此繼焉。迨及我興宗皇帝之紹位也，……常念經碑數廣，匠役程遙，藉檀施則歲久難為，費常住則力乏焉辦。重熙七年，於是出御府錢，委官吏貯之，歲析輕利，俾供書經鐫碑之價，仍委郡牧相承提點。……」

志才《記》云：

「至大遼留公法師奏聞聖宗皇帝，賜普度壇利錢，續而又造。次興宗皇帝，賜錢又造。相國楊公遵勗、梁公穎奏聞道宗皇帝，賜錢造經四十七帙，通前上石，共計一百八十七帙。」

由以上兩碑記所述，可知最初對石經進行驗名對數的是遼初涿州刺史韓紹芳。據趙遵仁《記》載，韓紹芳當時驗了《正法念處經》一部全七十卷，《大涅槃經》一部全四十卷，《大華嚴經》一部八十卷，《大般若經》五百二十卷，合計碑二千一百三十條。就當時條件講，韓紹芳對石經驗名對數的工作是很艱巨的，但他也遺漏了許多經碑，與拓印實物的數目有很大出入。更重要的是韓紹芳將雲居寺石經情況奏聞聖宗，促使了刻經事業的繼續發展。志才《記》中說是「留公法師奏聞聖宗」，這可能是當時留公是雲居寺住持，而當韓紹芳上奏本時，留公作為僧方代表，列名同奏上聞之故。總韓紹芳、留公主持所續刻之石經主要有：《大般若經》八十卷。《大寶積經》一部全一百二十卷。至此完成了所謂「四大部」經數。

之後，在道宗大安年間又有名僧通理續刻石經四十四帙，計碑四千八十片。上述志才《記》云：

「有故上人通理大師，緇林秀出，名實俱高，教風一扇，草偃八宏。……師因游茲山，寓宿其寺，慨石經未圓，有續造之念……。至大安九年正月一日，遂於茲寺開放戒壇，……所得施錢，乃萬餘鏹，付門人見右街僧錄通慧圓照大師善定，校勘刻石，石類印板，背面俱用，鐫經兩紙。至大安十年，錢已費盡，功且權止，碑四千八十片，經四十四帙。」

志才《記》末，詳列通理所刻經名及帙號。通理所刻之佛典，與他以前所刻者有一很大不同。以前所刻多為大乘的經，而通理所刻則多為律和大乘論。如《大智度論》一百卷，《十地經論》十二卷，《佛地經論》七卷，《瑜伽師地論》一百卷，《顯揚聖教論》二十卷，《大乘阿毘達磨集論》七卷，《成唯識論》十卷，《大乘起信論》一卷，《摩訶衍論》十卷等。由此可見，通理刻經是很有計劃的，他補前人所刻之缺，使大乘經、律、論三藏完備。通理刻成這些石經後，大概石經山上各室已滿，一時無處貯藏，暫置山下。據志才《記》述，通理入寂後，他的門人善銳，「念先師遺風不能續扇，經碑未藏，或有殘壞，遂與定師（善定）共議募功。至天慶七年（西元一一一七年），於寺內西南隅，穿地為穴，道宗皇帝所辦石經大碑一百八十片，通理大師所辦石經小碑四千八十片，皆藏瘞地穴之內。上築臺砌磚，建石塔一座，刻文標記，知經所在。」這座標記經碑所在的雲居寺南塔，後人即稱之為「壓經塔」。

通理之後，遼代續刻石經事業並未停止。通理的弟子善伏，從天祚帝乾統七年（西元一一〇七年）開始續造，一直到保大元年（西元一一二一年）。其間得到遼「故守太保令公陳國別胥」的施助，共刻石經十三帙，一百多卷。後來金天眷三年（西元一一四〇年）玄英及其俗弟子史君慶刻《鐫葬藏經總經題字號目錄》的二十七帙中，其前十三帙石經即是遼天祚帝年間所刻的。

第三個時期——金元

金代刻造石經開始於天會十年（西元一一三二年）當時涿州知州張玄徵刻的《佛印三昧經》（「景」字號）等，距遼保大元年（西元一一二一年）最後所刻的《虛空藏菩薩求聞持法》（同「景」字號）等僅十一年。前述玄英等天眷三年（西元一一四〇年）刻《總經題字號目錄》的二十七帙石經中，其中「覆」字以下十三帙，至「景」字的前一部分所收石經，均為遼刻，「景」字的後一部份及自「行」至「八」後十四帙，乃是金天會十年（西元一一三二年）至天眷三年（西元一一四〇年）涿州知州張玄徵、劉慶餘和奉聖州（今河北涿鹿）保寧寺僧玄英及其弟子史君慶等募刻的。可見金代的刻經是繼續遼代的經帙而進行的。其間，於天會十四年（西元一一三六年），有燕京圓福寺沙門見嵩「因游東峰，見大岩室，遂發心續造石經一帙，名《大教王經》」（「府」帙，見同經卷十題記）。

金天眷三年（西元一一四〇年）以後，自皇統元年至九年（西元一一四一～一一四九年）間，劉慶餘、玄英及史君慶等還續刻了自「刻」字至「多」字，共三十九帙。其中「刻」至「惠」三十帙是「宋朝新譯經」，它和《高麗藏》入藏的自「杜」至「轂」三十帙的經目正同。這是研究宋開寶藏印行後，天息災、法天、施護等所翻譯的密教經典，以及把「宋朝新譯經」與《高麗藏》、《契丹藏》入藏內容作比較的很有價值的材料。同時，這些石經多有序文和題記，也是研究唐末至遼代佛教的重要史料。

皇統九年（西元一一四九年）以後，歷正隆、大定至明昌之初，約五十年間，有劉丞相夫人韓氏、張守仁、皇伯漢王等，曾刻了自「履」至「息」及「取」、「定」等共二十帙（其中「淵」、「澄」二帙係《別部阿含》，未見）。這些石經主要是：《阿含經》。此外，遼譯《金剛摧碎陀羅尼經》和遼代新撰之《一切佛菩薩名號集》等也是金代所刻的。金代所刻石經除見嵩刻的《大教王經》藏於第三洞外，其餘的經碑，都繼續埋在壓經塔下地穴內。

金末兵亂以後，房山石經事業又告停頓。元順帝時，石經山已非常荒涼。至正元年（西元一三四一年），高麗僧慧月等從五臺山來游石經山，見華嚴堂（雷音洞）石扉毀廢，經本殘缺。他讀了洞門外貞觀二年（西元六二八年）靜琬自述刻經因緣的石刻，很受感動，遂募化修理了洞門和五個經碑而去。賈志道為撰《重修華嚴堂經本記》詳記其始末，這是元代關於房山石經的唯一記載。由上可見，元代房山雲居寺石經事業完全陷於停頓狀態。

第四個時期——明

明代初期洪武年間，明太祖朱元璋曾派名僧道衍（姚廣孝），前往石經山視察。姚廣孝于洪武二十一年（西元一三八八年）到達房山石經山。他看了那裡的情況，驚嘆靜琬以來歷代刻造石經事業之宏大，當時寫了一首五言古詩，「鐫於華嚴堂之壁」。之後，洪武二十六年（西元一三九三年），朝廷曾撥款修理過雲居寺和石經山一次。又，據《釋氏稽古略續集》卷三載：「永樂十八年三月，旨刻大藏經板二副，南京一藏，六行十七字；北京一藏，五行十五字。又旨石刻一藏，安置大石洞。向後木的壞了，有石的在。」但明代官刻石藏後來似未實現。所以明初雖然對房山雲居寺和石經進行了考察、保護和修理，但並未見續造的石經。

明中期宣德三年（西元一四二八年），道教南北兩派代表人物，全真教的陳風便和正一教的王至玄等，仿效佛教刻造石經的意圖，募刻了道教的《玉皇經》，包括《高上玉皇本行集經髓》、《太上洞玄靈寶高上玉皇本行集經》、《玉皇本行集經纂》、《無上玉皇心印經》等四部，共刻石八塊，也送至房山石經山貯藏（藏於第七洞）。此經的跋文說：

「涿鹿山雲居寺，有洞室貯釋梵之經，殆至萬卷，故名是山為小西天焉。夫三界萬靈，莫尊於昊天金闕玉皇上帝，玄功妙法，載在本行集經。正當刻金石，藏之名山，傳之萬世也。是以至心各捐資力，請匠鐫刻《經髓》暨《經纂》及《心印經》，共為一卷，凡一千七百四十八字，置諸石室，用彰悠久。……時大明宣德三年四月吉日……。」

這些道教石經和佛教石經比較起來真是滄海一粟，但通過這次道教石經的貯藏，却可以看到明代佛道兩教關係的一斑。

成化年間雲居寺的住持，喇嘛僧嗔嗒㗭哩，以及附近的佛教信徒張普旺等，也曾對雲居寺和石經的維護盡過力的。萬曆時名僧達觀真可和憨山德清曾到雲居寺訪問，當時雲居寺石經山又趨衰落。真可在《示東西雲居寺僧眾》中感慨地說：「涿州石經山為天下法海。自隋琬祖以來，龍象蹴踏，振揚宗教，代不乏人。逮我明，珠林鞠為草莽，金碧化為泥塗！」他於感慨之餘，募緣修理了琬公塔。德清撰《復涿州石經山琬公塔院記》為記其事。

明代正式續造石經是在明末萬曆末年至天啟、崇禎年間。當時有吳興沙門真程勸說在北京的一些南方籍官吏、居士，如葛一龍、王思任、趙琦美、馮銓、李騰芳、董其昌、黃汝亨等刻造石經。他們集資先在北京石燈庵用小石版刻好佛經，然後送往石經山貯藏。據現存石經資料顯示，這時期所刻的石經有：《四十華嚴》、《法寶壇經》、《寶雲經》、《佛遺教經》、《四十二章經》、《大方廣總持寶光明經》、《梵網經》、《阿彌陀經》等十餘部。這時由於石經山上洞穴都已藏滿封閉，於是又在雷音洞左邊新開鑿一小洞，將這些經碑藏入，洞額由董其昌題「寶藏」二字，俗稱為「寶藏洞」（今為第六洞）。房山雲居寺石經的刻造事業，到此才算最後結束。